历史上，有两次撼动人类最根本价值观的环球航行。大家都能想到，其中一次是麦哲伦的航行，它证明了地球是圆的。但很少有人知道另一次航行。
它发生在1831年底，此时的东方，道光皇帝正开开心心地统治着他的大帝国，根本意识不到，还有九年，鸦片战争的第一枚炮弹就要落在中国的土地上了。在地球的另一边，一艘名为“小猎犬”号的英国军舰开始了它的第二次航行。这次航行意义之大，以至于在一百多年后，英国人把自己的火星登陆器命名为“小猎犬2”号。
在“小猎犬”号上，有一个叫作达尔文的年轻人，他是个博物学家。
“博物学”是那个时代特有的学科。那个年代，人们对科学热情高涨，对自然科学也有巨大的兴趣。再加上地理大发现带来了大量新奇的事物，因此“博物学”非常热门。这个达尔文就像普通的博物学家那样，每次船到了一个新地方，他就下来收集各种动物，制作标本，挖掘化石，把自己的所见详细记录下来。包括达尔文在内，此时没有人会想到，这些看似并不惊人的举动最终却改变了全世界。
一方面是需要时间酝酿思想；一方面是被自己的理论吓到了。直到航行了二十多年后，达尔文才发表了进化论。
恐怕人类历史上再没有第二个理论会像进化论那样，从一发表到今天，都一直不断地遭受着护教人士暴风骤雨般的抨击。
我们今天已经习惯了“人是从猩猩变来的”这种说法，但不难想象，人类第一次听到这种说法的时候，绝对像是听到疯话一样。更不用说进化论直接和《圣经》相抵触了。
因此，进化论一发表，立刻引来了暴风骤雨般的攻击。
一次最有名的咒骂是在进化论发布不久，一个护教人士毫不留情地攻击维护进化论的赫胥黎说：“你的人猿祖先是你祖父那边的，还是你祖母那边的？”赫胥黎反击说：“如果让我从人猿和你那样的人当中选一个当祖父，我宁愿选人猿。”
“小猎犬”号的船长是一位虔诚的教徒，他不认为能搭载达尔文是一项可以永载史册的荣耀，反倒认为这是对他的令人无法忍受的亵渎。他当众举着《圣经》大声疾呼，要求人们不要相信达尔文的异端邪说。
但是再多的咒骂也扼杀不了进化论。
达尔文之牛，和欧几里得一样，不仅因为他设计了一个超强的理论，还因为他的理论在后世几百年中不断被人们攻击、讨论。结果越讨论，证明它正确的证据就越多。
一开始有人质疑：按照达尔文的理论，地球生物进化需要上亿年的时间。可是按照当时地质学的研究，地球的年龄远远到不了这个数字，因此进化论显然是不成立的。达尔文当时没有能力反驳这个诘问。直到后来地质学有所发展，才发现地球的年龄其实很长，足以完成进化。
还有人问，达尔文说生物每代之间有遗传和突变，这过程是怎么在生物身上实现的呢？按照当时的技术条件，这个问题也不好回答。多年以后，人类发现了基因。基因携带上一代生物的全部特征，在产生下一代的时候又会产生随机的变化。基因的特性完全吻合达尔文的理论。
当时还有人质疑：既然达尔文说生物都是进化来的，那么就应该存在大量处于进化中的过渡型化石，而这些化石又在哪里呢？当时达尔文只能解释说，因为保存下来的化石很少，所以过渡型化石也很难被发现。这点听上去很像是狡辩。后来，越来越多能为进化论作证的新化石被发现，其中也包括很多过渡型化石，最著名的就是“始祖鸟”。
现在，我们来具体讨论一下这个听上去很熟悉的理论。
要说明的是，进化论是一个被不断发展、完善的学说。我们所讲的是以达尔文主义为核心、经过后人进行一系列修补的主流观点。
进化论的关键内容有这么几条：
第一，生物的基因信息可以遗传给下一代：
第二，在遗传的时候，基因会发生不可控制的随机变异；
第三，整个生物种群都面临着巨大的生存压力，每一代新生物的数量却大于自然资源能够供养的数量，因此每一代新生物中的大部分都会死掉。
