农林复合生态系统在我国古代已经存在，而且在不同地区形成了不同的类型，然而，长期以来在理论上未得到人们足够的重视，没有进行系统的研究。自20世纪70年代后期以来，由于人口膨胀、资源短缺和环境恶化，使得农林复合系统这一古老的经营方式又被重新认识，赋予了它新的涵义，并得到了空前的发展。但关于农林复合生态系统，国内外至今尚无统一的定义。
国际农林复合生态系统研究委员会在综合了各种定义的基础上，给出了一个比较完善的定义，即“农林复合生态系统是指在同一土地管理单元上，人为地把多年生木本植物（如乔木、灌木、棕榈、竹类等）与其他栽培植物（如农作物、药用植物、经济植物以及真菌等）和（或）动物，在空间上或按一定时序安排在一起而进行管理的土地利用和技术系统的综合。在农林复合生态系统中，在不同的组分间应具有生态学和经济学上的联系”。