五行学说在中医学理论中有着广泛的应用。
首先，在生理方面，一是以五脏配五行，五脏又联系着自己所属的五体、五官、五志等，从而把机体各部分机能联结在一起，形成了中医学的以五脏为中心的生理病理系统，体现了人的整体观。二是根据五行生克制化规律，阐释机体、肝、心、脾、肺五个系统之间相互联系、相互制约的关系，进一步确立了人是一个完整的有机整体的基本观念。三是以五脏为中心的五行归属，说明人体与外在环境之间相互联系的统一性。
其次，中医学不仅用五行学说对人体各种组织器官进行五行分类，而且以五行之间的相生相克关系来说明人体保持动态平衡的微观机制。五行学说认为，事物之间的相生和相克不是决然无关的，而是密切联系的，体现了生中有克和克中有生，因为只有这样，自然界才能维持其生态平衡，人体也才能维持其生理稳态。对五行中任何“一行”来说，都有“生我”、“我生”和“克我”、“我克”的四个方面的联系。
从系统论的观点来看，古代医家把五行之间的生、克、乘、侮关系应用于五脏，朴素但深刻、全面地揭示了五脏之间以至整个人体复杂系统的反馈调节、控制机制。
另外，五行学说在中医学治疗方面也提供了方法原则。如“虚则补其母，实则泻其子”的治疗原则；“滋水涵木法”、“培土生金法”、“益火补土法”、“金水相生法”、“抑木扶土法”、“泻南补北法”等，都是根据五行之间的生克关系，而制定的行之有效的治疗方法。
三、阴阳五行学说与中医学生长点的确立
阴阳五行学说不仅对中医学理论体系的构建起到了纲领性方法论作用，而且对中医学生长点的确立起到了积极的作用，这是古代哲学对中医学最重要的影响。
生长点问题或立足点问题是科学的基础性问题，对于任何科学的创立和发展都具有决定性的意义。没有生长点或生长点不明确，一门科学的存在和发展是不可能的。医学以人的生命现象为研究对象，而人的生命现象总是实在的具体。
马克思说“具体之所以具体，因为它是许多规定的综合，因而是多样性的统一”。那么，从哪一方面的规定性或哪一角度去把握人的生理病理现象，达到治疗疾病，维护健康的目的呢？这就构成了不同医学的立足点或生长点问题。就一般意义而言，中西医研究对象都是人，是人的生老病死现象及其规律。这些客观规律虽然先在地存在着，但并不一定成为认识的对象，客观现象能否成为认识的对象，能否进入认识的视野，还取决于认识主体的条件。对同一客体——人的生命及疾病现象，究竟哪个方面、哪个层次、哪些因素能够成为中西医现实的认识客体，取决于中西医不同的认识主体根据各自形成的本质力量有选择地设定认知指向，从而确定其生长点。众所周知，中医学是以生命现象诸因素的统一整体性质及其相互作用的“联系”为生长点。换言之，即以活的人体为生长点的。因为只有在活的人体身上才有生命现象和疾病现象，才有健康维护的必要和疾病治疗的必要与可能，而生命现象与疾病现象的本质正是活的人体内部诸因素及人体与环境因素统一联系和相互作用的表现及其运动状况决定的。
中医学这一生长点的确立，经历的是一个从自发到自觉的过程。应当承认，中医学在反复的实践中，在大量经验事实的感受中，曾本能地从人的生命现象的统一整体性以及生理病理过程中诸因素的相互联系出发。但是真正做到明确地有意识地以之为生长点或立足点，还是接受古代哲学，特别是阴阳五行学说的结果。从前面两节的分析中知道，阴阳五行在概括宇宙万物时，朴素地反映了宇宙的统一性质和事物的矛盾制约关系，提出了从事物矛盾的统一整体上及其相互作用关系意义上认识事物的合理思想。中医学在把阴阳五行说搬过来作为自己的基本理论的同时，也接受了其中包含的这一合理思想。而在临床实践的直观中，当哲学的合理思想不断得到印证时，中医学也就产生理性飞跃，即自觉地把阴阳五行的整体思维和辩证思维作为自己的根本指导思想，这就是中医学整体论治和辨证论治思想的形成。而整体论治和辨证论治思想正是中医学生长点性质和状况的理性表现。
生长点的确立使中医学获得明确的发展方向。中医学的全部理论体系和全部医疗实践便在这特定的生长点上发展着和展开着，并且针对生命现象的不同方面，创立了整体论治和辨证论治的若干具体学说。
如关于人体内部，有所谓阴平阳秘、五行相生相克及经络气血运动统一论；关于生理病理与人的精神状况的关系有所谓情志病因相关论；关于人体健康与自然环境的关系有所谓“四时五脏阴阳”的“天人合一”或“天人相应”论；在疾病诊断上有所谓“四诊合参”；在药理的作用上强调复方的运用等。生命现象的整体性以及生理病理诸因素的相互联系、相互影响乃至生命现象的根本特征，中医学以此为生长点或出发点，这就抓住了生命现象的本质和医疗实践的根本。整体论治和辨证论治遂成为中医的特色和巨大生命力所在。中医学因而在数千年的发展中长盛不衰，并且达到了极其辉煌的成就，以致许多古老有价值的东西至今依旧是个谜。
在充分肯定阴阳五行对中医学理论及其发展的积极影响的同时，也必须看到它对中医学理论发展带来的负面影响。尽管阴阳五行给中医学理论带来了整体观念和系统思想，但阴阳五行毕竟是古代自然哲学，必然带有古代自然哲学的局限。
正如恩格斯所言：“用理想的、幻想的联系来代替尚未知道的现实联系，用臆想来补充缺少的事实，用纯粹的想像来填补现实的空白。它在这样做的时候提出了一些天才思想，预测到一些后来的发现，但是也说出了十分荒唐的见解。”阴阳五行学说对中医学理论的负面影响集中体现在中医学理论的直观性、模糊性和超稳定性上，这些特点到了近代又成了中医学进一步发展的桎梏。因此，中医学的现代发展必须正确处理好哲学与医学的关系。
西医学的发展早期也曾出现过医哲交融的时期，到了近代，随着解剖实验手段的出现，西医学从哲学母体中分化出来，走上了独立发展之路。而中医学几千年的发展一直没有脱离哲学的怀抱，如何处理好哲学与科学、哲理与医理的关系是中医现代发展面临的一个重要课题。既然中医学是一门科学技术，像其他科学技术一样，中医学迟早要走出哲学的怀抱，走上独立发展的科学理论之路。现代科学方法在中医学理论研究中得到了广泛应用，传统中医学理论正在发生着潜移默化的改变。随着研究的深入，中医学理论最终在形式上和内容上都将放弃哲学与医学浑然一体的状况，中医学理论也将在发展中得到新的改造并赋予新的科学内涵。由中医自身的自然科学特质决定了中医学理论从哲学中分离出来的必然性，但这并不意味着中医学理论从此摆脱了哲学，而只是发展了的中医学理论今后将不再把哲学理论作为医学理论的主体，中医学理论体系将由抽象化走向具体化、实证化和客观化。从某种意义上来说，中医学理论和中医现代化研究更需要哲学，需要科学认识论和方法论的指导，特别是需要唯物辩证法和现代系统科学方法论的指导。