与露地栽培相比，保护地具有高湿、高温、封闭和连茬种植的特点，为蔬菜病虫害的周年危害和繁殖提供了适宜的气候条件、越冬场所，有利于病虫害的发生和流行。因此一般保护地较露地的土传性病害（如茄子黄萎病、根结线虫）、高湿病害（如茄子灰霉病、茄子叶霉病等）、细菌性病害（如茄子软腐病）等病害发生严重，并且一些害虫如白粉虱、蚜虫等全年危害蔬菜作物。
虽然保护地适于多种病虫害的发生，但由于保护地处于比较封闭的状态及高效益栽培，除可以采用常规的露地病虫害防治技术外，还可以采用一些新的病虫害防治技术，如生态防病技术、烟雾施药技术、粉尘施药技术、生物防治技术等。
（1）生态防病技术。生态防病技术是采取通风降湿或闭棚增温等技术，造成适于茄子生长而不利于病虫发生发展的温湿度条件，以控制病虫害的发生危害，促进茄子生长发育。生态防病技术主要应用于防治温室和大棚的气传性病害，如茄子灰霉病、叶霉病及白粉病等。
（2）烟雾施药技术。由于温室和大棚比较封闭，施用烟雾剂防治病虫越来越普遍。施用烟雾剂较常规的喷药防治具有以下优势。
①烟雾剂的微粒小，药效能充分发挥。
②棚室中烟剂颗粒可落在各处，能杀死植株叶背和设施骨架上的害虫和病菌孢子。
③不增加棚室内的湿度，以减少诱发病害的机会。
④省工、省力、农药残留低。目前常用的烟雾剂有10％的百菌清烟雾剂、45％的百菌清烟雾剂、22％的敌敌畏烟雾剂、20％的速克灵烟雾剂等。
（3）粉尘法施药技术。粉尘施药法就是加工成比农药粉剂更细的粉尘，使其在棚室条件下可以形成飘尘，增加在空气中的悬浮时间，使农药在蔬菜表面有更多的沉积量，从而提高药效。温室和大棚内湿度大，施用粉尘不用水，药量少，重量轻，减轻施药劳力，可以在棚室密封程度不高的情况下施用。常用的粉尘剂有5％、7.5％、10％的百菌清复合粉尘剂、速克灵粉尘复合剂等。
（4）常温烟雾法。常温烟雾法系在常温下利用高速气流或超声波等将药液破碎成20微米以下的超微粒子，无需对药液加热，这种超微粒子在保护地内喷洒时，可以充分利用棚室内小气候（翻腾气流）充分扩散、长时间悬浮，对病虫害有触杀和熏蒸作用，并可对保护地内部设施实行空间整体消毒。