冯仑把中国房地产的发展模式归结为“地主＋工头”模式、“厂长＋资本家”模式和“导演＋制片”模式。“地主＋工头”模式的房地产商由建筑公司转型而来，从土地、资本运作，到工程建设，再到市场销售，完全都是自己一手包办，国内大多地产商即属此类。“厂长＋资本家”模式是产业化的运作加上资本运作，地产商就是一个“住宅工厂”，其产品就是“住人的机器”，与现代中国制造业没有本质的差异。“导演＋制片”模式是一种国际化的运作模式，冯仑最想做的就是这种模式。
在冯仑看来，这种模式主要挣三笔钱，第一笔钱叫权益金；第二笔钱是劳务成本；第三笔钱是营业额超过固定数值之后的分账。冯仑对房地产的发展模式一直在做系统的研究，他认为“导演＋制片”模式就是美国模式的进化。
但对于当前中国一窝蜂似的“创新”潮，潘石屹在其著作《我用一生去寻找》中提出了质疑，他认为，自主创新不可能是每个公司、每个行业在内部由自己闭门造车完成的，如果“创新”就是这个意思，那么创新几乎不可能实现。具有可行性的创新，往往发生在新的领域，尤其是那些跨行业的区域、没人关注的领域。潘石屹认为，对于企业来说，创新必须有更为深厚的基础、更为广阔的内涵：
我想象的企业创新，首先要将视野投放到人类广阔的生活需求中去，还要以人类的精神进步为前提。创新最可怕的敌人是不能从根本上以精神的进步为前提，因为只有精神进步才能发现和创造美好，没有精神进步，创新就变成了一句空话，所谓的创新产品也就是一些外表新奇却没有实际意义的花架子。
不得不承认，潘石屹的论断是相当精辟的。按照这个标准，当代中国企业能够有所创新的并不多。不过，即使按此标准衡量，冯仑的万通，仍然算得上是一家创新型的企业，在房地产企业中算得上是走创新之路的领跑者。
冯仑认为创新是一种价值观、生存状态和一种生命的本能。正是冯仑个人的生命体悟，使他创立了独特的企业模式。万通的创新，主要体现为体制创新，以及模式创新，这对万通的长远发展有着深刻的意义。
首先，是体制创新，集中体现在万通与泰达集团的合作。万通地产控股母公司万通实业在2003年3月引入国有资本战略投资人泰达集团，使其成为企业的大股东，于是就形成了民营企业让国有企业控股的局面，这也是党的十六大提出发展混合所有制经济之后，第一个公开实践的案例。冯仑这样做是基于长远的考虑。他认为目前阶段民营企业的体制具有优越性，正在进入快速发展时期，但在五年、十年以后会怎么样呢？民营企业什么时候能够取得国际主流企业的位置？这种思考让冯仑认识到，民营企业存在着有动力无约束的缺陷，这种缺陷容易造成民营企业盲目追逐暴利。但是国有企业就没有这种问题，而且恰恰相反，国有企业的问题是约束过度，动力不足，于是就变得懒惰和不思进取。如果把国有企业与民营企业结合起来又会怎么样呢？那样，这个企业就会既有动力，又有约束，还能够在资源配置上找到一个更广泛的途径。
冯仑特意写了一篇论述民营资本的文章《跨越历史的河流》，在文章中，他对民营资本与国有资本的合作进行了一番总结：
民营资本从来都是国有资本的附属或补充，因此，最好的自保之道是要么远离国有资本的垄断领域，偏安一隅，做点小买卖，积极行善，修路架桥；要么与国有资本合作或合资，形成混合经济的格局，以自身的专业能力与严格管理在为国有资本保值增值的同时，使民营企业获得社会主流价值观的认可，创造一个相对安全的发展环境。
……不仅如此，今年中央经济工作会议更是强调国有资本的控制力、影响力和带动力。可以预见，今后随着和谐社会的建立和发展，民营资本将以数量多、规模小、就业广、人数多等为特征，其生存空间将被局限在与国有资本绝无冲突或者国有资本主动让出的领域。面对国有资本，民营资本只有始终坚持与国营企业合作而不竞争、补充而不代替、附属而不僭越的立场，才能进退裕如，持续发展。
冯仑对民营资本与国有资本之间的关系分析得相当精辟，不仅考虑了中国当前的现实，而且反思了中国的历史；不仅考虑到了经济，也考虑到了政治。最后的结论是“合作而不竞争，补充而不代替，附属而不僭越”。万通选择国有资本泰达做大股东，正是冯仑多方面权衡利弊的结果，而此举恰与冯仑的“傍大款”思路不谋而合。
在2008年一次演讲中，冯仑再次表达了自己的观点：和泰达合作是一件正确的事情。在经济学家张维迎看来，中国最大量的资源都由国有企业占据着，但它们由于种种原因，没有能够创造出相应的效率。万通与泰达的合作，开创了优秀的民营企业、优秀的民营企业家与国有资源更有效地发挥作用的新形式。
万通的第二个创新，是模式创新。2003年，万通在商业模式上进行创新，形成了“万通新战略”。这宣告万通改变了传统的全能开发商的模式，走上了房屋供应商和服务商的道路。在收入来源上，万通地产将改变单纯依赖开发收入的模式，逐渐向开发、经营与服务收入三者并举的模式转变，并最终实现以经营和服务收入为主的模式。
万通这一模式的转变，是受美国纽约商业模式的启发。两百年来，纽约的商业模式不断演变，由最初的“工头+地主”，变成“厂长+资本家”，再变成”导演+制片“的商业模式。这给冯仑很大的启发。他认为，未来中国房地产制度将会与美国接近，所以选择美国模式才是明智的做法。这也正是他转变公司模式的根本原因。
从万通来说，我们是按照纽约的地产公司来发展的，因为北京这个地方很特别，我如果在河南，就完全可以照着厂长、资本家的模式做。但我在北京，完全有机会可以成为像纽约这样的一个地产公司。所以叫美国模式，实际上是着眼于未来。现在北京的GDP大概是8000美金，很快也会超过一万多美金。美国模式的这套在北京可以慢慢地生长，包括定制服务，那是更超前的一个模式。所以用商业模式上的一个变革来应对未来竞争的挑战，是一个地产商必须要想清楚的。你不能老跟香港人学，或者按财经记者给你的指导，说土地储备好，咱就储备好，说今天要把楼价忽悠起来，那就忽悠起来。这个东西是不对的，一定要按照行业规律、用商业模式的变革来应对这个市场经济带来的市场挑战。（《冯仑如是说》）
在选择美国模式之前，万通花了一年多的时间，把全世界所有房地产企业的商业模式彻底研究了一遍，经过研究，万通发现中国大部分房地产企业采用的都是香港模式，尽管如此，万通仍然选择了美国模式，因为冯仑认为美国模式比香港模式更适用。