复查平反大案、要案和集团性案件是拨乱反正、平反冤假错案的一项十分艰巨、十分具体和十分重要的工作，围绕这项工作内容中央组织部做了大量的努力，推动了全国范围落实干部政策工作的健康发展。
为了加快进程，中央组织部采取了以下措施：首先是把被中央专案组下放到外地仍在监督劳动的领导干部全部接回北京和有关单位。党的十一届三中全会以后，中央组织部在这个问题上，有了更大的主动权。会后从陕西回到北京的有彭真、张洁清夫妇。原被关押的王光美也被接了出来。其他人也由各单位陆续接了回来。其次是对一部分人采取了先分配工作，后作复查平反结论的办法，使这些领导干部尽早走上工作岗位。再次是按照全党办案和群众路线的原则，采取转请本人原单位进行复查，然后送中央组织部审理，转报中央审批的办法，这样就大大加快了复查平反的进度，取得了良好的效果。
1979年，中央组织部经请示中央同意，把继续抓紧抓好落实干部政策工作作为组织部门的中心任务之一，进行了部署。强调要本着实事求是的精神，坚持“有反必肃，有错必纠”的方针，按照“全错的全平，部分错的部分平，不错的不平”的原则，继续抓紧解决。要求对省委常委、中央国家机关副部长以上或相当这一级的干部的政策落实，力争在1979年6月底以前或稍长一点时间内搞完。对其他干部，包括不脱产的基层干部的政策落实，争取在1979年冬和1980年春基本搞完。
考虑到落实政策涉及的问题很多，工作量很大，难以齐头并进，中央组织部要求各地区、各部门从实际出发，区别轻重缓急，作出妥善安排，分期分批地加以解决。强调首先要抓紧解决好“文化大革命”期间的冤假错案。“文化大革命”前历次运动中的遗留问题和其他有关问题的处理，可以有计划有步骤地穿插进行。
这一时期，从中央到地方，各级党委都加强了对这项工作的领导，进展比较快。但也存在一些值得注意和必须解决的问题，主要是：有一些领导干部和从事落实干部政策工作的同志，对善始善终地完成落实干部政策任务的重要性和艰巨性认识不足，比较普遍地出现了差不多的思想和松劲情绪，有的未经检查验收，就撤掉了办事机构，调走了工作人员；有些地区和单位的领导同志和一些工作人员受极左路线和“两个凡是”的影响，思想还不够解放，对一些案子迟迟不研究，不解决，对一些上级交办、应该解决而又不难解决的问题，硬是顶着不办，甚至认为落实政策过了头；有的由于派性作怪，对某些人的问题长期不予解决，甚至还在捂盖子；有的忽视了深入细致的解疙瘩和促进团结的思想工作；也有少数被落实政策的人或者亲属，提出一些过高的、不合理的要求。
由于上述原因，落实干部政策的工作还面临着十分艰巨的任务。据统计，“文化大革命”期间干部队伍中的案件，大约还有20余万件没有复查结案。复查工作进展很不平衡。有的地方和单位，应当复查的案件只复查了50%—60%，个别县复查的不到10%。有些人虽然做了复查结论，但还有些善后工作没有做好。落实农村基层干部政策还有大量工作要做。在已经复查的案件中，据一些省市重点检查验收，大约有10%至20%不合要求，多数定性处理偏高偏严，有些给留了尾巴。也有极少数把不该否定的问题给砍掉了。“文化大革命”中形成的大批材料，许多是无限上纲、诬蔑不实和重复无用的，需要花很大力量和时间才能清理好。改正错划右派的工作和反右倾运动中错案的平反改正，还没有全部完成。
以上这些问题如果不抓紧解决，落实干部政策就不可能做到善始善终。为此，中央组织部在1979年6月召开了全国落实干部政策工作座谈会，中央组织部部长宋任穷在这个座谈会上的讲话中，着重强调落实干部政策一定要做到善始善终，要对每个同志的政治生命负责。我们不能只看到面上的问题已经解决了80%、90%，只要还有一个错案没有得到纠正，那么，就这个同志来说，他的问题就不是解决了80%、90%，而是100%地没有解决。要一个案件一个案件，一个人一个人地扎扎实实的搞好，经得起历史的检验。
1979年9、10月间，中央组织部召开了全国组织工作座谈会，制定了《关于善始善终地搞好落实干部政策工作的意见》，提出了六项措施三个要求：《宋任穷回忆录(续集)》，解放军出版社1996年版，第71—77页。
