年轻的候补牧师
1893年10月，施韦泽在巴黎经商的伯父将他介绍给巴黎著名的管风琴家查尔斯·马利·维多，并让施韦泽拜他为师。
维多的招生原则是，只收巴黎音乐学院管风琴科的学生。施韦泽曾经受到尤金·孟许老师的悉心指导，因而通过了维多的严格测验，正式被纳为入室弟子。维多老师对他而言，具有相当重要的意义，他促使施韦泽在技巧方面更加精纯熟练，还使他认识到音乐作品结构的重要性。
10月下旬，施韦泽进入斯特拉斯堡大学就读。斯特拉斯堡大学处处洋溢着青春蓬勃的朝气，完全摆脱了那些古老教条的束缚，教授与学生打成一片，毫无芥蒂地畅谈，同心致力于新时代赋予的使命。
教授群中，几乎看不到一位老人，整个校园充斥着欢快气氛，施韦泽决定同时选读神学与哲学这两门学科。第二年的4月1日，他志愿服兵役，在克鲁尔上尉全力的支持与鼓励下，被获准在每日上午11点到大学去上课，聆听文德尔班教授的哲学史。从军队回来后，施韦泽立志要重新选修神学与哲学。
除了神学与哲学外，施韦泽还选了由雅可布斯塔尔所教授的音乐理论。雅可布斯塔尔教授认为只有贝多芬以前的东西，才能称得上是艺术，施韦泽从他那儿学习到许多宝贵的东西。尤金·孟许的兄长恩斯特·明希当时正在斯特拉斯堡的圣威廉教堂任管风琴师。明希对于施韦泽管风琴演奏的技巧以及巴赫方面的研究，有莫大的帮助。
1898年5月6日，施韦泽通过了神学考试，并受到霍尔茨曼教授的推荐获得了戈尔施奖学金，金额为每年1200马克，期限是6年。10月下旬，他前往巴黎，原先预计在巴黎大学主修哲学，同时继续深造管风琴。事与愿违，他在学校上课的情绪极为低落，而且思维紊乱，这使他对自己产生了一种厌恶的情绪。但是，他不想在巴黎虚度整个冬季，于是把这段时间充分地运用在音乐与写哲学论文上。
这一次，是维多老师免费指导他管风琴。他随即又师从音乐学校的教师菲利浦，同时也向玛丽·哲威尔·特劳曼学习钢琴。特劳曼是弗朗兹·李斯特的入室弟子，也是李斯特的女友。施韦泽从她那儿学习到许多东西。特劳曼不幸于1925年逝世，而施韦泽与菲利浦和维多一直保持着深厚的友情。
维多知道施韦泽生活拮据，吃饭时总是担心钱不够。每次上完课后，他都会邀请施韦泽去餐厅吃一顿。施韦泽在巴黎受到许多人的照顾，他经常到伯母玛蒂尔德家去做客。有时，他晚上也到查尔斯伯父那里去，查尔斯伯父是一位现代德语老师，通过他的关系，施韦泽认识了许多大学教授和语言学家。就这样，他逐渐喜欢上了巴黎。
施韦泽的健康状况很好，即使熬夜苦读，身体也不会有任何不适。写博士论文和学习音乐，这两件事情同时进行，互不干扰，也不妨碍他与名人们的交往。他曾经彻夜不眠地努力学习，第二天早晨照样在维多面前演奏管风琴。
1899年3月中旬，施韦泽前往斯特拉斯堡大学，将他刚刚完成的论文交给蔡格勒教授，论文受到教授的青睐，他在7月间获得学位。7月底，施韦泽返回斯特拉斯堡大学，接受学位证书的颁发。这年夏天，他住在柏林，主要是阅读有关哲学方面书籍，他准备读遍古代与近代的杰出著作。
蔡格勒教授征求他的意见，问他是否愿意担任哲学系的无薪讲师。他当时志在神学，所以婉拒了教授的好意。施韦泽变得非常喜欢讲道，每礼拜日面对许多听众，讨论有关人生的问题，他觉得非常有意义。
通过第二次神学考试后，施韦泽担任圣尼古拉教堂的传教士，最初是助理牧师。
圣尼古拉教堂有两位年逾古稀、精神矍铄的牧师，施韦泽的主要任务是担任这二位牧师的助手，每逢午后礼拜或星期日儿童礼拜时，便由他负责宗教教育。他对于这项工作的热爱与日俱增，从不感厌烦。
午后礼拜参加的信徒不多，他能尽情发挥父亲传给他的那种祥和讲道的态度。要是人多他就会紧张，心里虽然很有条理，却无法顺利地表达出来，这种现象始终无法改善。
