运输种兔可据实际情况，选择空运、陆运、水运等方法，通常以陆运较多，运输工具为火车或汽车。不论选择哪种运输方式，引种者均应提前办理检疫证明及种兔出场证明，以备沿途各畜牧管理机构检查。
汽车运输时，如天气寒冷，应注意挡风保温；如天气炎热，应注意通风散热。运程如在4～5小时以内，途中不必饲喂和饮水；如果运途较长，超过24小时以上，途中可饲喂2次胡萝卜等多汁饲料，给兔体补充水分和养分。运输途中应定时检查每个兔笼，发现被挤伤、压伤的兔要及时处理，还应准备一些维修工具，如钳子、铁丝、尼龙绳等，一旦发现笼子破损可以随时维修。
种兔经过长途运输到达目的地后，由于途中缺水、缺食和应激等因素，身体比较虚弱，容易引发疾病，这时应做好特殊的饲养和管理工作。运达目的地后，先在运输笼内就地休息1小时以上，然后再从运输笼中取出装入事先准备好的种兔笼。稍后给其饮用电解多维溶液，并给每只兔添加30毫克维生素C，有利于抗应激。电解多维溶液按说明书剂量使用。供水量不必太多，否则会因一路干渴而暴饮，引起肚胀。饮水后1～2小时再投喂饲料，投喂量也不能过多，否则会因途中饥饿而暴食，引发消化不良。第一顿应饲喂由供种场提供的饲料，以后由本场饲料逐渐替代，一周左右完成饲料过渡。
另外，为使运回的种兔尽快恢复体质，防止胃肠道疾病或其他疾病的发生，可在兔群饮水中添加电解多维溶液或补液盐，连饮3天。或在饲料中添加土霉素、复合酶、大蒜素和陈皮粉等，土霉素按饲料量0.02%添加，大蒜素按0.015%添加，陈皮粉按0.5%～1%添加，复合酶按0.2%添加，可起到预防胃肠疾病、帮助消化的作用。