第一，要继续加强领导，坚持全党办案。领导同志要亲自抓大案、难案，亲自做思想工作，亲自监督检查。在检查验收以前，落实干部政策的办事机构不要撤销，工作人员一般不要调走。
第二，没有复查的案件要抓紧复查，对经过复查但不合要求的案件，要及时纠正。对于一些行动迟、进展慢的后进单位，可以抽调一些得力干部加强督促检查，进行具体指导，帮助解决问题。
第三，继续认真做好落实农村、城镇基层干部政策的工作，解决好历史上遗留的问题。要着重从政治上解决问题，不要在枝节问题上纠缠，防止草率从事，走过场。
第四，在复查工作接近结束时，及时组织力量清理好干部审查材料，将应该保存的分别归入档案，该退还本人的退还本人，该销毁的予以登记销毁。对受牵连的家属子女和亲友的档案中保存的不实的材料，也要采取负责态度，认真清理，消除影响。
第五，认真做好检查验收工作。验收的标准是：(1)过去受审查的需要做结论而没有结论的，已做出了正确的结论。(2)做过结论但不正确的，已改正过来，一切诬蔑不实之词已予推倒。(3)可以工作而没有分配工作的，已分配适当工作；年老体弱不能工作的，已做妥善安排。(4)对受审查期间去世的同志，已作出实事求是的结论，善后工作已经做好。(5)无辜受牵连的家属、子女、亲友和有工作关系的人员中应予解决的问题，已妥善解决。
第六，要贯彻始终地加强政治思想工作。落实干部政策不是“过了头”，而是有的冤假错案还没有平反纠正，或者解决得不够彻底；不是“差不多”，而是还有大量的工作要做。一定要注意克服松劲情绪。要坚决克服派性干扰，绝不能对亲自己的搞一风吹，从优照顾；对反对过自己的故意拖延，揪住不放。对极少数抵制三中全会精神，顽固阻挠落实干部政策顶着不办的，一定要严肃处理。对被落实政策的干部，要从政治上关怀爱护，多做耐心细致的思想工作。
在贯彻《关于善始善终搞好落实干部政策工作的意见》的基础上，中央组织部着重从以下三个方面加强了对面上的指导工作。
(一)加强思想指导。着重解决由于对落实干部政策的艰巨性认识不足，产生的松劲情绪；清除在落实干部政策工作中反映出的“左”的思想影响和流毒，克服极少数领导干部存在的派性干扰。1980年2月党的十一届五中全会作出为刘少奇平反的决议。中组部为了贯彻五中全会精神，于1980年4月18日转发了贵州省委《关于平反纠正因刘少奇同志问题造成的冤假错案，善始善终地落实好党的政策的通知》，要求各地区各部门把因刘少奇冤案受株连的和“文化大革命”中其他冤假错案的平反工作，务必争取在1980年上半年结束。全国因刘少奇冤案受株连的有数万人，从中央到地方许多领导干部的冤假错案都有所谓“执行刘少奇的资产阶级反动路线”、“执行刘少奇反革命修正主义路线”、“刘少奇资产阶级司令部在×××地方的代表人物”等等。通过刘少奇这个在全国影响最大冤案的平反，使广大干部的思想进一步解放，平反纠正了数万人因刘少奇冤案受株连的案件，同时也推动了其他冤假错案的平反工作。
(二)加强政策指导。粉碎“四人帮”以来，特别是党的十一届三中全会以来，中央对落实干部政策有过许多指示和文件。在贯彻中央的这些基本政策精神过程中，根据平反“文化大革命”中冤假错案、落实干部政策中遇到的问题，从1979年1月至1982年底，由中央组织部单独或者由中央组织部协同中央统战部、公安部、教育部、国家科委、国务院侨办等有关部门，就某一个方面的问题研究制定了一些具体的政策规定。据不完全统计，发出此类政策性文件共有27件。在复查案件过程中，对一个干部的定性和结论是否正确，一靠事实，二靠政策。及时进行政策指导，对落实干部政策健康地开展，体现全错的全平、部分错的部分平、不错的不平的原则，十分重要。
