福康安是十一月初八日打进诸罗的，他还不知道在五天之前皇帝已将诸罗县名改为嘉义了。据清宫档案所记，乾隆认为“城内义民帮同官兵，奋力守御，保护无虞，该处民人，急公向义，众志成城，应锡嘉名，以旌斯邑”。十一月初二日军机大臣们遵旨更定诸罗县名，拟出“嘉忠”、“怀义”、“靖海”、“安顺”四个名称，请皇帝选取。乾隆则在“嘉忠”与“怀义”两个名字中，各取一字而定名为“嘉义”，取嘉奖义民之意。第二天，正式颁谕，将诸罗县改为嘉义县。
林爽文在嘉义战败后，便逃往大里栈。清军追击，先在丁台庄（今台中县）发生战斗，互有死伤。爽文后又携带家人走集集（今南投境内），十二月初五日，清军又迫集集，爽文不守，逃到小半天（今南投境内），窜埔里社山中。福康安派兵入山追捕，并檄令原住民帮助搜索，直到第二年正月初五日，林爽文逃到老衢崎（今苗栗县）时，才被人捉到，献给了清军。
林爽文的被捕，还有一段插曲。据台湾本地的方志说：他逃到苗栗后，自知性命难保，乃到朋友高振家，对他说“吾使若富且贵”，高振后来就把他“缚之以献”清军。不过在福康安向皇帝的报告中，则称：因为清军不熟路径，又不认识林爽文，所以找了义民作眼目。正月初五日在老衢崎地方，义民首领高振发现了林爽文，随即告知清军侍卫翁果尔海等三十多人，一同围捕，拿获后解送京城的。高振后来赏戴蓝翎，并授干总职衔。林爽文等则被装入木笼，渡海押解北京，经大学士、军机大臣会审后，按律凌迟处死，枭首示众。
福康安平定北路之后，又挥兵南下，向庄大田发动猛烈攻击。庄大田先据大武垅（嘉义东南一带），经过激战，民军不敌，乃退保琅峤（今屏东县）。二月初，清军分水陆两路攻琅峤，庄大田拒战失败被擒，后被磔杀于府城。林爽文反清之役，至此才完全被平息。
福康安建立了“三月平台”的大功之后，又着手处理善后问题，他修建了城池，添设了戍兵，赈济了灾民，并举办屯田，给从征的几千名原住民各四十多亩田地，要他们协助官兵，防守隘口，缉捕逃犯。福康安又与福建巡抚徐嗣曾根据皇帝指示，妥拟了稽查台湾积弊善后事宜章程十六条，计为：
一、各营操演宜设法稽查以核勤惰；
二、水师兵丁宜按期出洋巡哨；
三、严总兵巡查之例以肃营制；
四、兵丁贸易离营等弊宜严行禁止：
五、禁革旗牌、伴当、内丁、管班四项目兵丁以杜包差之弊；
六、换防成兵宜分交水陆提督互相点验；
七、清查海口城厢各炮位；
八、严禁抢夺械斗以靖地方；
九、清查户口以别良奸；
十、严禁私造器械旗帜；
十一、严惩赌博恶习；
十二、大员轮查台湾文武官员出具考语；
十三、准台湾道员专摺奏事；
十四、开八里坌海口以便商民；
十五、严查各港口私渡船只；
十六、修治道路与船只以便传递邮报。
这些善后事宜的实施，使得清廷能更进一步有效地管理与统治台湾。
七、秋后算账
台湾林爽文之役，自乾隆五十一年十一月二十七日起事，至乾隆五十三年二月初五日庄大田等被捕而平定南北两路，前后历时一年又三个月。在历次战斗中，民军死伤的很多，无法统计。清军方面据福康安的报告，自乾隆五十一年十一月至五十二年十月，阵亡官弁计一百四十一员，满汉兵丁共为四千零九十五人。福康安来台主持军务后，直到平息事变的三个多月中，战事中死亡的汉屯官弁兵丁共四百七十八人。另据户部开列的资料，说四川抽调征台的屯土弁兵共伤亡二千八百七十八名。清廷为平台花费的军费也是一笔大数字，因此在平台之后，除了妥拟善后事宜章程外，还做了一些赏罚的事宜，现在把这笔“秋后算账”分两方面来简略说明。
