紧接着十四届三中全会的《决定》，当年12月，国家公布了《中华人民共和国公司法》，对公司的行为准则做出了法律上的规定。在《决定》和《公司法》的指导和规范下，国家经贸委于1994年11月发布了《关于选择一批国有大中型企业进行现代企业制度试点的方案》。试点方案要求国有企业进行公司制改造（即把原来实行工厂制的国有企业根据不同情况分别改造为股份有限公司和有限责任公司），完善法人制度，确定国有资产投资主体，建立健全公司内部组织结构和财务会计制度，改革劳动人事工资制度。相应的配套措施包括转变政府职能，调整企业资产负债结构，建立社会保险制度，发展和规范市场中介组织等等。
在国企建立现代企业制度的过程中，又进一步提出了“抓大放小”的方针，即政府重点抓大中型国有企业的改制，放开搞活中小型企业。1997年十五大以来，中央又多次提出，用3年左右的时间，力争大多数国有大中型骨干企业初步建立现代企业制度。至2001年，改制任务基本完成，现代企业制度的基本框架初步建成。据国家统计局企业调查总队对全国4371户重点企业进行的建立企业制度情况跟踪统计调查，截至2001年底，所调查的4371户重点企业中已有3322户实行了公司制改造，改制面达到76%。
为了使国企真正成为自主经营、自负盈亏的市场微观主体，在改制过程中，政府还进行了相应的税制改革、政府机构改革与国有资产管理体制改革以及建立固定资产投资项目资本金制度等相关配套改革。
在税制改革方面，十四届三中全会的《决定》提出了如下改革措施：按照统一税法、公平税负、简化税制和合理分权的原则，改革和完善税收制度。推行以增值税为主体的流转税制度，对少数商品征收消费税，对大部分非商品经营继续征收营业税。在降低国有企业所得税税率，取消能源交通重点建设基金和预算调节基金的基础上，企业依法纳税，理顺国家和国有企业的利润分配关系。统一企业所得税和个人所得税，规范税率，扩大税基。开征和调整某些税种，清理税收减免，严格税收征管，堵塞税收流失。
在《决定》的指导下，国家税务总局出台了《工商税制改革方案》，并于1994年进行了大规模的税制改革，取消了国营企业调节税、奖金税、工资调节税等税种，建立了以所得税和流转税为主体的包括25个税种的多税种、多环节的复合税制，并统一了内资企业的所得税率。（刘佐，2004）通过这一轮的税制改革，我国进一步理顺了财政与国有企业之间的利润分配关系。在20世纪80年代“拨改贷”和“基本建设投资基金制管理”两项改革探索的基础上，国务院于1996年发布了《关于固定资产投资项目实行资本金制度的通知》，对国有企业的各种经营性项目实行资本金制度，规定各级政府部门以财政预算内资金、各种专项建设基金、“拨改贷”和经营性基本建设基金回收的本息、土地批租收入、国有企业产权转让收入、各种规费及其他预算外资金等投资到经营性固定资产投资项目中的，均记入投资项目资本金。资本金制度的建立基本理顺了政府与企业的资金关系，即政府部门投入到企业中的资金应作为企业资本金，相应获得出资人的权利，并履行相应职责。但是这项制度遗留了一个重要问题没有解决，即到底哪些政府资金可以投入到经营性项目中，这里的界限究竟如何确定。如果这个问题没有得到解决，那么从生产建设型财政走向公共财政的目标就无法真正实现。
为了实现政企分开，加快建立现代企业制度，十四届三中全会的《决定》在政府机构改革方面也提出了相应的改革思路：目前各级政府普遍存在机构臃肿、人浮于事、职能交叉、效率低下的问题，严重阻碍企业经营机制的转换和新体制的建立进程，要按照政企分开，精简、统一、效能的原则，继续并尽早完成政府机构改革。政府经济管理部门要转变职能，专业经济部门要逐步减少，综合经济部门要做好综合协调工作，同时加强政府的社会管理职能，保证国民经济正常运行和良好的社会秩序。
在上述改革思路下，国务院于1998年进行了一次较为彻底的机构改革。
