魔芋倒苗以后，如果温度还在15℃以上，地下块茎仍能继续膨大10％～20％，大约一个月以后温度降到15℃以下才会停止生长。魔芋倒苗一般在10月中旬左右，11月中下旬收获较为适宜。由于各地气候不一样，收获的时期也会不一致，各地都可以在霜降出现前后进行收获。魔芋的收获不宜过早，也不宜过迟。收获过早，环境湿度大，营养物质积累不充分，块茎含水量多，干物质含量低，容易发生腐烂，不利于贮藏，而且块茎为充分膨大，影响产量。收获过迟，遇上霜雪，会造成冻害，而且由于地上部植株的枯萎腐烂，导致地下块茎的位置不易确定，很容易挖伤魔芋，给收获带来困难。
在收获魔芋前，先将叶柄齐地表割下，同时将地面覆盖物收集起来，用水浸泡或用链霉素、代森锌等药剂处理后作堆肥，亦可烧成火土灰，以消灭病原菌。采收时按植株叶柄所留标记逐窝挖收。轻挖轻放，边挖边晒，挖收后摊晾在地面，晾干后分类分龄用果箱或箩筐分层垫草隔离装置，傍晚运进室内，轻搬细运，尽量减少对块茎的损伤。挖破的伤口不能暴露在空气中，可用草木灰涂抹，防止褐变、发霉、腐烂。
在选种留种时，除大魔芋用于加工外，500克以下的根状茎常留作种芋。种芋要注意选留具有本品种或地方品种特性的块茎，而且无病害感染、无伤口、无顶芽损伤。如果收获的种芋量大，则应提早收获，分批收获，防止大规模烂种。无冻害的地区，种芋可以留地越冬，春播时随收随栽。留地越冬的种芋需要培土盖草防寒。