38000名将兵想要在暴风中歼灭英国舰队，英国海军很快便知道了拿破仑的行动，一路追击过来。著名的英国舰队司令纳尔逊率领的英国舰队，好像鲸鱼在追逐鲛鱼一样，直向土伦港驶来。一旦相遇，双方就会展开殊死战，但是要对付纳尔逊是没有多大胜算的，恐怕这些忠勇的将士们要一个个都落入海中了，所以绝对不能与英国舰队正面相遇。拿破仑的目的地是马尔他群岛，纳尔逊司令的判断很正确。
不久，英国舰队追上了拿破仑的舰队。但纳尔逊只看到一片漆黑的大海和汹涌的波涛，并没看到拿破仑舰队的踪影。这也难怪，纳尔逊舰队速度太快，竟然不知不觉超过了拿破仑舰队。
如果再稍微慢一点，两支舰队就会相遇并打起来，就在这千钧一发之际，躲过敌舰的拿破仑舰队绕道而行。拿破仑很庆幸。
6月10日，拿破仑舰队在马尔他岛登陆，没有经过交战就占领了马尔他。拿破仑想用该岛做跳板，再登陆埃及，于是把舰队向着亚历山大港出发。
在土伦的时候，纳尔逊以及他的部下们就发誓，一旦发现拿破仑舰队，一定要把他们全数歼灭。他们不停地在海上搜寻拿破仑的舰队，“他们可能会去亚历山大港。”纳尔逊再度作出了正确判断。也许太过兴奋，他们的舰队又因速度太快，比拿破仑早两天到达了亚历山大港，当然没有看到拿破仑舰队的踪影。
糟糕，又判断错误了！纳尔逊连忙改变舰队的航向，离开了亚力山大港，如果他再多留一天，一定能碰到拿破仑舰队。拿破仑舰队派出的刺探小船，提早一天到达亚历山大港时，纳尔逊舰队正好要离开亚历山大港。纳尔逊在广阔的地中海上像追赶影子似的，忽东忽西地追逐，逐渐感到疲惫不堪。
6月22日午夜，拿破仑军队平安地踏上了埃及的土地。占领了亚历山大港后，即刻进军埃及首都开罗。跟随着拿破仑军队前来的还有180余位学者，他们想利用科学的力量，揭开埃及的神秘。
一路上，他们遇到在沙漠中勇敢善战的贝都因族的攻击，击退他们后，又继续进入沙漠，越深入沙漠内陆，行军就越困难。走在最前面的德希将军一再催促：“受不了了，士兵们都因炎热病倒了，一定要赶快想办法救救他们。”
决不能后退，即使这样，拿破仑的决心并没有动摇。在没有水又炎热异常的沙漠中，全军继续前进着。士兵们在痛苦的行军中，越来越感到不耐烦，更不必说战争了。
贝都因族一旦看到倒卧在沙漠上的法国士兵，就毫不留情地杀死他们。到处都有法国士兵的血。
7月10日，他们继续往拉马哈尼前进，已经能看到前方出现的金字塔。跟随军队而来的学者和美术家们对于沿途的人面狮身像及金字塔，已经不再感到兴趣，他们只想着赶快返回法国。其中有一些人发疯了。
“我们不想再行军了！”
“让我们回去吧！”
“天哪，我的眼睛快要失明了！”
“水！水！给我点水，哪怕一点点也行。”
“水！水！我要水！”军队不再像个军队，简直和攻击宫殿的暴徒一样。
“司令官，为什么把我们带到这种地方来？”
“你没有事先告诉我们啊！”
他们都责骂着拿破仑。
即使长年跟着拿破仑征战的豪杰之士，也疲惫得说不出话来。虽然到处是士兵们痛苦的喊叫声，但拿破仑的决心仍毫不动摇。拿破仑紧闭着嘴，默然不语。忍耐一下，只要能到开罗，一切都能解决，要骂就随你们骂吧！只要你们觉得痛快就好。
既然金字塔出现了，那开罗也就不远了。士兵们抱着这份希望，继续向前进。正在此时，马美卢族的骑兵突然来袭，拿破仑利用金字塔做屏障，放好大炮，向突击的马美卢骑兵发射。他们前仆后继地冲向法军，真是一群可怕的强敌。
“各位官兵！有四千年文明的金字塔正在看着你们，在此地被打败，将是法国的耻辱，我们死也不能后退。”拿破仑在阵前发布命令。
看到法军应战的情形，马美卢族人在遗留下好几百具尸体后撤退了。
