（三）系统方法
系统方法是随着一般系统论的产生而发展起来的。20世纪二三十年代，奥地利理论生物学家贝塔朗菲等人，认为机械论不能科学地解释生命现象，主张将有机体作为一个整体系统来考察，提出了有机论思想。接着又提出用数学模型研究生物学的方法和机体系统的概念。第二次世界大战之后，贝塔朗菲等人进一步在有机论的基础上提出了一般系统理论。20世纪60年代以来，系统理论和方法得到丰富和发展，并和控制论、信息论结合，渗透到众多学科和工程技术的领域之中，取得了显着的成效。
贝塔朗菲把系统定义为：处在一定相互联系中的与环境发生关系的各组成部分的总体。钱学森等认为，系统是由相互作用和相互依赖的若干组成部分结合成的具有特定功能的有机整体，而且这个系统本身又是它们从属的更大系统的组成部分。这些解释和说明，都强调系统是一个整体，系统的特定功能主要是由组成部分的相互关系所决定，表现在系统与环境的联系和关系之中。即：系统是由若干要素通过相互联系组成的在与环境相互作用中具有确定性能的整体。
对于这个定义应作如下理解：
首先，系统是一个整体，具有只存在于整体水平的属性、功能、行为、规律，它原则上不同于组成这个系统的诸要素的属性、功能、行为、规律。
其次，系统的这种整体性并非凭空产生，是以诸要素为基础，通过要素之间的相互联系与相互作用而产生的。
再次，任何系统都不是孤立的，都是构成更大系统的“子系统”，其整体性的形成和发挥，受其“母系统”（环境）的控制和支配。
所谓系统方法，则是将所要研究的对象，作为一个系统来对待，着重从系统的整体与要素、要素与要素、系统与环境之间的相互作用、相互联系中，综合地考察对象，以达到全面、精确地了解对象，并对问题做最佳处理的方法。换言之，即综合地研究和处理有关对象整体联系的一般方法。
系统论思想在考察疾病时，要求进行系统辨识。其特点是，把注意的中心放在人的整体水平，把“人的健康与疾病”作为全部思考的立足点和着眼点；由此出发，运用分析、辨识方法，揭示与“人的健康与疾病”有关的所有因素，其基本线索是：要素（器官、细胞、分子等）是否正常，要素之间、要素与系统（人）之间的关系是否正常，人与环境之间的关系是否正常；考察这些关系的质量，不仅注意是否出现了结构性、器质性病变，而且要注意一般功能过程中有序性、稳定性、自组织性的异常状态；要全面衡量和评价所有这些因素在影响“人的健康与疾病”中的作用和地位；在某一特殊病人的特殊情况下，则要具体地分析由于具体条件所造成的各个因素所处的不同地位和所起的不同作用，为有针对性地、有区别地对各个因素进行调节提供全面而准确的认识前提。
系统论思想在治疗疾病时，要求运用系统工程的方法。其特点是，以追求整体最佳——人的健康为目标，全面分析与整体最佳有关的各个因素和环节，着重抓住对于实现整体最佳有决定意义的关键性因素和环节进行调节控制，不必对所有因素和环节都逐一作出直接的具体的调节控制；对所调节和控制的因素和环节所应达到的水平的要求，不是它各自在孤立状态下的“最佳”水平，而是为满足整体最佳所需要的“最佳适宜”状态；进行调节的途径是多样的，可以运用特异性治疗手段，直接作用于有关因素；也可以运用非特异性治疗手段，通过调动、扶护机体的自组织能力来进行自我调节；可以进行黑箱式调节，也可以进行白箱式调节。
二、系统科学方法在医学研究中的意义
系统方法是和现代科学技术整体化一起发展起来的，它的出现为科学研究方法增添了新的内容。应用于医学领域，它将给医学科学研究的发展带来巨大的影响，具有重大的意义。
（一）人体是一个有机系统
