（一）对法院作为整体独立行使审判权的质疑
经济体制直接决定着诉讼制度，随着我国经济体制由计划经济向市场经济的转变，法院独立这种审判形式已受到来自理论和实践的多种挑战，其弊端日渐明显：
1.导致了审判主体的不确定。法院独立，指法院相对于“外部环境”而言是独立的。在法院内部，实行民主集中制。在司法实践中，院长、庭长“把关”审批案件，审判委员会讨论决定重大疑难案件成为法院独立的内容。这种做法直接造成审者不判、判者不审、审判分离。合议庭在台前审理案件，院长、庭长或审判委员会在后台操纵着案件的处理决定，成为实际上的裁判者。整个案件的审判过程其实也是审判主体由合议庭转换为院长、庭长或审判委员会的过程。审判主体的转移，使法律为保障诉讼公正而设计的回避制度、公开审判制度、合议制度等一一落空。另外，审判委员会对重大疑难案件进行讨论决定，何为重大疑难案件？其判断标准法律上未作任何规定，全凭审判人员主观衡量。事实上，正是“重大疑难”这一模糊用语使得审判委员会有了随意讨论决定案件的合法依据，这也使审判主体转移本身具有了不确定性。学者毕玉谦指出：审判主体的不确定性，在理论上和实践中都是非常有害的。社会的进步，经济的发展，客观上也要求司法必须具有确定性、一致性和稳定性。不然，任何高度的经济发展者没有可能。
2.院长、庭长或审判委员会成员不参与法庭调查、审理，不听取抗辩双方充分的意见，仅凭上报的案卷材料便决定了诉讼的最终命运，这不仅严重违反了正当程序的要求，而且院长、庭长或审判委员会成员不可能精通所有部门法，如民事案件却由刑庭庭长讨论决定审理结果，其判决的正确性不能不让人怀疑。
3.法院独立导致法官行为与责任的不统一。实行法院独立，法院作为整体对外负责，但法院本身作为一个机构，无法实施具体的能动的审判行为，而必须由法官个体来实施。这种行为与责任相分离的状态，常造成案件审理无论好坏，法官个人不承担责任。即使是错案，也往往找不到责任承担者。在这种体制下法官常认为弄清事实是我的事，如何审判是你的事，反正有领导把关，从而易养成不思进取的惰习。“当个人法律素质的高低并不决定案件审判结果的时候，恐怕没有太多的人用心去钻研业务，也不会在乎案件处理的质量。结果，法官成为一种人人皆可为之的职业，法官职业的专业技术性能荡然无存。”
（二）法官独立是社会分工的细化和社会生活复杂化的趋势决定的
当“私力救济”作为一种普遍性的社会现象从人类文明史中消失后，诉讼作为“公力救济”的最有效的形式成为遏止和解决纠纷的主要手段，随之也就产生了法官。但最初的法官不必接受专门的训练，因为当时的社会生活比较简单，法官完全可凭直觉、习惯或某种“神”的旨意做出是与非、善与恶的判断。法律的浅显易懂，在当时被看做是一部成功的立法所应具备的基本特征。随着社会的发展，社会分工日益细密化，人们往往只对自己职业环境内的情况的所了解，对自己的职业环境外的情况很难具有同样的把握。因此，社会逐渐演化成为各个领域的专家相互合作的社会。而工业时代经济秩序复杂性不断增加。高速现代交通工具出现，使得“整个世界近乎在每个人的后门口一样，这就使人与人之间接触的机会增多，从而增加了他们之间的利害冲突点和重叠点。”在客观上要求有更多的法律和经过专门训练的执行法律的法官。专门的训练使法官具有共同的知识背景、文化气质，从而为其独立提供可能性，社会分工趋密的现实使法官独立成为必然。
（三）法官独立是法治原则的根本要求
法治是相对于人治而言的一个具有阶段性，又带有价值性的充满活力的概念，它在不同的阶段社会中被实践着。最早揭示了法治含义的古希腊哲学家亚里士多德在《政治论》一书中说：“法治应包含两重含义：已成立的法律获得普遍地服从，而大家所服从的法律又应该本身是制定得良好的法律。”事实上，独立的法官也是统一的法律得以普遍遵从的前提，因为“良法”的普遍实施，也要求法制的统一。法制的统一离不开司法的统一。而司法统一的条件有两个：一是有普遍适用的统一的法律存在，二是法官对法律的共同认识和实施。立法上统一相对而言是比较容易的。而要使一个国家的所有法官对法律有共同的认识和理解并得到一致的施行，则首先必须使法官接受相同或相似的教育，使他们具有共同的专业知识、思维方式和观念背景。其次，法官必须是独立的。独立的法官才可能使判决具有法官群体的特有的整体特征，也才能使判决由于主要受法官技术特征和专业知识影响，带有形式一致性的特点。法治原则的社会意义表明，“在法治社会中，权力虽然作为一种支配力量而存在，但它必须受到法律的控制。法治把权力与法律的关系置于一种新的格局；法律不仅得到权力的有效支持，而且作为一种非人格化的力量对权力发挥着制约的作用。”20世纪的法院面临的重大问题一直是：在行政权力日益强大的年代，法律如何应对滥用或误用权力的局面。而实现法律对权力的控制必须以高素质的独立的法官为前提。法官不独立而沦为行政机关的附庸，制约防止行政权力滥用的机制便无法发挥功能。