（1）用无病土育苗，采用高畦地膜覆盖栽培技术。还可与非瓜类作物轮作3年以上，种子用55℃热水浸种15分钟。合理灌溉，及时放风排湿。初见病株应及时拔除。收获后清除病残体，随之深翻土地。
（2）发病初期，用80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%代森锌可湿性粉剂500~700倍液，或200倍液的2%农抗Bo10交替喷洒。每隔7~10天喷1次，共喷2～3次。
值得注意的是，由于南瓜炭疽病一般年份均可见数个病斑，但不能造成较大危害，因此不可见到病斑就盲目施药，应根据气象条件和田间观察确定是否进行防治，当田间观察已初生病斑，并且气象条件适宜，第二天观察病情有加重趋势，应立即进行防治。防治次数应根据天气情况和病情发展而定，如果施药后7天天气晴朗，湿度下降至54％以下，病害由于气象条件不适宜而自行控制发展时可不再施药；反之，施药后7天气象条件仍处于利于发生时，应继续施药防治。