养鸡场必须根据国家环保总局发布的《畜禽养殖污染防治管理办法》对废弃物进行妥善处理与利用。鸡场必须设置废弃物的储存设施和场所，采取对储存场所地面进行水泥化等措施，防止废弃物渗漏、散落、溢流、雨水淋湿、恶臭气味等对周围环境造成污染和危害。养殖场应采取将废弃物还田、生产沼气、制造有机肥料、制造再生饲料等方法进行综合利用。鸡场废弃物中，粪便经处理后应符合GB7959和GB14554的规定，废水处理后排放应符合GB8978的有关规定；病害尸体无害化处理后应符合GB16548的有关规定。
（1）污水的净化。鸡场污水量大，不能任其排放，一般须先经物理处理（机械处理），再进行生物处理后排放或循环使用。物理处理就是使用沉淀、分离等方法，将污水中的固形物分离出来。固形物能成堆，便于贮存，可作堆肥处理。液体中有机物含量较低时，可用于灌溉农田或排入鱼塘；有机物含量仍很高时，再进行生物处理。生物处理就是将污水输入氧化池、生物塘等，利用污水中微生物的作用，通过需氧或厌氧发酵来分解其中的有机物，使水质达到排放要求。生物处理还可通过草地过滤、蚯蚓及甲虫吞食粪便的作用等方法进行处理。
（2）鸡粪的处理与利用。鸡的粪便由于饲养管理方式及设施的不同，废弃的形式也不一样，或以纯粪尿，或以粪液，或以污水的形式弃之，因而处理的方法也随之不同。其主要的出路，目前仍然是作为肥料供给作物与牧草所必需的各种养分；同时，亦可改善土壤的结构；此外，粪便还可以用来生产沼气。
鸡粪用作肥料时，应先进行无害化处理，其方法有混合封存及堆肥法等。混合封存法即将粪尿、垃圾、垫草等，贮存在贮粪池内加盖封存，在厌氧环境下使其内的有机物氧化分解、发酵腐熟，促使病原体死亡。堆肥法即将粪尿与垃圾、垫草等有机废弃物混合堆积起来，通过产生高温及微生物相互颉颃作用，致使病源微生物及寄生虫卵死亡，从而达到无害化的目的。
制取沼气是粪便的生物能利用方法，即将鸡粪、垫草等有机物与水混合，在一定条件下，经过多种微生物的发酵，产生沼气。经过发酵后，粪便、垫草中的寄生虫卵、病源微生物大部分被杀死，但沼气沉渣中还有少数虫卵等没有死亡。因此，清除出来的沉渣还须经堆肥或药物处理。