消毒是预防传染病的一项重要措施，消毒时根据消毒对象（如鸭舍、用具、种蛋等）和病原体的种类（病毒、细菌等）的不同，选用不同的消毒剂和采取不同的消毒方法，才能获得理想的消毒效果。
（1）来苏儿（煤酚皂溶液）。对细菌的杀灭能力强，而对芽胞、病毒的杀灭作用较差，可用于鸭舍地面、墙、器具、排泄物的消毒，也可外用于工作人员的手和皮肤消毒。常用3％～5％溶液喷洒或浸泡鸭舍和用具；用5％～10％的水溶液消毒鸭排泄物；用2％水溶液用于手和皮肤消毒。该药有特异臭味，不宜用于种蛋和蛋库消毒。
（2）氢氧化钠（烧碱）。它是强消毒剂，能杀灭所有微生物和寄生虫卵。它是白色干燥固体，吸湿性强，应密封保存。常用于预防病毒性或细菌性传染病的环境消毒或污染鸭场的清理消毒。用1％～4％的水溶液喷洒或洗刷鸭舍、地面、墙、入口处、运输车船和周围环境。该药具有很强的腐蚀性，使用时千万小心，消毒后第二天必须用水冲洗。
（3）甲醛（福尔马林）。它是一种具有强烈刺激性气味的五色液体，有很强的杀菌作用，能杀死包括细菌芽胞、真菌和病毒等所有微生物。可用1％～2％的甲醛液喷洒鸭舍地面、墙体和笼具等，也可配成5％～10％的甲醛溶液按每立方米空间30毫升加15克高锰酸钾进行熏蒸消毒2个小时。
（4）复合酚。为一种新型、广谱高效的复合型消毒剂，有特异臭味，可杀灭各种细菌、霉菌和病毒，对芽胞和球虫卵也有杀灭作用，还可抑制蚊、蝇等昆虫和鼠害的滋生。主要用于鸭舍、笼具、运动场、运输车辆或病鸭排泄物的消毒，消毒作用持续时间长。目前市场销售的复合酚商品药较多，有菌毒敌、菌毒灭、毒菌净、农乐、畜禽灵、农福和农富等，具体使用方法见各厂家说明要求。
（5）漂白粉。它具有较强的消毒能力，还有消除腐败臭味的作用。常用于饮水、鸭舍、用具、运输车辆和排泄物的消毒。饮水消毒时，每升水对0.3～1.5克漂白粉，搅拌溶解；每10升水中加0.5～2千克漂白粉配成乳剂，用于地面、运动场和墙壁的消毒，要现配现用，以免失效。
（6）离锰酸钾。为紫黑色结晶粉末，溶于水后呈粉红色至暗紫色，宜密封避光保存。该药具有很强的消毒作用。可用1％的水溶液进行外伤和体腔粘液冲洗，也可用0.05％～0.1％的水溶液用作鸭群饮水清毒和种蛋浸渍消毒，还可与甲醛合用于熏蒸消毒。
（7）生石灰（氧化钙）。为白色或灰白色硬块，易吸收水分，在空气中能吸收二氧化碳，渐渐变成碳酸钙而失效。氧化钙与水混合时生成氢氧化钙（消石灰），其消毒作用与解离的氢氧离子多少有关，对大多数繁殖型病菌有较强的消毒作用，但对芽胞无效。常配成10％～20％的石灰乳，用于墙壁和地面消毒。也可用生石灰1千克加水0.35千克，生成消石灰粉末，撒在阴湿地面、粪池周围及污水沟等处消毒。应现用现配。
（8）过氧乙酸。为五色透明液体，有很强的醛味，可杀死一切微生物，毒性低，可用于带鸭消毒。市售消毒用过氧乙酸多为20％浓度的制剂，宜密封避光保存。常用0.2％～0.5％的水溶液进行浸泡，带鸭喷雾消毒和喷洒鸭舍地面、墙等，也可在饮水中按1升水加20％过氧乙酸1毫升，让鸭饮水，但最好在30分钟内用完。
（9）乙醇（酒精）。常用70％～75％乙醇用于皮肤、手臂和注射部位等的消毒，可杀死细菌，但对芽胞无效。
（10）碘。为灰黑色带金属光泽的片状结晶或颗粒，有挥发性，难溶于水，易溶于酒精及甘油，应密封放冷暗处保存。碘有很强的消毒作用，可杀死细菌、芽胞、霉菌和病毒。常配成5％碘酊用于皮肤、伤口、手术部位及注射部位等的消毒。也可配制成5％碘甘油溶液（碘50克、碘化钾100克、甘油200毫升、蒸馏水1000毫升），用于治疗粘膜的各种炎症、防腐等消毒。
（11）硼酸。为无色微带珍珠状光泽的鳞片或疏松的白色粉末，水溶液呈弱酸性，只有抑菌作用，没有杀菌作用。因刺激性较小，无损伤作用，常用于冲洗较敏感的组织，可配成2％～4％的溶液，冲洗眼、口腔粘膜炎症等。
（12）新洁尔灭。为无色或淡黄色液体，味极苦，无腐蚀性。对细菌有较强的杀灭作用，而对病毒、芽胞和霉菌的杀灭作用较差。常用于饲养人员手臂、种蛋、用具等的消毒，一般浸泡时间不超过3分钟，应注意该药不能与肥皂、盐类等相混。工作人员用肥皂洗手后，一定要用清水冲洗干净后，再用该药消毒，该药还不能与含碘消毒剂和过氧乙酸等配合使用。
（13）百毒杀。具有速效、强效、长效杀菌作用，无腐蚀性、刺激性和副作用，适应范围广，可长期保存，对各种细菌、病毒、霉菌和藻类均有杀灭作用，对人和畜禽无害。可用于鸭群饮水清毒、带鸭消毒、还可用于传染病发生时的紧急消毒，也可用于鸭舍、环境、用具、种蛋等的消毒。可配成1000～3000倍的溶液进行喷雾、洗涤、冲洗、浸渍和饮水消毒。