我们已经认识到人体是一个包含众多子系统的大系统。对于这样一个结构复杂、功能综合、规模大、因素多的大系统，从本体论来看，还原论是行不通的。因为，客观事物本身，当部分构成整体时，低级运动组织成高级运动时，非生命物质转化为生命物质时，都发生了质的飞跃，这是与还原方向相反的过程，还原恰恰否定了这一过程，因而也就否定了事物之间质的差别。整合性是从简单到复杂过渡时的特点，还原论则恰恰抹杀了这一特点。由一般物理、化学过程所“整合”起来的人体和疾病过程，不可能再由一般的物理、化学规律得到完全的说明。正因如此，尽管人们从不同角度、针对不同部分，对人体和疾病作了大量研究，发现了各种各样的因果关系，并积累了丰富的资料和数据，但在许多问题上，我们还不能在系统整体上得出一幅脉络清晰的画面。像对于肿瘤，人们从细胞形态、细胞免疫、遗传基因等方面进行了探查，并取得了相当多的实验资料和经验知识，可是直到今日还未能从总体上作出说明。这与缺乏将个别、分散的成果联系起来进行考察的工作和方法不无关系，说明我们的思考必须从“还原”转向“系统”。
人体在本身是一个包含众多子系统的大系统的同时，从自然角度来看，又是自然这个大系统中的一个子系统。随着生态学、环境医学等学科的发展和医学模式的转变，医学科学也在日益扩大到更广的范围。因此，尽管分子生物学的建立，使对人体和疾病的认识深入到分子和亚分子水平，弄清了一大批发生于分子水平上的病理机制，成就是伟大的。但在冷静地总结这些成就时，生物学家和医学家们却发现，这些成就远未解释清楚生命和疾病过程，沿着这个方向一直走下去，未必一定成功。对此，钱学森教授曾指出：我们可以说把生命的现象分解为分子与分子的相互作用，现在已经取得了伟大的、惊人的成就，建立了分子生物学这门有非常充实内容的科学。但在这一发现面前，也有许多生物学家感到失望，我们知道得越细、越多，反而失去全貌，感到对生命的理解仍然很渺茫，好象知道得越少了。造成这种状况的原因，主要不在生物学家和医学家们关于分子的知识不足，而在于他们的思路的局限，即传统的还原论思路束缚了他们的手脚和头脑，致使在生命和疾病过程中许多更重要的内容从眼皮底下漏掉了。二次大战以来，疾病谱和死亡谱发生了重大的改变，心血管病、脑血管病、癌症上升到突出的位置，对这些病做了大量还原性实验研究，不少微观机制得到了说明，但远未揭示发病的全部机制。因为，疾病不仅关系到人体的生物过程，而且与人的心理、生态、社会、经济问题和价值观念等等因素直接相关。为了攻克这些未解决的难题，迫切需要一种从还原性实验研究中“回过头来”的思考，需要一种超出于实验结论和临床应用细节的总概念，需要对疾病有一种能够把各方面的因素和关系全面地包括进去的广泛理解，这是从医学实践本身提出的改变和调整思维方式的客观要求。系统方法的发展和普及，将会促进现代医学研究的进展。
（二）医学的发展需要系统方法
随着医学的发展，专业化程度日益加强，如果没有一种方法，将各自所在的不同范围沟通起来，就不能适应整体性极强的生命科学的发展。仅以临床医学来说，目前分科不断分化，这同时又不利于对患者做综合协调和整体治疗。如果能用系统方法针对不同情况设计一定程序把各项治疗联系起来，使整体协调和局部深入都得到恰当的安排，必将推动临床治疗学和临床医学研究的发展。
与此同时，医学知识在急剧增长，名目繁多的诊断、治疗技术，大量的实验数据和检查数值不断涌来，如何消化和利用这些知识，如何安排医学教育以及如何对各种技术进行选择，也需要从总体上进行研究，以便作出优化处理，系统方法在这些方面可以给人们以帮助。
另外，值得一提的是，随着科学从分析时代向系统时代的转变和新的医学方法模式的形成，人们不得不重新认识曾经几度被否定甚至欲以消灭的传统医学——中医学。中医学虽然起源和发展于古代，带有古代整体论的某些特征，但它具有许多超过那个时代一般发展水平的惊人创造。现代系统论的几个基本原则，如整体性原则、联系性原则、有序性原则、动态性原则等，都可以在中医学找到相应的原始思想。中医学的系统论思想之丰富和深刻，堪称为系统论的一种“雏形”。这种系统论思想，与科学从分析时代向系统时代的转变相一致，与医学模式的转变相一致。因此，对中医学系统方法的总结与提高将对现代医学方法论的转变产生重要的影响。
三、医学系统方法的一般原则
（一）整体性原则
