（三）2004年开始的国家控股的股份制商业银行改革阶段
2003年年底，党中央、国务院决定，选择中国银行、中国建设银行进行股份制改革试点，并动用450亿美元外汇储备注资，希望借此从根本上改革国有商业银行体制。
此次改革总体上分为三个步骤，一是财务重组，即在国家政策的扶持下消化历史包袱，改善财务状况。财务重组是国有商业银行股份制改革的前提和基础。
二是公司治理改革，即根据现代银行制度的要求并借鉴国际先进经验对银行的经营管理体制和内部运行机制进行改造。公司治理改革是国有商业银行股份制改革的核心和关键。
三是资本市场上市，即通过在境内外资本市场上市，进一步改善股权结构，真正接受市场的监督和检验。资本市场上市是国有商业银行股份制改革的深化和升华。
二、中国商业银行存在的主要问题
（一）不良贷款“名降实增”，绝对数量增加
中国银监会2011年1月24日发布的统计数据显示，2010年末商业银行不良贷款率为1.14%，不良贷款余额4293亿元，继续保持“双降”。
近几年来，我国商业银行的资产质量有了显着改善，不良贷款余额及比例总体上延续了2003年以来“双降”的态势。但探究“双降”的内在原因，不难发现，“双降”与银行自身经营改善的关联度非常小，银行潜在不良贷款问题依然值得警惕。
近期，上市银行先后公布的2010年度业绩普遍超出市场预期，其中不良贷款余额及比例继续保持“双降”，这也是当今我国银行业的基本特征之一，从银监会公布的最新数据中可见一斑。但是，这个令业界骄傲的数据背后，其实掩盖了不良贷款“名降实增”的真相。之所以这么讲，主要有以下四方面根据。
第一，国有商业银行的“股改剥离”是银行贷款质量得到改善的最直接原因。中国农业银行的财务重组案例尤为明显。中国农业银行是新中国设立的第一家商业银行，也是改革开放后第一家恢复成立的国家专业银行。成立于1951年，1979年2月再次恢复成立后，成为在农村经济领域占主导地位的国有专业银行。1994年中国农业银行开始向国有独资商业银行转变。2009年1月15日，中国农业银行由国有独资商业银行整体改制为股份有限公司，并更名为“中国农业银行股份有限公司”。为了成功上市，2008年，农业银行剥离了8157亿元不良资产，从而令银行业不良贷款大幅减少7082亿元，整个银行业的不良贷款率也从6.17%下降到2.42%。
从目前来看，银行自身利润冲销和直接剥离是银行减少不良贷款的两种途径。但是，由于我国商业银行的不良贷款数额巨大，银行利润又十分有限，因此，不良贷款的主要处理方式是“先注资，再剥离”。为了还原我国商业银行不良贷款的“真实面貌”，可根据中国人民银行公布的某一时期新增贷款减去期末与期初的贷款余额之差，推算当期剥离或冲销的不良贷款数额；或根据银监会公布的不良贷款余额与剥离或冲销的不良贷款数额之和，推算出商业银行在某一时期内形成的不良贷款总量。
根据相关数据计算，2003年以来，我国商业银行共剥离或冲销的不良贷款数额高达1.85万亿元。考虑到这一因素，截至2010年第2季度末，商业银行的实际不良贷款余额和不良贷款率则分别高达2.3万亿元和6.24%。
第二，从不良贷款的结构看，我国商业银行的不良贷款呈现劣变趋势。在损失、可疑、次级这三类不良贷款中，损失类是无法收回的贷款，对银行的负面影响最大。2007年，损失类贷款占不良贷款的比重从2003年的27.64%大幅攀升到46.33%，在短短4年中增加了19个百分点，其增加主要是由可疑类和次级类贷款劣变形成的。2008年，商业银行损失类贷款余额570亿元，比年初的5877亿元减少了5307亿元，但考虑到农业银行剥离的5494亿元的损失类贷款，商业银行的损失类贷款非但没有减少反而增加了187亿元。所以，由于农业银行对损失类贷款的剥离，才使得2008年以来损失类贷款在不良贷款中比重出现大幅下降的“假象”。