第四，生物后天的变化在大部分情况下不能改变基因。
生物进化的过程是这样子的：
因为每次遗传都会产生一系列变异，因此每一代新生物都会有一些个体的生理特征不同于父母辈。或者说，总有些个体长得“怪”。又因为生存压力特别大，每一代里的大部分都会死掉，因此假如这些长得“怪”的地方正好能适应当时的环境，那么拥有这些“怪”基因的生物就有更大的概率存活下来，这些“怪”基因也会保留下来，从而成为这个生物基因中的一部分，生物就完成了一次微小的“进化”。
进化论是一个假说，但也是一个绝妙的假说。
牛顿力学用一个极为简单的理论完美解释了复杂的物理世界。但牛顿力学还没有攻克生物世界。牛顿力学能解释生物体中的肌肉是如何运动的，却不能解释生物为什么会长成这样或那样。当人们观察大自然的时候，会发现生物的每一个细节、每一个器官的特性都恰到好处，都在以最有效的方式保证个体的生存（假如你没有这种感觉，随便去看两集《动物世界》就明白了）。生物世界中处处充满了绝妙的“设计”，这无法用常理解释，很容易让人想到，是不是有一个万能的上帝设计出了这一切？
进化论把这神秘性给打破了。进化论就像牛顿力学那样，用极为简单的理论解释了复杂的世界，而且逻辑严谨，能自圆其说，不需要任何超自然力量的干涉，比牛顿力学更容易让人接受。
不过，进化论也是一门被广泛误解的理论，我们要拿出很大的篇幅来解释这些误解。
误解一：进化论就是生物“从低级到高级”的“进化”。
实际上，“进化论”这个词不太准确。更准确的叫法应该是“演化论”。
进化论的意思仅仅是，基因中那些适合环境的部分被保留下来了，不适合的部分被淘汰了。这中间并没有高级和低级之分。
有些人会觉得从单细胞生物进化为人类，是从“低级”生物“进化”到“高级”生物的过程，人类比单细胞生物更“高级”。然而，人类的机体构造虽然比单细胞生物更复杂、人类的智慧比单细胞生物更高，但这并不一定就是进化的方向。
假如“高级”生物指的是更复杂的生物体，并且进化论是“从低级进化到高级”的话，那么经过几千万年的“进化”，为什么今天还会有细菌、有昆虫呢？为什么比细菌构造更复杂的恐龙反倒灭亡了呢？其实，为了生存，有很多生物的构造从复杂演化为简单。
达尔文在《物种起源》书里画了一张插图，画的是一棵巨大的树，树根是原始生物，越往上树的分叉越多，生物越复杂。这张图暗示了生物是从低级到高级“进化”的，生物越进化，构造越复杂。这是《物种起源》里唯一一张插图，我们的课本上过去也有这张图，然而这张图是错的。目前生物学界更喜欢的画法是把所有的生物画成一个圆形，越靠圆心的生物在地球上生存的时间越早，人类和今天所有的动植物平均分布于圆形的边缘，看不出谁比谁更高级来。
这幅圆形图的意思是说，不管生物的构造是否复杂，大家都是演化的幸存者。
正因为有些人误以为生物在演化的过程中有一种从低级到高级的趋势，因此产生了一系列误解进化论的结论。比如在基督徒那里，从低级到高级的趋势成了上帝意志的体现；在叔本华那里，这成了所有生命都有某种生命意志的证明。澄清了这个误解，这些观点也就不成立了。
还有一个常见的问题：“今天的猿类为什么不会再变成人了？”这个问题的错误之处就在于把进化的过程想象成是一棵大树，根部的生物都要想办法向顶部生长，所以误以为任何时代任何情况下猿类都有变成人类的可能。如果换成圆形图，就不会有这个误解了。人并不比猴子更高级，因此猴子即便再进化，也不一定就会朝着人类的方向进化。到底进化成什么样子，取决于它们受到了什么样的生存压力。
误解二：生物的后天努力可以改变基因。