整体性原则是系统方法的核心。现代系统方法对整体的理解，不同于古代医学对整体笼统、模糊的认识，也不同于近代医学把整体看成是部分的简单加和。系统方法把整体理解为整体、部分、环境三者的辩证统一，并着重考虑由部分组成整体以及整体与环境联系中所出现的整体特性和新质。在认识过程中，也不同于传统方法的从部分到整体的顺序，强调从整体认识部分，为了了解整体的特性，也需要对组成整体的部分，作深入的解剖和分析。但系统方法的着眼点是整体与部分之间、部分与部分之间、整体与环境之间的相互联系和作用，并从这些关系中来把握整体。
现代系统论认为，一个大的系统，可以分解成为若干小系统，每一个小系统又可分为若干子系统，子系统再分为若干要素。在这里，整体和部分的对立是相对的。系统对其下一层次的要素来说是整体，而对其上一层次来说就成为要素，亦即部分。整体和部分分属于不同层次，因而分别具有不同的特点和规律。就细胞来看，它是由生物化学分子构成，但有着根本不同于生物化学分子的生命本质。这种生命本质，虽然是以生物化学分子为基础，但它不能归结为它的组成部分——生物化学分子的性质。另外，低层次的规律总是受高层次规律制约的，作为整体的部分，其性质也总是受着整体的支配。任何部分，不论是否能相对独立存在，都只能在整体之中方能体现其意义。所以，要提高整体的性能，必须注意对部分素质的提高，还要看到整体对部分的作用和部分对整体的依赖。
部分与部分的相互联系和相互作用，可以看成是要素与要素的关系。它们处在某种具有一定秩序的偶合关系和组合方式之中。这种在时间、空间方面的有机联系和相互作用的方式和顺序，就是系统的结构。系统的结构是保持系统整体性的内在根据。所以，要认识一个系统的性质，除了了解它的组成要素外，更重要的是要了解其组成要素之间的联系状况和作用方式，也就是说要了解系统的结构情况。在生命活动的许多情况下，只要系统的结构不发生变化，尽管构成系统的要素在更新和更替，系统依然可以保持其自身的稳定。而且，这种动态稳定还是非平衡系统能够自我保持并对环境发挥功能的一个必要条件。如果整体的组成部分改变引起系统的结构变化，那就要影响到整体的正常运转，造成疾病甚至死亡。环境的变化不管如何剧烈，只要没有破坏机体的结构，机体都可以适应。但外界的干扰超过一定限度，使机体的结构发生变化，机体就会变质甚至解体。
只有用系统方法着眼于整体组成部分的内在联系的分析，才能正确估计整体结构中某一部分变化的意义并作出预测。所以，我们要使人体系统健康地运行，就不能停留在提高单个要素的素质或只注意外部条件的改善，应当在一定要素质量的基础上，致力于改善系统的结构。因为只有结构合理，系统整体的机能才能最优，而且如果整体结构良好并能得到合理的调整，即使组成部分质量较差，也能产生较高的整体功能。
整体与环境的相互联系和相互作用，即系统与环境的关系。这一关系表现为系统整体对外界作用过程的秩序，这一过程的秩序就是我们所说的系统功能。系统功能体现了一个系统与外部环境之间的物质、能量、信息的输入和输出的交换关系。倘若系统整体在运动中与周围环境的物质、能量、信息的交换遭到部分或全部的破坏，系统就会部分地或完全地失去它原来的整体性。所以，协调系统与环境的相互作用的秩序、保持系统的正常功能，也是系统发展中保持其整体结构稳定的必要条件。人们从事体育锻炼来改善人体器官和组织的状况，就是整体结构通过功能活动接受环境作用，得到自身调整的结果。这种调整的结果，可以促成整体结构的进化，也可能使整体结构发生退化。一般说来，当系统的功能与环境相适应，功能得以很好地发挥，系统通过功能对环境的作用处于一种开放的状态，则系统结构间的相互作用会因之加强，使有序程度越来越高，从而促成结构的进化，甚至导致新功能的产生。婴儿出生后股骨的骨小梁呈不规则分布，一周岁后，由于站立和行走，使骨小梁按一定的压力和张力方向，呈有顺序、有层次的排列，形成坚韧的骨组织结构，有效地维持了人体的站立、行走和负重，这就是功能促进结构进化的例子。