第三，贷款规模扩大“稀释”了不良贷款，从而大幅降低了不良贷款率。自从2002年我国银行业实行贷款风险五级分类管理以来，监管部门将“双降”，尤其是不良贷款率的降低作为银行资产质量考核的重要指标。不良贷款率的降低是由不良贷款余额与贷款总额共同决定的，商业银行在实践中往往通过“增大分母”——扩张信贷来换取不良贷款率的下降。2009年以来，我国商业银行不良贷款率之所以能快速降低到2%以内，也正是“天量”信贷投放所致。
第四，经济下行风险将导致“隐性”不良贷款激增，银行业面临不良贷款“双升”压力。近年来，我国直接融资规模虽然有所上升，但仍然难以撼动贷款融资占融资总规模80%的重要地位。这种过度依赖银行贷款的融资结构决定了银行贷款具有“亲经济”的周期效应，即银行业在分享经济高速增长所带来成果的同时，也难以避免经济周期波动带来的风险。
当前，我国经济增长减速压力日益明显，自1990年代末剥离1.4万亿元的不良资产之后，我国商业银行还没有经历过真正的经济下行周期。如果中长期内我国经济增速显着放缓，这可能导致目前的“隐性”不良贷款在未来2-3年内的某个时候集中“显性化”。再考虑到2009年以来15万亿元新增贷款中有相当大比例投放到了地方融资平台项目、产能过剩企业及房地产市场，经济波动给商业银行可能带来的不良贷款数额值得我们提高警惕。
（二）资产管理不善，贷款风险防范机制不健全
首先，我国商业银行在资产管理方面存在一些漏洞，贷款“三查”制度没有真正落实，授信不统一。不少项目贷前调查流于形式，对企业产品、生产经营状况、经济效益、发展趋势等主要因素预测不准，在方法上重定性轻定量，缺乏科学的分析；贷时审查不严格、不科学，在放贷时违反规定与操作程序，使“人情贷款”、“关系贷款”等现象时有发生；贷后检查不积极，流于形式，重贷轻营的现象较普遍。这些因素将直接影响今后贷款的回收。另外银行对不同企业贷款方式（主要有信用贷款、担保贷款、抵押贷款）选择不当也是造成贷款风险的重要因素。我国商业银行从1997年开始实行授信制度，但由于授信不统一，往往出现同一借款人授信总额度超过其最大风险承受力的现象，造成信贷资金风险。
其次，由于目前很多机构现有信贷人员业务素质不高，且个别人员法制观念不强，违章、违规、违法现象时有发生，人为造成信贷风险损失和资金损失，严重威胁信贷资产的安全运营。中国银行广东开平支行的案件就是一个很好的例证。
2001年10月初，中国银行在首次对全国计算机实行联网监控时，发现账目存在高达4.82亿美元联行资金的缺口，事发地点被锁定在广东开平。10月12日，银行方面发现中国银行广东开平支行前后三任行长许超凡、余振东、许国俊下落不明，随即向有关部门报案。
原来，自1992年开始，余振东与许超凡、许国俊（均另案处理）合谋，利用中国银行联行资金管理上的漏洞，采用以企业名义向开平支行办理假贷款套取银行资金、占用企业正常还贷资金或假借企业名义直接转款等手段，占用、侵吞巨额联行资金，然后指使属下工作人员或地下非法钱庄将侵吞资金汇至其与许超凡、许国俊等人在境外设立的私营公司，贪污公款8247万美元。
同时，三人又采取假借企业名义向中国银行开平支行申请贷款、套取巨额联行资金的手段，挪用巨额资金共1.324亿美元、2.731亿元人民币、2000万港元用于其境外私营公司的经营。此外，三人借此从该公司获得的分红等非法利益共6.73亿港元，全部用于个人炒卖外汇、股票及赌博等。
案发后，余振东与许超凡、许国俊于2001年10月12日经香港逃往加拿大、美国。在香港停留期间，余振东通过变卖股票等方式，套取现金，并将余下侵吞、挪用所得的资金转移到美国、加拿大其亲属的账户及赌场账户中，用于外逃之用。
最后，缺乏一套严密的监督机制，也是造成不良贷款增加的一个重要因素。目前我国金融监管体系还不完善，监管机制也不健全，银行内部稽核、监督工作还存在很多问题，这些都给不良资产的形成埋下隐患。
