1894年7月，日本侵略者对中国发动了甲午战争，这次战争给中华民族带来了深重灾难。1894年10月24日，一路日军在庄河花园口登陆，11月6日占领金州。11月21日，日军侵入旅顺口，凶残的日本侵略者对手无寸铁的老百姓进行了灭绝人性的4天大屠杀，制造了一起震惊中外、惨绝人寰的历史惨案——旅顺大屠杀。日军不论男女老幼，见中国人就杀，共杀害我同胞近20 000人，仅36人得以幸存，留做抬尸之用。一时间，旅顺口尸横遍野，血流成河。大屠杀过后，日军为掩人耳目，消除罪证，驱使我死里逃生的同胞组成扛尸队，把死难者尸体集中火化，烧了十几天后，将骨灰埋在白玉山东麓。
1896年11月，日军撤出旅顺后，清朝派来接收旅顺的官员顾元勋在此树立了万忠墓的第一块碑石，亲书“万忠墓”3个大字并修建享殿，以示祭奠。后又分别在1922年、1948年进行维修，享殿正门额上方悬挂“永矢不忘”金字横匾，并树碑，碑上铭文记述了日军暴行和重修万忠墓的经过。
1963年，万忠墓被列为省级文物保护单位。
旅顺万忠墓纪念馆位于辽宁省大连市旅顺口区九三路，是为纪念1894年中日甲午战争中惨遭日军杀害的近2万名中国同胞而于中日甲午战争100周年之际新建的。
1994年大屠杀百年，旅顺口各界人士重新安葬甲午战争殉难同胞，并于11月21日旅顺各界隆重举行“甲午旅顺殉难同胞百年祭”活动，树立了万忠墓第四块碑。重修后的万忠墓陵园占地9300平方米，纪念馆建筑面积1100平方米。原任国务院总理的李鹏同志亲自挥毫题写了“万忠墓纪念馆”的馆名。
该馆主要陈列内容包括“甲午战争前的旅顺口”、“甲午战争与旅顺口的陷落”、“震惊中外的旅顺惨案”、“旅顺万忠墓”四部分。整个陈列真实地反映了中日甲午战争时期，日本侵略军在旅顺制造惨无人道的大屠杀的罪恶行径，时刻提醒着人们牢记历史，勿忘国耻。
1997年，万忠墓被中宣部命名为全国百家爱国主义教育示范基地之一。
1998年12月22日，一座占地面积为312平方米的半景画厅在万忠墓纪念馆内正式落成并对外开放。它采用地面塑形与背景绘画的形式，以声、光、电等现代手段再现了甲午战争时期旅顺口陷落、旅顺人民遭受日军野蛮屠杀及旅顺口人民英勇反抗、奋起还击的悲壮场景。