②使医学的面貌发生了深刻的变化，促进了大部分基础医学学科的建立和发展，它帮助人们揭示了代谢异常、免疫缺陷、病毒感染、放射损伤、肿瘤发生、遗传疾病等疾病现象的微观依据。例如，轻度缺氧时，血中红细胞变成镰刀状而大量破坏的镰刀型贫血症，即是因为血红蛋白某一谷氨酸被颉氨酸所代替。总之，正是还原方法，促使现代医学对疾病的认识，从细胞水平深入到细胞及体液中各种成分的变化。与此同时，在临床治疗上也带来了深刻的变化。例如，激素类药物中，有关核酸的药物等等不断出现。近年来，已能用基因工程的方法，人工合成一段基因，引入大肠杆菌，从而使大肠杆菌产生原由胰岛素和下丘脑释放的生长抑制因子，这又为制造新的生化药物开创了途径。
③为现代医学提供了新的方法、新的技术和手段，使医学研究逐渐走向纵深。20世纪50年代，由于X线衍射的应用，使得沃森和克里克能共同提出DNA有互补的双螺旋结构，首次把生物学原则还原为普遍的化学结构，用物理化学模型来解释有机体生殖和生物合成的遗传机制，从更深层次认识生命物质运动的规律。显微镜、核磁共振、电子计算机、遥测遥感微电极等的应用是观察从宏观深入到微观，从表面形态深入到细胞、分子机理，为临床提供了诊断和快速的分析方法。
3.还原论的哲学反思
还原论用简单运动形式的规律完全解释复杂的运动形式，把人体生命活动归结为机械运动、物理运动和化学运动，用物理化学语言诠释生命活动，这一直受到质疑。物理化学运动是生命运动的重要基础。为了揭示生命运动的机理，必须应用物理化学的方法。但是，物理、化学过程能够说明人体的一部分规律还是包括生命的全部规律？特别是能不能包括生命运动所特有的那部分规律？
还原论用物理、化学的概念和方法研究生物科学发挥了巨大的促进作用。这种方法改变了生物科学长期以来以直观和描述为主要指标的特征，进而进入到以定量测定为特征的试验阶段，使人类对生物科学的研究深入到微观世界。但是，用理化方法研究活的生物体也有局限性。它会使生物体正常功能或多或少受到损坏。在试验过程中，或将动物处死，或将动物麻醉，或采用离体器官进行操作，离开了生命整体的过程联系去孤立地进行研究。在这样条件下获得的规律性，还可能是正常条件下的规律性吗？
量子力学的奠基人海森伯对还原论的局限性阐述得很精辟：从一个物理学家的角度来看，完整地描述一个生命体系是不可能的，因为需要进行的试验本身又强烈地干预生物的正常功能。
许多问题仅仅依靠还原方法无法解释，因为有些现象和过程是不可以拆零而去进行分割研究的。即使勉强拆零，也不再是原来的面目了。还原方法推动了现代医学向微观层次深入发展，但在认识深化的同时，不可避免地涉及更普遍的、更具有共性和整体性、全局性的问题。诸如，在人体整体联系中有着重要意义的脑激素、免疫、受体等等。要准确解释它们之间的关系及其在整体中的作用，还原论很难避免其研究死角。
（二）纵横一览系统论
1.人体是一个具有特定结构和功能的系统
人体是一个包含着不同层次子系统的整体，是一个结构和功能及其精密、灵巧，自组织、自调控的自动控制系统。机体各个子系统和器官的功能活动是通过神经和体液传递反馈信息进行自控和调节的，神经系统的网络将全身各个器官和组织连接成为一个统一的整体；内分泌系统的各种激素通过血液、淋巴液的转运，遍及全身，调节各种器官的功能活动。神经系统和内分泌系统通过下丘脑贯通起来，在精神因素的参与下，由大脑皮层统一指挥，接受、处理、反馈信息，调控全身的代谢以保持机体的生理恒常性，形成有序、协调的内稳态。不同层次子系统的功能都有相应的自动控制调节机制，以保持该层次内环境的相对稳定。整个机体就是由各个层次和众多小内稳态系统结合而成的大内稳态系统。
2.系统论对现代医学发展的意义
系统方法立足于事物的整体，立足于事物内部不同层次之间的关系，立足于事物与事物之间的关系来解释人体的健康和疾病现象，它是当代医学研究的基本手段之一。它体现了生物-心理-社会医学模式的基本精神。
系统方法本身就是人们对事物本质认识的规律性的概括，同时又是引导人们深入认识事物本质的有效方法。系统方法的基本倾向是综合，今天的医学更需要综合。
系统方法要求把研究对象作为一个系统考查，作为一个有机整体看待。
系统方法的整体性特点从本质上区别于机械论关于整体是部分或要素简单相加的错误观点，而是把整体看作是部分或要素相互联系、相互作用的整体。人的整体性决不能看作是各系统、器官、细胞分子的功能和属性的简单相加，孤立的食道、胃、肠不会具有消化系统的功能，因为事物的整体性，是存在于事物（即系统）的各要素的有机联系中，事物的整体性只有在组成事物这个系统的各要素的相互联系和作用中才能得到说明。