“法国军队实在太厉害了！”
“那个指挥官好像火神一样。”
拿破仑站立在炮火中的英姿让马美卢族人丧胆，听到火神要来的消息，全埃及也感到一阵恐怖。
7月21日，黎明前，士兵们睡眼朦胧地看着出现在他们眼前的美景，以为是海市蜃楼，是天方夜谭中的幻影。士兵们都骚动起来，看清楚眼前的景物并非海市蜃楼而是开罗城时，个个都兴奋得欢呼起来。之前他们看到的幻影，竟是开罗城里的寺庙和宫宇，因为受到强烈阳光照射而呈现出的玫瑰色的摩卡丹山也呈现在眼前。
拿破仑军队终于进入了充满黄金珠宝的开罗城。围巾、地毯、金银、陶器以及从来没见过的东方美酒，这些珍贵的东西让士兵们兴奋极了。土兵们每天吃喝玩乐，唱着革命歌曲度日，学者和美术家们恢复精神后，对埃及的风物也感到惊奇。
拿破仑军中一片喜庆气氛，大家把过去的痛苦都抛到了九霄云外。但拿破仑没有被胜利冲昏了头，他派人在开罗各街上公布他所拟的“告埃及人民书”：
法军是为了给你们爱、自由和平等而来的，绝不是来侵略贵国的。
埃及人民请相信我们吧！
拿破仑下令严禁部下杀害埃及人，如有违反，立刻处以死刑。
无所不能的英雄
接着，拿破仑又计划进军印度，拿破仑很向往东方国家。就在这时，发生了一件事。拿破仑登陆埃及的舰队被击沉了，停泊在尼罗河口阿布基尔湾的法国军舰，遇到了纳尔逊的舰队，被全部歼灭了。
听到这个消息，拿破仑一时也失去了主意，茫然发起怔来。
“怎么回事？这样一来，我军会被遗弃在沙漠中。”拿破仑军队与法国本土中断了联系。到底要怎么办，才能回到法国呢？
“真糟糕，我只注意陆军，没想到因此而失败了！”幕僚们也因绝望而面无血色。
“可恶的英国舰队！”
“如果我们拥有一位海军名将，就不会遭到如此的惨败了。”
“我们的海军是太不像话！”部下们都异口同声地责备海军。
拿破仑却说：“是我不好。因为我从来没注意到海军，我们现在来为殉国的水兵祈祷吧！”拿破仑低头祷告，“既然如此，那干脆离开法国，征服东方吧！”不管遇到任何困难都不会退缩的拿破仑在埃及开始了他自立更生的计划。于是，他放弃了回国的愿望，想沿着陆路从叙利亚、美索不达米亚到达印度，然后在印度编组崇拜拿破仑的土著军，再回头征服欧洲。
拿破仑就是这样一位越是困难越会空想的英雄，只要有心去做，没有做不到的事。
1799年2月10日，拿破仑率领14000名士兵进攻叙利亚。因为他得到情报，获知叙利亚方面的土耳其军想趁机攻击孤立在埃及的法军。
那就先下手为强，拿破仑又发动他最拿手的如旋风般的攻击，进攻了叙利亚。于是，大军又开始了沙漠行军。通过沙漠时只要能够遇到水，全军就能恢复作战。
2月22日，法军击败土耳其军。24日，法军进入巴勒斯坦，攻陷加沙。3月4日，他们包围特拉维夫·雅法，一星期后占领该城。
他们终于远远看到了叙利亚肥沃的原野，绿色的树木。但是，在他们攻击特拉维夫·雅法之后，全军忽然感染上了流行性疫病，有七八千名士兵病倒了。
面对大自然可怕的威胁，拿破仑叹息着说：“你们还要继续攻击阿卡，如果在这里倒下来，就前功尽弃了。我已经派人到阿卡去要求他们投降。”但是军使一直没有回来。
“情况不妙！”当幕僚们正在怀疑时，探子来报，军使的尸体已经被发现。
“可恶！”士兵们站在被惨杀的尸体前，非常愤慨。
防守阿卡的士兵并不是土著，而是拥有英国武器的阿尔巴尼亚军。法军连续攻击了12次，阿卡的城墙丝毫未受损。连续围攻两个月后，斯密士率领的英国舰队来了，援助阿卡城，抵抗法军的攻击。如果被围困在阿卡，那形势必定很危险，拿破仑决定撤军，返回埃及。