一方面纵向没有形成垂直的相对独立的内部稽核体系，现在中国商业银行有的内部稽核部门仍然是对同级行长负责，对查出的问题，稽核部门没有处罚权，不利于查错防弊和防范金融风险。
另一方面内部稽查机构缺乏实质性的权力，不敢干预一些违规行为。近几年，在商业银行的经营运作中，违规经营问题时有发生，如利用银行信贷资金炒房地产、炒股票，违规拆借资金炒买炒卖有价证券，使银行遭受巨额损失。而作为监督机制重要组成部分的内部稽核部门，由于隶属于本行行政领导管理之下，明知是违规行为，却无权过问，又不敢干预，使内部稽核的监督作用仅仅停留在纠正一般的业务差错上。
贷款是商业银行最重要的资产业务，信贷资产质量的好坏直接关系到商业银行的生存与发展，这在我国商业银行资产比较单一的情况下显得尤为突出。必须完善内控建设，建立健全科学的资产风险管理系统。
（三）人员素质水平普遍不高，人才流失严重
现代银行是高度专业化的产业，对员工的素质有着很高的要求，不管是管理人员还是一般业务人员。不仅要求员工要具备较高的学历层次，丰富的专业知识，更注重员工的工作能力和创造力。而目前我国商业银行特别是几家国有商业银行职工队伍素质普遍不高，学历较低，工作能力和业务水平也不高。这主要是一些银行缺乏一套完善的、适应现代商业银行运作的劳动人事制度。员工录用要求不高、把关不严，一些人是靠关系而不是靠自身实力进入银行；在岗人员缺少技术和业务培训，没有一套科学严密的考核制度；岗位分工不合理，员工缺乏工作积极性和创造性。而且大量临时用工人员充斥一线岗位，很多都是无证上岗，难以保证银行临柜业务的顺利开展和服务质量的提高。再加上这部分人员缺乏必要的教育，且由于待遇较低，往往很容易造成某些人心理失衡，从而走上犯罪道路。近几年来这类金融犯罪案件时有发生，呈逐年上升的势头，已严重威胁到银行资金安全和社会声誉。服务是金融工作的生命线，良好的人员素质还应配以先进的技术装备才能提供高质量的服务。
加入世贸组织后，中资银行不得不面对的一个问题是人才流失。为实现人民币业务的扩张和降低经营成本，外资银行必定实施人才本地化战略，重点吸收那些既熟悉银行业务又有一定特长的本土人员加盟，选聘人才的方式是从我国国有商业银行的优秀人才中“挖墙脚”。在金融领域，外资银行纷纷采取高薪酬、高福利和出国培训考察、期权激励等特殊奖励，吸引国有商业银行的行长、高级客户经理和业务骨干。面对家门口动辄数十万元的年薪和不菲的合法股份，试图依靠行政手段干预人才流动的传统做法立即失效，导致金融人才的大量流失。国有商业银行成了外资银行和股份制银行的“培训基地”。
（四）资产结构单一，分业经营，竞争力弱
西方商业银行把资产结构多元化作为分散经营风险、提高资产质量的有效方法而广泛采用。而在中国由于长期实行封闭式的金融管制，市场发育不全，一级市场金融工具少，二级市场不活跃，致使银行的大量资产以单一的被动型资产——贷款形态存在。这使专业银行在金融市场的活动空间十分有限，难以及时调整资产结构、规避风险。在此背景下，商业银行的发展遇到了障碍与重重困难。金融市场与资产结构多元化要求的矛盾加剧。
由于我国金融市场不够规范，金融机构内部风险控制较弱，所以我国仍实行严格的分业经营。从初衷看，这一方面可使金融机构业务更加专业化，以提高金融机构运行效率；另一方面可防止金融风险交叉传递和不正当竞争，以降低金融系统性风险。但从实践看，国有商业银行只能在狭小的存贷款领域经营，主要面对国有企业从事基本的业务活动，由于国有企业普遍效益偏低，致使不良资产比率上升，国有商业银行束手无策。加入世贸组织后，将形成国有商业银行分业经营而外资银行混业经营的格局。外资银行混业经营能为客户提供较全面的服务，能沟通货币市场与资本的联系，将各种金融业务进行有效组合，大大降低成本，在竞争中取得优势。