根腐病有以下三种病原菌：
（1）干腐病，病原菌为不完全菌类的一种，在5℃～40℃下生存，生长适温为25℃~30℃，可形小型和大型分生孢子，后者为镰刀状。该病以种芋为主要传染源，也有土壤传染，生育期或贮藏期中任何时候均可感染，高温时感染率更高。如感染时期早，球茎出现表皮粗糙症状，如在生长后期感染，则成暗黑色干腐症状。感病的种球茎在贮藏中如遇高温、高湿，则密生白色棉花状的霉而后干腐。如以感病种球茎种植，重病者只残存表皮而完全腐败；即使是轻病种芋，也可侵入叶柄基部的新球茎，并表现地上叶体黄化。一般从7月下旬开始，叶尖先黄化，再发展到叶柄基部，出现数条纵折。新球茎变黑，表皮粗糙凹陷，并侵染周围的根，使其腐败、消失；叶柄基部维管束褐变，地上部凋谢，8月中旬以后，全株黄化倒伏。该病不像其他土传病害呈块状发生，而多为全地块散发。
土壤中有机物多，发病增多，特别是施用鸡粪有助长发病的趋势，土壤干燥发病多，沙壤土比壤土和黏壤土发病多，土壤pH为6.5时发病最多。
该病原菌除感染魔芋外，还可感染甘薯、马铃薯及其他根、茎类作物。该病是连作病害的主要原因之一。
（2）根腐病，病原为真菌，以卵孢子越冬为第二年的发病源。以土壤传染为主，在土表13厘米左右菌密度较高，在25厘米深层土壤活动缓慢。也有种芋传染，肉眼判断为健康的种芋，发病率也可能有5％～20％。地温达15℃即可能发病，30℃为发病适温，37℃为最高温。在土壤pH为5.5～6.5时发病较多，5.0以下和7.0以上发病受到抑制，土壤偏酸发病多。施用未腐熟、中熟堆肥和稻草的地块发病较多。土壤水分多的地方发病多。连作严重助长发病，发病率达93.3％，而与其他作物轮作发病在5％以下，应与非根腐病寄主作物如禾本科、豆科、甘薯等作物轮作。
该病菌可侵染魔芋根、根状茎、球茎和叶柄基部。最初，部分根呈水浸状乳白色腐败，继而变成紫色至褐色，全根腐败。因此，病株极易拔起。展叶前后，小叶逐渐褪色、黄化、凋萎、叶柄产生纵向皱纹，最后倒伏枯死；有的在出芽后还可侵染叶柄基部，发生紫色水浸状软腐症状而倒伏。
病株的球茎有时可在生长过程中腐败消失。轻病者球茎部分腐烂，与健康部形成界限分明的愈伤组织，成为畸形。根状茎发病初呈水浸状腐败，继而成紫色至褐色腐烂。该病在田间呈块状发生。
（3）干性根腐病，其病原菌有许多菌系，其生长温度为28℃～30℃，4℃以下或34℃以上完全不生长。该菌系一般在土壤表面生活，腐生能力强，可引起藜科、十字花科、菊科和菜豆的苗立枯病，寄主范围很广。
该病主要是土壤传染，以菌核在土中越冬后，成为翌年的初侵染源。是否有种芋传染及其发生条件等，尚未查明。但下种后如遇高温、干燥气候，则一般发病多，如施用未腐熟有机物也可助长发病。
该病发生在根、根状茎、球茎、叶柄和苞叶等部位，在展叶后立即出现小叶黄化、叶柄凋萎。当地上部出现轻度黄化时，地下部的根已褐变，进而出现黑褐色坏死。当叶柄凋萎时，根已完全腐败消失。这些症状如在生育初期发生，则球茎萎缩，不能肥大，成为未成熟球茎。如遇连续高温，出芽时可发生黑色腐败的“芽腐”，生长期叶柄的地际部或稍上部发生黑色坏死斑的“叶柄腐烂”，刮风则倒伏，展叶后也可发生小叶卷曲的“叶腐”。