系统方法有助于医学模式转换。16世纪下半叶以来，医学主要运用分析还原方法对人的疾病和健康问题进行研究，经过400多年的发展，形成了一个立足于生物医学基础上的生物医学体系。分析还原方法在生物医学模式下起过重大作用，但它不能很好地解释人的生命现象的非加和性、多值义性、因果关系的不确定性、多变参数等等。人的活的机体不能直接分解为部分。要更好地说明生命的本质、健康和疾病，必须转换医学模式，把人作为完整意义上的人来认识，必须把人放在自然环境、社会环境构成的系统中，放在生物因素、心理因素和社会因素构成的系统中来考察。系统方法的运用促使医学模式的转换成为必然。
系统方法有助于现代医学系统的研究。生物-心理-社会医学模式是一个更加复杂的大系统，它的组成、结构、功能和活动方式呈现出纵横交错、立体网络式的复杂联系。垂直方向有从分子到生态系统等多层次的纵向联系，水平方向有生物、心理、社会等多因素的横向联系。还有医学科学和医疗卫生事业各个子系统与整个医学大系统之间，子系统与子系统之间，存在着社会心理、政治经济、科学技术等多方面的复杂关系，这就要求人们必须从整体出发，进行综合考察。而医学系统处于动态过程中，既要研究现状，还要预测即将要发生的事件及其影响，需要即时处理大量的信息，实现控制最佳化，而新的医学模式的发展也需要寻求大系统、多目标的最佳化决策。
系统方法有助于临床思维水平的提高。系统方法是研究生命现象、健康和疾病问题的有效手段，是适应现代医学发展水平的科学思维方式。还原分析的思维方式，生物医学的思维方式，虽然使人们对生命现象、健康与疾病的认识达到一定的水平，但始终没有超过个体生物学特性的水平，难以把握有机体内部各个子系统之间关系失衡引起的健康问题，难以把握心理、社会等因素对健康和疾病的影响，以至影响临床思维水平的提高。这就要求人们必须在统一性上去解释生命现象，揭示健康和疾病质的多样性，实现从总体上把握系统的质的规律性。因此，从方法论上讲，要从整体出发，以系统的思维方式去思考。
系统方法有助于医学科研的进步。现代医学和整个科学体系是相互联系、相互作用的；现代医学体系内部各个部分、各个子系统之间也是相互联系、相互作用的。一枝独秀、单科独进的方法，已是明日黄花。当代医学科学的重大课题的解决没有其他学科的配合，没有其他科技进展的支持，没有对其他科学方法如控制论、信息论的综合运用，没有系统方法的综合解决，是难以成功的。
三、科学之剑
（一）医学利剑的双锋
还原论和系统论是医学利剑的双锋。还原论是科学认识的基础。要认识事物的本质，必须进行必要的分析，必须明了事物各个部分各自的特征和细节，这往往是认识事物的第一步。从这个意义上说，没有还原方法就没有系统方法。系统论是全面、深刻认识事物本质的工具。要真正把握事物的存在及其本质，必须明了事物内部外部的各种关系，必须对事物进行系统分析。从这个意义上说，没有系统论就没有科学和医学的发展。
还原论和系统论互不排斥。实际上，还原是基础是手段，是为系统地、全面地、科学地认识事物服务的。还原方法的深入运用正是系统方法进一步发挥作用的条件。例如，只有应用还原方法对生物高分子进行深入细致的结构分析，才能更好地说明高分子结构和它们生物功能之间的关系，从而在分子水平上概括出生长、发育、遗传等各种生命现象的规律。同时，一定水平层次上系统综合，正是为进一步分析提供了可能和方向。还原方法-系统方法-还原方法-系统方法，并行不悖，相互交替，医学的发展既需要还原分析，更需要系统综合。
（二）伤人又可伤己的双刃剑
科学、医学是人类用来为自己服务的工具。科学和医学从来就不一定是正义、善良的化身，而是一把伤人又可伤己的双刃剑。投向广岛和长崎的原子弹蘑菇云、纳粹医生的人体冷冻试验和731部队医学恶行，正式宣告了科学和医学无辜时代已经结束。爱因斯坦说过：我们切莫忘记，单凭科学和技巧并不能给人类的生活带来幸福和尊严。
海德格尔在晚年表示了他近乎绝望的忧虑：科学技术的迅猛发展，使人类不仅面临着肉体上被毁灭的危险，更为甚者，科学技术的发展改变了人的言说方式，当技术的语言篡位占据统治地位的时候，人面临的世界就已经不再是一个充满诗意和灵性的世界，而是一个僵化、毫无生机的生存场所。在这个场所里，一切都被机械地决定着，唯独没有了人的行走，在这个场所里，所有的人都为了生存而奔波，但是他们都遗忘了生活。
从19世纪开始，医学技术的冷峻和客观渐渐替代了原本与医学溶为一体的亲情和仁爱。这种倾向一开始就引起了警觉。19世纪的欧洲，兴起过“视病人为人”的运动。维也纳医学教授诺瑟格尔说：我再次重申，医学治疗的是有病的人而不是病。美国霍普金斯大学医学教授鲁宾森在其着作The Patient as a Person中告诫医学界不能以“科学的满足”取代“人类的满足”，要求医生“把病人作一个整体来治疗”。乔治亚医学教授休斯顿认为是否尊重患者心理感受，是“医生区别于兽医之所在”。20世纪，医学技术在医学中的作用继续强化，忽视医学人文精神的倾向有增无减。学术界批评蜂起，但收效甚微。医学呼唤人文，医学需要回归人文！