（1）最大绿色覆盖原则。提高整个山地的绿色覆盖率，调整覆盖面的种群和群落结构。是促进和维持整个生态系统良性循环的首要措施和重要原则。
（2）可持续发展原则。山区农业必须选择既能实现区域经济持续增长，又能实现区域生态平衡和自然资源永续利用的可持续发展道路，也只有这样才能从根本上摆脱环境恶化和经济贫困的双重困扰，走上经济。社会、环境良性循环发展的轨道。
（3）“效益”最大化原则。山地，生态农业系统的建立，必须以生态效益、经济效益、社会效益、环境效益、景观效益的最佳统一和最大化为目标，否则。其结果只能是资源的不可持续利用，经济、社会、环境的不可持续发展。
（4）渐次发展原则。我国山地农业的发展还处于较低水平的运行状态，农业再生产能力有限，生产力水平较低，这就要求山地生态农业的发展必须适应生产力发展水平的要求，逐渐实现由自然经济向区域经济和环境经济的过渡，和谐有序地形成由低级向高级发展的战略格局。
（5）生产力布局和产业结构最优化原则。在发展山地生态农业时，必须以市场为导向，名优特新产品为先导，按照区域化布局、专业化生产、企业化管理、社会化服务的原则，调整农业产业结构和农业内部结构，以合理配置和有效利用各种资源，并不断拓展生态位，占满空白生态空间，改善山区农业发展的生态环境，从而实现稳步推进第一产业，提高第二产业，加快发展第三产业，促进我国整个山区产业结构的升级。