例如，一些人在对敌斗争中历史上有过被捕问题，“文化大革命”中很多同志被诬陷打成“叛徒”、“特务”，受到严重迫害。对这方面的问题，中央在1953年11月和1957年2月的有关文件中，都有明确的规定，绝大多数干部的问题，早已按这些规定作出了正确的结论。“文化大革命”中，林彪、康生、“四人帮”一伙否定党中央通过的这些文件和根据这些文件作出的结论。落实政策中必须把“四人帮”颠倒了的是非纠正过来。因此，中央组织部在有关政策文件、案例通报中，反复重申：干部中的这类问题，如果过去有结论，定性处理基本用上述文件精神的，应当维持原结论；如果事实有重大出入，或处理明显不当的，应按照上述文件精神，予以改正。从而有力地推动了对在这类问题上形成的冤假错案的平反。
又如，“文化大革命”中许多人在受到政治迫害的同时，家中的财物也被查抄。到落实干部政策的后期，这些同志在政治上平反后，要求退回被查抄的财物。妥善处理“文化大革命”中查抄财物遗留问题 ，是做好落实干部政策善终工作的一项重要内容，中共北京市委、北京市人民政府于1982年初向中共中央、国务院作了《关于处理“文化大革命”中查抄财物遗留问题的请示报告》。这个报告经中共中央、国务院领导批示同意后，中央组织部将这个报告转发给全国各地区参照执行。这是当时解决查抄财物问题的一个较全面的政策指导性文件，各地、各部门对于处理这类问题有了政策依据，加快了善终工作的进度。
再如，“文化大革命”中，林彪、“四人帮”残酷迫害干部，全国被立案审查的干部达200多万，每个人都有数十件、上百件，甚至上千件、万件的材料，其中绝大部分是无限上纲、诬蔑不实和重复、无用的材料。有一部分人坚持实事求是的原则，他们写的材料反映了历史的真实面貌，可以作为考察了解干部的依据和研究革命历史的参考。在平反冤假错案过程中，各级党组织和广大干部，强烈要求对这些材料进行认真清理，把一切诬蔑不实的材料全部销毁。一些省、直辖市、自治区对于干部审查材料也着手进行了清理和分类，但对哪些材料应当销毁，哪些材料应当存档，在认识上不尽一致，等待中央做出统一规定。为此，中央组织部经与一些省、市委组织部共同研究，拟出了有关规定，并征求了全国组织工作座谈会代表的意见，经中央批准，下达执行。从而统一了认识，统一了做法，使这项工作有所遵循。
(三)加强组织指导。在落实干部政策工作中，在深入调查研究、掌握情况的基础上，及时提出和采取一些有力的组织措施，是十分必要的。首先是要求各级党委建立强有力的领导小组和专门工作机构，挑选那些党性强、品质好、办事公道、能积极为受迫害者洗刷冤屈的干部从事这项工作，全国最多时达60万人。各省、直辖市、自治区都成立了以党委负责同志为首的，组织、纪检、政法、统战、民政、财政等部门领导参加的落实政策领导小组，地、县也建立了相应的领导机构。形成层层部署、逐级负责，专门班子与依靠群众相结合，有关部门积极配合，全党上下一起动手。有些地方和单位干部政策落实不彻底，甚至形成死角，重要原因之一是主要领导权没有掌握在坚决执行中央路线的干部手上。有的领导班子里还有派性严重和制造了冤假错案而又不愿意改正的人。他们对中央落实干部政策的方针采取抵制的态度，硬顶或者软拖，对应该平反纠正的冤假错案迟迟不解决。为此，中央组织部提出，对那些批评教育坚持不改的要坚决调离。
为了使一些有争议的案件或是长期拿不准的案件早日结案，从中央到省、直辖市、自治区继续采取分批召开一些小型疑难案件座谈会，走群众路线，集体“会诊”的办法，一件一件地研究解决，收到很好的效果。对有些证据不足无法查清的案件，根据现有材料以及本人历史上和现在的申明，全面地加以分析，作出结论，对个别有一定证据，但证据不够充分，调查线索中断，本人又一直否认的，采取把审查情况和本人交代如实写清楚，以证据不足不能认定的办法予以结论，尽量不采取挂起来的办法。
在落实干部政策、平反“文化大革命”中冤假错案工作的后期，中央组织部等单位狠抓了检查验收工作。并组织力量到一些省、直辖市、自治区和中央部门进行了抽查。1981年3月，中央书记处指示由中纪委、中组部、统战部、公安部、民政部对各省、直辖市、自治区落实政策情况，进行一次检查，中纪委和中组部为此专门发出通知，贯彻执行中央的决定。通过检查验收，查错补漏，保证了办案质量，巩固了复查成果，使落实干部政策工作善始善终。