氮是蛋白质的主要成分，是构成生物体的基本元素。在天然水中常见的氮的无机化合物有铵离子（NH?+）、硝酸根离子（NO?-）及亚硝酸根离子（NO?-）。另外，氮还作为有机化合物的成分存在于水中。
铵盐是植物的肥料，铵离子可以被水中植物直接利用。天然水中的铵主要来自水和土壤中有机物的分解。含氮有机物在细菌的作用下首先分解成铵离子，鱼体的排泄物中也含有较多的铵。
鱼池中含铵过多对鱼的生长是不利的，铵态氮的含量以不超过2毫克／升为宜，一般天然水域铵的含量达不到这么高，如果往鱼池中投喂过多的豆饼浆，特别是池水的浮游植物不繁盛时，能够使水中铵盐的含量大大增加。使用化肥也要注意一次不要施用过多，要少施勤施。
亚硝酸盐在水中更不能有较多的积聚，因为它不稳定，很容易被氧化为硝酸盐。在施有机肥料的鱼池水中含亚硝酸盐较高。亚硝酸盐含量高，表明水体被大量含蛋白质的有机物污染。所以，水中亚硝酸盐含量常作为水被有机物（例如粪便等）污染的一个指标。
硝酸盐同铵盐一样也是植物所必需的养分，硝酸盐本身没有毒，在鱼池中含量高没有害处。但硝酸盐含量过高，间接表明水中有机物太多，这就有造成缺氧的危险，浮游植物繁盛的池中硝酸盐及铵盐的含量都不会太高，因为浮游植物会很快把它们消耗掉，但冬季这种池中的含量则会相应增加。
磷是构成细胞核质的原料。水中的磷以磷酸盐及有机化合物的形式存在，含磷的有机化合物能分解成无机的磷酸盐，溶于水中的磷酸盐是水生植物很好的养料。在天然水域中磷酸盐的含量都不高，在未被污染的水中含磷酸盐一般不超过0.5毫克（P?O?）／升。有的地上水由于流经含磷的岩层，水中含磷较高。磷是最重要的生物元素之一，因为天然水中含磷量少，常因此抑制了鱼池中藻类的增长，因而也影响鱼的生长和发育。适当施磷肥对提高鱼产量有很好的效果。当水中磷酸盐的浓度很高时，鱼类可以通过口腔、鳃和体表的渗透作用而直接吸收磷。据试验，水中磷酸盐浓度增加到10毫克／升时，鲟幼鱼的生长速度则提高1倍。
硅是硅藻细胞壁的主要成分，在淡水中一般不缺乏。