（1）生物共生原理。利用不同种生物群体在有限空间内结构或功能上的互利共生关系，建立充分利用有限物质与能量的共生体系。在山地农业生态系统中最为典型的就是农林间作。
（2）物质循环再生原理。根据生态系统物质循环原理，多类型、多途径、多层次地通过初级生产、次级生产、加工、分解等完全代谢过程，完成物质在生态系统中的循环。
（3）生态系统基本动力原理。生态系统的结构与功能取决于影响其的动力因素或限制因子（如温度、太阳能等）；根据生态系统原理，处于任一状态的系统本身都有一限制因子存在。
（4）食物链加环原理。根据能量流动的原则，系统的食物链越简单，它的净生产量就越高，但是，在高度受人控制和影响的农业生态系统中，由于人们对生物和环境的调控及产品的期望不同，往往在向系统外输出净生产量的过程中增加一些食物链环节，反而能提高产品和系统的综合效益。
（5）生态系统自组织原理。生态系统具有调节与反馈机制使得系统产生自组织功能，以适应外部环境的变化，并最大限度的减轻（或强化）这种变化带来的影响。
（6）生态系统边缘效应原理。生态交错带即相连生态系统之间的过渡带，其特征是由相邻生态系统之间相互作用的空间、时间及强度所决定的。