被法军败退的3万土著兵，趁机追击法军，拿破仑沉着应战，终于击退了他们。“这样，他们就知道法军的厉害了。”拿破仑笑着命令全军撤退。
离开埃及，挽救法国
“连这么一个小小的城池都攻不下来，真是令人惭愧！一旦阿卡被攻陷，法军就能到达幼发拉底河，然后像怒涛般进攻印度，那么，历史就会改写。”在沙漠中撤退时，拿破仑心中一直这么想。
从阿卡返回开罗，要行军25天，拿破仑大军三度被困在沙漠，风暴的袭击，使得帐篷全被吹走，士兵眼睛睁不开，喉咙也因风沙而呼吸困难，这真是一次惨痛的撤退。一望无垠的沙漠，似乎永无尽头。马也不够伤兵骑坐，使整个欧洲闻之丧胆的拿破仑大炮，只能丢弃在沙漠中。炮车被沙漠里的风沙所埋没，年轻的英雄就这样悄悄撤退了。拿破仑最后下了马，徒步走在炙热的沙漠上。
一路上受毒虫及热病的侵袭，最终士兵们疲惫不堪地回到了开罗。
“拿破仑回来了。”
“情况有些不对。”开罗的百姓们私下议论。
拿破仑不得不贴出一张公告说：
“远征叙利亚全胜而归，现在的阿卡城已成一座空城。”
这时，土耳其军又继续攻向亚历山大港，只要把这场仗打赢了，埃及人民就会相信拿破仑的谎言。但是土耳其军队在海上有英国舰队支援，在陆地上有马美卢族人的协助。
拿破仑在埃及尼罗河附近和土耳其军遭遇。法军在开罗经过休息后，在这次战斗中发挥了强大的威力，打了一场漂亮仗。
17000名土耳其军大败，跳入尼罗河中被淹死的有6000名左右，其余的全部被俘，无一人漏网。拿破仑三天三夜不眠不休想出来的妙计再度奏效，拿破仑的属下知道他抱有决死之心，他们紧握着拿破仑的手，大声称赞说：“拿破仑将军，你真是世界上最伟大的名将！”
因为阿卡失败而失去信心的法军，这次胜利使他们勇气倍增。拿破仑军队仍然骁勇凶猛的消息传到了英国。虽然胜利了，但是和法国本土依然没有联络，拿破仑不知道法国方面的任何消息。
法国的情形怎么样了？士兵们都抱着焦灼的心情，盼望法国来信。国内或许吃了败仗，拿破仑也很不安，他决定在时机适当的时候和英国舰队签订停战和约。
英国舰队畏惧拿破仑的厉害，接受和谈。这时，拿破仑从英国舰队那儿得到一份法国报纸。好久没有看到法国报纸的拿破仑，一字不漏地把报纸看完了。
但这份报纸给了他很大打击，就像拿破仑所预料的那样，法国国内叛乱四起，莱茵军战败，拿破仑所占领的意大利又被敌人夺回去了。
“啊！意大利又被夺回去了！”拿破仑留下不朽功绩的意大利，又落入敌人手中。
“糟糕！再这样下去，法国会完蛋的。”拿破仑身边的将军也在抢看报纸。
“这样一来，我不但完不成远征东方的心愿，连埃及都无法离开了。”
“该怎么办呢？”将军们紧张的脸色苍白起来。
“根顿中将，我们还剩下几艘军舰？”拿破仑突然问道。
“在阿布基尔战败后，还剩下卡洛鲁号和米伦号两艘军舰。”
“好！”
拿破仑胸有成竹地说：“各位！我想要离开埃及。”
将军们大感意外：“将军怎么能一人离开呢？把曾经同生共死、忠勇的士兵们留在炎热的埃及，这样怎么对得起战死的士兵？士兵们知道了又会怎么想？”
“各位！把部下丢在沙漠里自己跑掉的拿破仑，人家会怎么说呢？可能会被说成逃亡，永远留下一个骂名。”
将军们都低下了头。
“但现在法国需要我，除了我，没人能够拯救法国，我如果还停留在这里，终有一天会和各位一起被埋在沙漠里。这样做，我没有背弃士兵，但却背弃了法国。”拿破仑以悲壮的语气说着。
“你们大家注意听着，我要带着500名士兵和幕僚们回法国去。”
“埃及由谁来负责防守呢？”
“由克莱贝尔将军负责，我挽救法国后，会立刻赶回来。”
就这样，拿破仑把全军的指挥权交给副将克莱贝尔。
8月23日，拿破仑悄悄地由亚历山大港坐上战舰离开了埃及。