经过改革，国务院部委由40个减少到29个，特别是取消了电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部和化学工业部等专业经济部门，这些部委的部分职能并入国家经贸委，部分职能下放给企业、中介组织或地方，在一定程度上消除或减轻了政企不分的问题。
在国有资产管理体制改革方面，《决定》也提出了具有操作性的改革方针：企业中的国有资产所有权属于国家，企业拥有包括国家在内的出资者投资形成的全部法人财产权，成为享有民事权利、承担民事责任的法人实体企业以其全部法人财产，依法自主经营，自负盈亏，照章纳税，对出资者承担资产保值增值的责任出资者按投入企业的资本额享有所有者的权益，即资产受益、重大决策和选择管理者等权利。
加强企业中的国有资产管理。对国有资产实行国家统一所有、政府分级监管、企业自主经营的体制。按照政府的社会经济管理职能和国有资产所有者职能分开的原则，积极探索国有资产管理和经营的合理形式和途径。加强中央和省、自治区、直辖市两级政府专司国有资产管理的机构有关部门对其分工监管的企业国有资产要负起监督职责，根据需要可派出监事会，对企业的国有资产保值增值实行监督。
沿着上述改革方针，我国各级政府在国有资产监督、管理与营运方面进行了各种改革探索。
在国有资产管理营运体制方面，上海、深圳等地方探索了按照三个层次职能分离的原则来构建三个层次的国有资产管理营运体系。所谓三个层次职能分离，是指政府的社会经济管理职能与国有资产所有者职能分离，国有资产管理职能与国有资产经营职能分离，以及出资者所有权与企业法人财产权的分离。相应地，三个层次的国有资产管理营运体系分别是，第一层次的政府国有资产管理机构，第二层次的国有资产经营公司，第三层次的国有全资、控股与参股企业。三个层次的划分尽管在实际操作上还存在着各种各样的问题，但是在理论上基本实现了政企分离、政资分离的目标，明晰了企业的法人财产权。
在国有资产的监督、管理制度方面，国务院于1994年发布了《国有企业财产监督管理条例》，初步建立起了国有企业财产监管制度，加强了对国有企业经营者的监督，并于1998年建立了稽查特派员制度，向国有重点大型企业派出稽查特派员。在此基础上，2000年3月，国务院进一步发布了《国有企业监事会暂行条例》，决定由国务院向国有重点大型企业派出监事会，并授权各省级政府参照条例规定，对其下属企业派出监事会。监事会制度是对稽查特派员制度的进一步完善，目的是从制度上规范和强化对国有企业监督，变外部监督为内部监督，变临时监督为日常监督。据国家统计局企业调查总队的统计，截至2001年底，3322户重点改制企业中有2786户成立了监事会，占改制企业总数的84%。
然而，改革的道路也是曲折的。在1998年的机构改革中，作为代表国家实行国有资产管理职能的独立机构——国家国有资产管理局被正式撤销，其职能并入财政部。这一改革举措反映了政府部门对当时国有资产管理体制弊病及改革方向的认识不清。实际上，将国有资产管理职能纳入财政部，是将已经开始有所分离的国家社会经济管理职能与国有资产所有权职能再度合一，从这个意义上说，撤销独立的国有资产管理机构是国有资产管理体制改革的一种倒退，是不符合国有资产管理体制改革方向的。（汪海波，2004）4．第四阶段（2002年至今）：国有资产管理体制改革的纵深发展与双元财政的确立经过第三阶段的改革，国有企业的现代企业制度基本框架已经初步建立起来，但是在国有资产管理上仍然存在一系列问题。一方面，由于国资局的撤销，造成严重的政资不分，国有资产多头管理，条块分割，管资产与管人、管事相脱节的现象。另一方面，由于国有资产出资人不到位，造成无人对国有资产真正负责，从而使国有企业往往被“内部人控制”，导致严重的国有资产流失和收入分配不公现象。上述现象反过来又影响了实现政企分开的目标，制约了国有企业进一步建立健全现代企业制度。