当两位年迈牧师行动不便时，施韦泽偶尔也会代替他们上台讲道。他在讲道前会把要说的内容一一记录在纸片上，在誊写之前还得再三过目，可是，正式讲道时却常常前功尽弃，所说的与纸上写的完全不一致。
施韦泽在圣尼古拉教堂的月工资是100马克，工资虽然微薄，可是宿舍费用与餐费极为低廉，他的生活尚算富足。这份工作的好处是有闲暇的时间做学问与研习音乐，这是他梦寐以求的。
施韦泽每年有两次休假，复活节后一个月和秋季后两个月，共计三个月。春假他多半住在巴黎的叔祖父家，同时到维多老师那儿学琴，秋假则返回京斯巴赫父亲那里去。
往返巴黎几次，施韦泽结交了许多新朋友，罗曼·罗兰就是其中之一，他们初次邂逅是在1905年，刚开始时只不过是泛泛之交，随着时光的推移，他们发现彼此思想相通而成为至交。这段期间，施韦泽也认识了安利·修特贝尔裘，他是法国人，感觉敏锐，专门研究德国文学，施韦泽与他成为挚友。
施韦泽的生活日趋安定，这一时期是他人生旅程上很重要的一段，他孜孜不倦，有条不紊地开展着自己的工作。
1902年3月1日，母校斯特拉斯堡大学聘施韦泽担任神学院的讲师。听说教授中有人反对，认为他的神学研究法相当荒谬，如果让他来授课，将搅乱学生们的神学思维。最后，经过霍尔茨曼教授的极力说服，才决定正式聘用他。
1903年10月，他出任托玛斯神学院的舍监，年薪2000马克，并且分配到一间新寓所。公寓位于托玛斯神学院旁边，这是一座日照良好的住宅。
《耶稣生平研究史》与《巴赫论》
1906年，施韦泽完成了《耶稣生平研究史》。进行这项工作时，参考书籍塞满了他整个书房，访客必须侧着身子才能通过书道。在外人看来，这些书一定是杂乱无章的，其实它们都是分门别类整理好的。每当女佣来清理房间，施韦泽都要费一番功夫维护它们。这位女佣有洁癖，一看到他的书房就紧锁双眉，大刀阔斧地整理，所以他总是虎视眈眈地注视着她。
施韦泽在《耶稣生平研究史》中，曾列举了神学教授威廉·普列德的著作，日后他们成为笔友。普列德在1907年死于心脏病，在他逝世以前，施韦泽曾经给他写了一封信，内容是说他的病治愈希望渺茫，死神随时会来临。每当想起自己身体健壮，而普列德却因疾病命在旦夕，施韦泽便有一种说不出的悲伤怆然感。
施韦泽的著作由牛津大学的善提教授介绍到英国。他曾邀请施韦泽到英国去，当时施韦泽正埋首研究医学，并且兼有其他事情无法分身，这件事情对他来说，实在非常遗憾。施韦泽所说的其他事情，就是将巴赫著述的法文版翻译为德文。
施韦泽之所以出版巴赫这本书，是有原因的。每年春秋两季的休假他均前往巴黎探望维多，这已是惯例了。有一次，维多老师告诉他：“有关巴赫书籍的法文版均为故事体裁，没有一本著述可以帮大家理解巴赫艺术方面的造诣，音乐学校的学生深感失望。”他听到维多这席话，立即闪出一个念头：“我要完成这部书”。恰好当时他正担任圣威廉教堂巴赫乐曲的管风琴演奏，平日就很注意有关巴赫的报道，他决定于1902年秋开始着手进行，他非常高兴自己有机会发表对巴赫的研究。
1902年秋，施韦泽只完成了准备工作，因此把计划延迟了一年。施韦泽把全部空闲时间专注于这件事，他勤跑图书馆寻找有关巴赫的著述。当时，巴赫的乐谱非常昂贵，并且不易获得，除了在大学图书馆寻找外，没有其他更好的途径。由于白天有工作在身，施韦泽只好利用晚上的时间去图书馆，进度受许多事情的牵制所以很慢。
