刚出壳的幼孔雀，抗病能力差，很容易发生白痢、葡萄球菌病等。0~4日龄，雏孔雀服用庆大霉素或卡那霉素、氯霉素，剂量每只每日分别为2000单位、3毫克、2毫升，拌料或饮水，效果比土霉素好。1日龄注射马立克氏病疫苗，用专用的稀释液稀释疫苗（不用生理盐水），浓度为500只份的疫苗稀释于100毫升的稀释液中，每只孔雀注射0.2毫升，颈背部皮下注射。20日龄时新城疫Ⅱ系疫苗滴鼻、滴服，各1滴，浓度按说明书使用。120日龄再用新城疫Ⅱ系疫苗饮水1次。为提高免疫效果，饮水器刷干净用凉开水稀释，最好加入0.1%的脱脂奶粉，加水量为1只孔雀所喝水量，含单位疫苗量为宜，饮疫苗前停止2~4小时饮水（据天气及料而定）。后每年秋季饮1次新城疫Ⅱ系苗，30日龄时进行法氏囊弱毒疫苗饮水，方法同上。40日龄时进行禽痘疫苗翅内侧肱三角区刺种，用生理盐水稀释100倍，用消过毒的钢笔尖蘸取疫苗刺种。
细菌性传染病，如禽霍乱、鸡白痢、葡萄球菌病的防治，除加强卫生管理、消毒工作外，应根据季节、孔雀的具体情况，灵活对症应用抗菌素及其他药物。但抗生素不能滥用。
寄生虫主要有滴虫、线虫、球虫等。为降低发病率，严把饲料关和卫生消毒关。特别是饲喂青菜要彻底洗净，配合药物防治。孔雀15日龄就开始用克球粉拌料，每隔2个月1次，每次连服3天。肠道线虫：2月龄时用左旋咪唑拌料，剂量3毫克/（只·天），连服2天，每半年1次。孔雀黑头病（组织滴虫）防治：3月龄左右，用呋喃唑酮拌料，浓度为0.3千克，连喂3~5天，每半年1次。
营养缺乏症的预防，按季节配制饲料，常年加多种维生素添加剂和微量元素添加剂。其他疾病的治疗。
伤风：夜间可听到打喷嚏的声音，系冷风吹后而引起，可喂一些麻籽，以增强体力。
嗉囊积食：系食取大量多纤维的饲料，或误食异物，或食大而干硬食物而造成嗉囊显著膨大。不太严重时可喂0.5~1毫升植物油，用手将嗉囊向食管下方轻轻揉压，使积食向下排。阻塞严重的可切开嗉囊取出内容物，术后1日内不喂水和料。