为了改变上述局面，有效推动国有资产管理体制改革，进而深化国有企业改革，2002年11月，党的十六大报告中对国有资产管理体制改革提出了新的要求：继续调整国有经济的布局和结构，改革国有资产管理体制，是深化经济体制改革的重大任务。在坚持国家所有的前提下，充分发挥中央和地方两个积极性。国家要制定法律法规，建立中央政府和地方政府分别代表国家履行出资人职责，享有所有者权益，权利、义务和责任相统一，管资产和管人、管事相结合的国有资产管理体制。关系国民经济命脉和国家安全的大型国有企业、基础设施和重要自然资源等，由中央政府代表国家履行出资人职责。其他国有资产由地方政府代表国家履行出资人职责。中央政府和省、市（地）两级地方政府设立国有资产管理机构。
继续探索有效的国有资产经营体制和方式。各级政府要严格执行国有资产管理法律法规，坚持政企分开，实行所有权和经营权分离，使企业自主经营、自负盈亏，实现国有资产保值增值。
在十六大的改革要求下，2003年3月，十届人大一次会议批准了国务院的机构改革方案，将国家经贸委指导国有企业改革和管理的职能，中央企业工委的职能，以及财政部有关国有资产管理的部分职能等整合起来，设立国务院国有资产监督管理委员会（以下简称国资委）。国务院授权国资委代表国家履行出资人职责。次月，国务院国资委正式挂牌成立。之后，各省、市（地）两级的国有资产监督管理机构也陆续设立。在职能分工上，国务院国资委负责对中央所属企业的国有资产进行监管；地方的国有资产监督管理机构则负责监管地方所属企业的国有资产。
为了进一步落实十六大的改革精神，并明确各级国有资产监督管理机构的职责和义务，国务院于2003年6月颁布了《企业国有资产监督管理暂行条例》。《条例》明确了国有资产管理体制的基本框架和企业国有资产监督管理的基本制度，规定了国有资产监督管理机构的主要职责和义务，强调国有资产监督管理机构一方面要切实履行出资人职责，维护所有者权益；另一方面，要切实保障和不干预企业经营自主权，促进企业国有资产保值增值。《条例》还专门规定了国有资产监管机构推进国有资产合理流动和优化配置、推进国有经济布局和结构调整的职责和义务。此外，《条例》对出资企业负责人管理、企业重大事项管理、企业国有资产管理和监督等方面做出了一系列制度性规定，并确立了企业分立、合并、破产、产权交易等方面的基本制度。
各级国有资产监督管理机构的设立与《条例》的发布，标志着我国国有资产管理体制改革与国有企业改革进入新的阶段。一方面，各级国有资产监督管理机构的设立使得政府的国有资产所有者职能与社会经济管理职能正式开始分离，实现了管资产与管人、管事相结合，促进了国有资产的优化配置和国有经济布局和结构的调整。另一方面，《条例》确立了国有资产管理的基本框架，明确了各级国有资产监督管理的职责与义务，为深化国有企业改革、建立现代企业制度提供了法律保障，也为今后的国有资产立法、国有企业改革立法提供了基本依据。
根据20世纪90年代上海、深圳等地实行国有资产分层次营运管理的经验，全国各地都开始尝试上述模式，纷纷设立国有资产经营公司，形成了三个层次的国有资产营运管理体制，即第一层次是设立国有资产监督管理机构，授权其专门履行出资人职责，这一层次体现了政府的社会经济管理职能与国有资产所有者职能的分离；第二层次是在国有资产管理机构的领导下，设立国有资产经营公司，专门负责国有资产的经营与保值增值，这一层次体现了国有资产的管理职能与经营职能的分离；第三层次是国有独资、控股与参股企业，体现了出资者所有权与企业法人财产权的分离。
在此基础上，国资委开始着手组建中央层次的国有资产管理公司。2008年6月，国资委下发了《关于选择中国诚通控股公司进行国有资产经营公司试点有关问题的通知》，明确表示，选择诚通控股“搭建国有资产重组和资本运作平台，探索中央企业非主业资产及不良资产市场化、专业化运作和处置的路子”。这一改革措施标志着三个层次的国有资产营运管理体制在全国范围内得以确立。
早在1993年，十四届三中全会的《决定》就已经提出了要改革和规范复式预算制度，建立公共预算和国有资产经营预算。然而，我国的国有资产经营预算一直没有建立起来。
由于缺乏一个规范的国有资产经营预算制度，引起了两个方面的问题。