根据灌溉水的管理方式不同，水稻育秧方式有水育秧、湿润育秧、旱育秧以及塑料薄膜保温育秧、两段育秧、塑料软盘育秧等多种形式。
（1）水育秧是指整个育秧期间，秧田以淹水管理为主的育秧方式。即水整地、水作床，带水播种，出苗全过程除防治绵腐病、坏种烂秧及露田扎根外，一直都建立水层。这种育秧方式常有坏种烂芽、出苗和成苗率较低、秧苗细长不壮、分蘗弱等弊端，是我国稻区采用的传统方法，现在生产上已不提倡采用。
（2）湿润育秧，也叫半旱秧田育秧，是介于水育秧和旱育秧之间的一种育秧方法，是水整地、水作床，湿润播种，扎根立苗前秧田保持湿润通气以利根系，扎根立苗后根据秧田缺水情况，间歇灌水，以湿润为主。该育秧方式容易调节土壤中水气矛盾，播后出苗快，出苗整齐，不易发生生理性立枯病，有利于促进出苗扎根，防止烂芽死苗，也能较好地通过水分管理来促进和控制秧苗生长，已成为替代水育秧的基本育秧方法。
（3）塑料薄膜保温育秧是在湿润育秧的基础上，播种后于厢面加盖一层薄膜，多为低拱架覆盖。这种育秧方式有利于保温、保湿、增温，可适时早播，防止烂芽、烂秧，提高成秧率，对早春播种预防低温冷害来说十分必要。
（4）旱育秧是整个育秧过程中，只保持土壤湿润，不保持水层的育秧方法。即将水稻种子播种在肥沃、松软、深厚的、呈海绵状的早地苗床上，不建立水层，采用适量浇水，培育水稻秧苗。水稻旱地育秧依靠秸秆、厩肥等腐熟有机肥料，提高土壤肥力，苗期很少追施肥料，床面土壤上下通透性好，有利于培育根多、根毛多、白根多的壮秧，是提高秧苗质量的较好形式。旱育秧操作方便，省工省时，不浪费水资源。但过去没有保温、保湿覆盖物，常因水分短缺而出苗不齐，且易生立枯病和受鼠雀危害。近几十年来，通过各地采取增盖薄膜、药剂防治立枯病等措施，保温旱育秧方式已成为寒冷地区和双季早稻培育壮秧、抗寒、抗旱、节水的重要育秧方法。
（5）两段育秧就是将整个育秧过程分两段进行的一种育秧方法。第一阶段是采用密播旱育秧或湿润育秧方法培育3～4叶的小秧苗；第二阶段是寄秧阶段，将小秧苗带土或不带土按一定密度寄栽到经过耕耙施肥的寄秧田中，待培育成多个分蘗的大壮秧苗后，再移栽到大田。这是一种适用于多茬口迟栽秧的育秧技术。其主要优点是成秧率高、用种量少、早发性强，可调节茬口矛盾。尤其适用于麦茬迟栽中稻、双季连作晚稻和杂交稻制种时生育期较长的父本秧。两段育秧可解决早播与迟栽的矛盾，提早出穗期，以避开花期高温或灌浆期低温等不利影响。
（6）塑料软盘育秧是在旱育秧床或水田秧床基础上，利用塑料软盘，通过人工分穴点播、种土混播或播种器播种进行育秧的方式。这种育秧方式能提高秧本田比例、降低育秧成本、管理方便，秧苗素质好，苗期不易发病。育出的秧苗可以手下栽插，更利于抛栽。