《中国共产党治理新疆史》一书，系国家社科基金项目“当代新疆是新疆历史发展最好时期”的最终成果，是《新疆与祖国关系史论》（新疆人民出版社2008年版）一书的姊妹篇。笔者在《新疆与祖国关系史论》一书第九章“西域文明的现代化提升”中，对清末“新政”、民国、新中国三个时期新疆的发展状况作了对比，以大量的材料说明新中国成立以来新疆发生的巨大变化。
每一个尊重事实的人都会得出一个结论：中华人民共和国成立以来的当代新疆是新疆历史发展的最好时期。特别是改革开放30年来，坚持中国特色社会主义道路，促进新疆经济社会又好又快发展，也是人民得到实惠最多的时期。
但一章的篇幅毕竟有限，只能讲一些主要问题，当时就计划再写一本《中国共产党治理新疆史》专着，全面系统地论述新中国成立以来新疆发生的巨大变化，总结中国共产党治理新疆的基本历史经验。2008年初申报国家社科基金项目，同年7月立项为国家社科基金西部项目，批准号：08XDJ001。
本书的写作同《新疆与祖国关系史论》一样，有两个原因：
一是因为“新疆地区反对民族分裂的斗争，是一项长期而艰巨的任务。
全区各族干部务必保持高度警惕，不可有丝毫麻痹”。当前，在新疆增强民族团结，维护祖国统一，反对民族分裂的斗争中，最根本、最重要的是对广大干部群众、特别是青少年进行教育，凝聚人心，筑起反分裂斗争的铜墙铁壁。《新疆与祖国关系史论》为解决“新疆自古以来就是中国领土不可分割的一部分，新疆各民族是中华民族大家庭的一员，新疆各民族文化是中华文化的一部分”的认同教育提供教材；本书为坚持中国特色社会主义道路教育提供教材，为各级领导干部治理好新疆提供借鉴。中共党史具有以史鉴今、资政育人的功能。从中国共产党治理新疆的历史中，我们可以寻觅和获取中国共产党治理新疆的历史之根，坚定不移走中国特色社会主义道路的发展之脉，党同新疆各族人民血肉相连的执政之基，共产党人、广大人民群众和青少年树立和坚定远大理想和共同信念的营养之源。我们要坚持用党的伟大成就激励人，用党的优良传统教育人，用党的成功经验启迪人，用党的历史教训警示人。
二是为国内外展示一个真实的当代新疆，给各级领导干部提供“拿事实说话”的依据。美国出版的《新疆：中国穆斯林聚居的边陲》一书，在新疆现状的许多问题上颠倒了是非；国内外敌对势力也对当代新疆的现状进行多方面的歪曲和攻击，我们必须以大量的史实说明真相，以正视听并予以批驳。
在研究和写作的过程中，笔者要求自己做到：
（一）在新疆历史发展进程中确立当代新疆的历史定位
本书与其他相关研究当代新疆的着作最大的不同，是在叙述新疆整个历史发展进程中，确立当代新疆的历史定位。不采用以往诸多着作的写作方法：将新中国成立以前的社会统称为旧社会，将其描述为普遍的黑暗，而新中国是新社会，是无限光明和美满。这种简单类比的方法是不足取、不科学的。我们必须采用历史唯物主义的观点和方法，明确每一个历史时代都有其历史的必然性和合理性，都曾为新疆的历史发展和社会进步作出了一定的贡献，然后再指出其历史局限和存在问题。历史是不能割断的，今天的新疆是对历史新疆的继承和发展，必须从新疆历史发展进程中，阐明当代新疆的历史定位。
当代新疆是新疆历史发展的最好时期，绝非溢美之词，而是笔者几十年来对新疆历史潜心研究得出的结论。尽管目前新疆仍然有一些不尽如人意的地方，但从新疆历史发展的整个进程来说，当代新疆确实是新疆历史发展最好时期。这里讲的新疆历史发展最好时期，是指新疆历史发展和社会进步达到史无前例的新高度，新疆政治、经济、文化、社会建设取得了举世公认的伟大成就。
（二）要有新的创意和设计
要从新疆历史发展进程中，阐明当代新疆的历史定位，必须有不同于《当代中国的新疆》《当代新疆简史》等着作的创意和设计。经过反复思考，笔者确定了六章和一个结束语的结构和布局：
（第一章）新疆各族人民选择了中国共产党，着重阐明中国共产党在新疆的领导地位不是自封的，而是历史的必然，人民的选择。在新疆这不仅仅是作为一种理论来叙述，而是确有很多史实说明这一历史真理，这是新疆不同于其他省区市、颇具特色的地方，写好这一章，就说清楚了中国共产党治理新疆的历史根据。
（第二章）中国共产党治理新疆的指导思想及其实践，主要阐明毛泽东、邓小平、江泽民三代中央领导集体，和以胡锦涛为总书记的党中央关于新疆工作的指示，以及这些指示在新疆贯彻执行的实践，清晰地勾勒出当代新疆历史发展的脉络。这方面的内容也是新疆不同于其他省区市的，由于新疆在全国发展和稳定大局中具有特殊重要的战略地位，所以，几代中央领导集体对新疆特别关注，每当关键时刻均作出重要指示和工作部署。在写作过程中，笔者反复考虑了是用“执政”一词好，还是用“治理”一词好？根据《辞海》的解释，执政——掌理国家政事，或掌理国家政权的大臣，当政者。而旧称地方政府所在地为郡治、府治、县治。治者，治理、管理也。因此，用“治理”一词更为贴切、确当。
（第三章）至（第六章），分别从政治建设、经济建设、文化建设、社会建设四个方面，全面系统地阐明新中国成立以来新疆取得的巨大成就，发生的天翻地覆的变化。这部分的写作注意了三个问题：一是不与古代作简单的类比，要承认古代西域创造过辉煌的历史，曾经有过好的发展时期。比如，在政治建设上，专门写了一节：汉、唐、清、民国时期新疆的政治体制。在文化发展上，专门写了新中国成立前新疆文学艺术的两次较好发展时期：古代西域文学艺术的辉煌、抗日战争时期新疆新文化运动。在社会建设方面，根据古人西行游记的记述，人民生活也曾经有过较好时期。有鉴于此，在讲社会建设的第六章，没有用“人民生活最好的时期”，而是用“人民得到实惠最多的时期”，这样写比较符合实际，例如，中国从周朝开始征收农业税，延续2600多年，2005年取消农业税，这是史无前例的。新疆四大建设的成就均采用从古至今的叙述方法，可以清楚地看到历史发展和社会进步的轨迹。二是新中国成立以来新疆四大建设上取得的成就要充分肯定，理直气壮地进行宣传，但一定要讲科学。