早育秧的苗床是经过严格培肥的，其供肥总量充足，养分全面，速效肥料含量高，所以，在秧苗生长前期一般不会缺肥。但由于苗床处于相对干旱半干旱状态和秧苗前期蒸腾暈小，养分在苗床上的移动性差和肥料营养元素在秧苗体内运输不畅，均易造成变相缺肥。随着叶龄的增加，地上茎、叶、蘗的生长量不断增加，所需营养元素也不断增加，在培育中苗或大苗时，后期往往出现旱育秧落黄脱力的症状，这时必须适时适量追肥。旱育秧与湿润育秧不同，在追肥时应注意以下四点：
（1）旱育秧的叶色一般比较深绿，缺肥初期不易察觉，当叶片出现落黄时，表面缺肥程度比同叶色的湿润秧苗重。
（2）旱育秧施用肥料种类应考虑到苗床干燥的特点，以选用优质尿素最佳，不能施用易挥发性的其他肥料。不能直接撒施，防止局部肥料浓度过高，灼伤叶片或烧苗，应采用肥水喷浇的方式。若化肥直接撒施，必须于撒施后立即喷水淋洗。
（3）旱育秧缺肥是由缺水引起的，所以在追肥时，一次用肥不宜过多，每平方米用尿素5～10克，对成1%的尿素液喷浇，可避免烧苗，以水带肥入土，提高肥效。
（4）浇肥液和浇水一样，时间上要在傍晚追肥，最好与补水同时进行，追肥的次数、用肥量和用水量要严格控制，以防削弱早育秧的生理优势。