正在这个时候，有位乐谱商告诉他一个消息：巴黎有位妇人准备出售巴赫全集。当初她是为了支援“巴赫学会”才买下来的，由于这部书的内容相当复杂，她用不上所以打算出售。施韦泽虽然渴望得到它，但一想到价钱一定不便宜，只有按捺住自己的冲动，先探听价钱。出乎意料的是对方竟然说：“如果这部书对你的工作确实有帮助的话，我愿意以200马克出售。”这个价钱便宜得几乎让施韦泽难以置信，他喜出望外地请她立刻转让。自从买下这部巴赫全集后，他可以省去上图书馆的时间，专心在家工作，因此进展得很顺利。
施韦泽虽然读过不少音乐史和音乐理论，却不是一个专门致力于音乐研究的人。就此点来看，施韦泽研究巴赫的著作，委实有点自不量力。话虽然如此，施韦泽还是拟订了一个计划，就是将过去被人忽略了的巴赫音乐的本质显昭于世，同时探讨巴赫合理化的演奏法。这项工作最使他头痛而感到困难的是要以法语著述，虽然从孩提开始，他就同时使用德语和法语，但是他的母语是德语，在大学上课也是使用德语，而今要以法文写书实在是项艰巨的工作。
施韦泽一一克服法语文法方面的缺陷。1904年秋天，原稿大致成形，施韦泽向维多报告这件事，同时请他写序。维多不断地写信鼓励施韦泽，如果原稿完结，他一定会寄上序文。事情进行得很顺利，1905年，《巴赫论》终于在巴黎付梓，前面有维多的序文。
后来，在施韦泽准备将法文版转译为德文版时，发现已问世的法文版尚有许多缺失的地方，内心颇感不安，因此将德文版重写，以崭新的面目出现。重写并非易事，反复写了好几遍，总是无法令自己满意，每次都半途停滞。
施韦泽在百乐特市一个名叫黑马馆的旅社中重新进行研究巴赫的工作。有一天，施韦泽在百乐特市的剧场看了一场《托里斯坦》，当他看完步出剧场后，感到全身的血液在沸腾，非常兴奋。为了平息当时的情绪，回到住处后，他立即执笔畅述这部新《巴赫论》，文思泉涌直泻而出，虽然楼下酒馆人声嘈杂，他却丝毫不以为意，似乎有股无形的力量在支撑着他，当他停笔时，发现阳光已射到他的桌上。
完成前半部论述后，进度一直停滞不前，现在如同被堵塞的管子突然打通，顺畅起来。两年后，这部844页的德文版《巴赫论》完成了。
出版商看到堆积如山的德文原稿后，两眼瞪得如铜铃，一脸疑惑的问：“真没想到会有这么多，恐怕是法文版的两倍吧！”施韦泽装出一脸无可奈何的表情，但内心却无比的得意，因为他终于完成了这项艰难的工作，有份难以尽述的成就感。他进行德文版《巴赫论》工作时，并未终止神学方面的研究，仍去大学上课以及讲道，偶尔也去各地旅行讲演。他曾数度中止著述工作，但最后还是完成了，长久的努力终于有了成果。
1908年，首度发行德文版《巴赫论》，由莱比锡的黑尔特尔公司出版。在此以前，1905年秋天，施韦泽将历年来研究管风琴的制作法做了一番整理。幼年时，他便对管风琴的构造产生了浓厚的兴趣，前面曾述说过，这是来自他的外公席林格的遗传。
1896年，施韦泽曾前往修特德雅鲁特音乐厅，参观新装置的管风琴，演奏者兰克先生亲自带领他参观，并且示范演奏让他鉴定。事实上，兰克先生的指法并不高明，发音硬涩，每个音都含混不清。
就音质来说，施韦泽认为现今的管风琴无法与昔日的管风琴相比。他每到一处，必定会去观赏当地的管风琴，几年下来，他几乎看遍了整个欧洲的管风琴。这帮助他更进一步地了解它们的制作与特性，总的来说，法国产品比德国产品优良，因为法国人比较遵守传统。他将研究的结果做了系统的编排，于1906年出版一本名为《德国与法国管风琴的制作与艺术观》的小册子，指出古时的管风琴音质较佳，现今的制作法必须重新慎重研讨。这项意见发表后，成为当时众人的笑柄，可是经过时间的检验，却渐渐受到人们的重视。在1909年举行的国际音乐学会上，终于有人提出，管风琴的制作法必须考虑到兼备古代优美的音色与现代技术的优点，兼容并蓄，臻于完美的境界。