行为人实施的侵犯商业秘密的行为必须给商业秘密的权利人造成重大损失，方可构成犯罪。换言之，损失的程度是区分侵犯商业秘密行为违法与犯罪的主要界限。最高人民检察院、公安部2001年4月18日颁布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》第六十五条规定，侵犯商业秘密，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：给商业秘密的权利人造成直接经济损失数额在50万元以上的；致使权利人破产或者造成其他严重后果的。判断行为人的行为是否给权利人造成重大损失，应根据犯罪的整个情况进行综合分析判断。在确定犯罪行为给权利人造成的损失时，一般应考虑以下几个因素：
1.该商业秘密占领市场的大小，包括已经占领的市场的大小和潜在的市场份额，这是衡量商业秘密价值的因素之一。
2.商业秘密权利人的数量，包括商业秘密的所有人以及商业秘密的合法使用人的数量。
3.被侵犯商业秘密权利人的生产能力，包括目前使用的生产能力，以及其全部的生产能力（包括其潜在的生产能力）。侵权人的生产能力，包括侵权人侵权时的生产能力和其全部的生产能力。侵权人在未使用该商业秘密时使用相同的生产能力能得到多少经济利益，在使用了商业秘密之后能得到多少经济利益，将两者加以比较，可以从一个方面反映侵权人的获利情况，以及给权利人造成的损失的大小。
4.该商业秘密的生命周期。任何商业秘密从产生到其被淘汰都是有一定周期的，总有一天会被他人所获知。了解该商业秘密处在其生命周期的哪一个阶段，对确定权利人的损失有很大的意义。
5.其他因素，如侵权的手段、扩散的范围、造成的影响、侵权行为持续的时间，等等。
根据我国《反不正当竞争法》第二十条的规定，侵害商业秘密给权利人造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的权利人的损失难以计算的，其赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润。可见，这里规定的赔偿额有两种计算方法，即权利人的所失或侵权人的所得（利润）。据此，我们在衡量行为人侵犯他人商业秘密的犯罪行为是否给权利人造成重大损失时也可以从权利人的所失和犯罪人的所得两个方面加以考虑。在具体判定时可以参考上述因素，首先考虑权利人遭受的直接损失，即权利人可计算的财产、收入方面的损失。如商业秘密被非法公开，造成的权利人的财产灭失的多少，这可根据开发该商业秘密的成本或该商业秘密的现行市价、商业秘密实施许可的合理使用费数额、商业秘密的利用周期（一次或多次、长期或短期）、市场的容量和供求关系或该商业秘密预期若干年内收益等方法加以确定；因行为人盗用商业秘密进行生产和经营活动而造成权利人本身收入的减少，等等。其次，应该注意，行为人给权利人造成的损失不限于物质性的损失，如权利人损失数额、侵权人所得数额等，还应包括竞争优势的减少或丧失等；对竞争因素的损害在经济上主要体现为三个部分，即开发成本、现实的优势和未来的优势。开发成本是指产出这种竞争优势的商业秘密的研制开发所投入的成本，包括投入的资金、人员、时间等。现实的优势是指生产和销售中的优势，如生产的低成本、销售的高利润和供求关系。这部分容易计算，在排除物价因素后，可以看价格是否下跌、销售量增加或减少及其比率（考虑供求关系）。未来的优势，是指权利人预期的那部分，即由于侵权而使预期的优势所产生的收益损失减少。这部分较难计算，实践中一般将商业秘密的利用周期长短、使用和转让情况、市场供求关系作为计算参数。此外，还应考虑保密成本，这部分投入也因侵权而遭受损害，理应获得赔偿。与商业秘密的无形性相似，这种竞争优势也是无形的，它的价值的量是不特定的，取决于它所转化的经济效益和实际利用程度，所以赔偿金额也是无法精确计算的，司法实践中一般可以估算、框算，不必苛求精确。