这种观点叫作“拉马克主义”。我们都知道“用进废退”的说法，如果我们总用左手工作，那么左手就会比右手更粗壮、更灵敏。拉马克主义认为，这种“用进废退”的现象会影响到下一代。也就是说，以前的长颈鹿因为够不到高处的树叶，就使劲地伸脖子，把脖子伸长了，它生出的下一代的脖子也就变得更长。
达尔文的进化论则认为，长颈鹿并不是自己把脖子伸长的，而是每一代新出生的长颈鹿因为基因的变异，脖子有长有短，脖子较短的长颈鹿很难生存下来，都死了，只有长脖子的基因才能留下来。久而久之，长颈鹿的脖子也就越来越长了。
拉马克主义同样给进化论加入了一种“生命意志”的味道，给进化论增加了方向感。因为生命拼命地想活下去，拼命地要努力，所以某个地方就“进化”了，进化就是生物生命意志的体现。
这个假说很容易检验，有人把每一代小老鼠的尾巴都剪短，坚持了好几十代，最终生下来的老鼠却仍旧长出尾巴。
还有一个更简洁的反驳：假如拉马克主义是正确的，那为什么人类会有处女膜？
虽然理论不成立，但是拉马克主义在感情上更容易被接受，因为它赋予生物在进化道路上的主观努力，让人觉得，生物在进化中是“奋勇向上”的。相反，在达尔文这里，生物的进化完全是被动的、无知的。基因并没有“想”变成什么样，完全是随机变成各种样子，再由残酷的淘汰——生物个体的死亡——来把不适合生存的基因淘汰掉。
虽然达尔文的理论很冷酷，但是他的理论很简洁，进化完全是客观发生的，不存在主观因素的参与。
最后要说明的是，关于拉马克主义，目前还有一些新的理论，认为部分性状的后天改变是可以遗传给下一代的。这是一个还在发展中的理论，即便成立，对我们后面结论的影响也不会很大。
误解三是上一条衍生出的结论。
从个体看，基因进化完全是无序的、随机的，生物根本不知道自己该进化到什么方向。
但是从宏观看，从成千上万代生命这个总体性来看，基因又好像是有意识的，似乎是基因在努力延续自己，不断把自己变得更有竞争力，更有适应能力。
后者完全是一种错觉，但是我们在宏观上讨论进化的时候，是可以这么理解的，并不会导致错误的结论。当然我们时刻不要忘记，这意志其实并不存在。
误解四：为什么动物不能进化出机关枪？眼睛这么复杂的器官，只靠基因突变就有可能进化出来吗？
这是一个问题的两面。
对于第一个问题的回答是，单一的机关枪零件并不会对生物的延续有什么益处，所以即便生活随机突变出单个的机关枪零件来，也显不出生存优势，反而会因为累赘而被自然界淘汰掉。另一方面，基因突变的能力并不是无限的，基因可以使下一代的某个骨头更长一点或者更短一点，但是没法一下子进化出机关枪这么复杂的新东西来。所以虽然不同生物之间的特征千差万别，我们却能找到很多相似的地方，比如脊椎动物的骨骼结构都差不多。陆生动物向鸟类进化的时候，只能让身上的羽毛越来越厚，让前臂逐渐变成翅膀，而不能一下子长出全新的翅膀来。
那么，由此就会产生第二个问题：眼睛这种非常复杂、少了任何一个微小部分就没法看东西的器官，是怎么进化出来的呢？解释是，如果我们详细分析眼睛就会发现，每一个微小的局部在进化过程中都有一定的作用，不会存在没有任何作用的进化。
误解五：那么雄孔雀的尾巴呢？这玩意儿纯粹是累赘！
这个疑问乍一看的确是对进化论非常有力的攻击，所以达尔文说：“每当我凝视雄孔雀的尾羽，总感到一阵恶心！”
解释是，进化中除了生存选择外，还有生殖选择。
说白了，决定某一种基因能不能流传下来的原因，首先是前面说过的生存压力，带有不实用基因的个体都会死掉。此外还有第二个因素，就是看带有这一基因的个体和异性交配的机会是多还是少。