除了福康安、海兰察这些功臣得到封赏以及死难官兵得到抚恤外，皇帝很重视台湾当地“义民”的奖赏。他曾在谕旨中说：“如系务农经商生理者，即酌免交纳赋税。若系首先倡义绅衿，未有顶带者，即开列名单，奏明酌予职衔，以示优异。”福康安上奏称在南路东港上游，有粤民一百余庄，誓不相从庄大田，并同心选出壮丁八千多人，由举人曾中立等领导，堵御天地会民军，请皇帝嘉奖。乾隆亲自写“褒忠”二字匾额，并赏给曾中立同知职衔。另有教授罗前萨也因管理义民有功，也赏给同知职衔。其他刘绳祖、涂超秀、黄衮、周敦纪四人，俱赏戴蓝翎。在北路彰化一地，杨振文与曾大源在林爽文起事时，拒绝入伙，弃家逃到泉州，后随福康安征台，在鹿港一带招募义民并参战，经福康安奏请赏戴花翎，曾大源因系举人，后来还以同知实缺补用。还有嘉义的黄奠邦、郑天球、王得禄，淡水（新竹）的王松、高振、叶培英等人，都以翎顶加身，荣宗耀祖了。
林爽文起事期间，台湾米价飞涨，高到平时三倍，即一石卖价三两银之外。皇帝了解实情之后，先下令蠲免乾隆五十二及五十三年两年钱粮，让人民得到经济实惠。同时又因兵乱农村无法正常耕种，严重缺粮，先从内地运米来台救急，广为平粜，以减市价。皇帝又下令给难民赈济银与修屋费二十四万多两，以便人民安身。
附从林爽文起事的人当然也会受罚。现在举三个例子说明：
第一，在变乱中参加林爽文民军的，不论是漳州人还是泉州人，事后都受到迁徙内地的处分。有人被骗人大陆清军内当兵，藉以约束，这批人如阮和等约有九十多人，因后来叛林爽文投清，他们有罪又有功，所以贷其一死，但不能再住台湾。另外有一批人如李祖生等一百多人，情节较重，被发往湖南、贵州、广西烟瘴地区，交与地方官严加管束。还有在作战中被清军俘获的很多人，则被充军到黑龙江等处，分给满洲兵丁为奴，以防止他们逃回原籍。清廷如此措施，据说是怕他们留在台湾滋生事端。
第二，参加林爽文乱事死亡及迁徙内地的人，他们所有的田产被政府充公，另行作分拨之用，或为渡台防守兵丁的补贴。林爽文与其他要犯的祖坟，不论在台湾的或是在内地的，都给刨挖，以示惩罚。
第三，林案要犯的子孙，十五岁以上的处死，十五岁以下则送到北京内务府施行阉割手术，充当太监，以备宫廷洒扫之用，前后分三批解送，共有三十七名幼童，其中年龄仅四五岁者达六七人，极为凄惨。
在林爽文之役“秋后算账”事件中，最令人感伤的可能是柴大纪的被处死。一般说来，柴大纪死守诸罗的功劳很大，而且连皇帝也激赏并嘉奖过他，何以最后得到如此不幸下场呢？此事值得一述。
柴大纪是浙江江山县人，乾隆二十八年由武进士拣选为守备，分发福建试用。三十六年至四十三年，历任水师守备、游击、参将等官，后升湖南水师副将。四十六年升为福建海坛镇总兵。从资历上看，柴大纪是科班正途出身，一路升迁平顺。乾隆四十八年，原任台湾镇总兵孙猛患病，因水师无人可调，闽浙总督富勒浑奏请将柴大纪调到台湾，署理总兵，皇帝却降旨令柴大纪为正式的总兵官，这是他人台的经历大概。
台湾因地处海外，一般地方官视台湾官位为肥缺，不以冒险渡海为畏途，不少人反而以获得美缺为喜，因为来台任官后可以任意侵渔肥己，大获赀财。柴大纪多年服务军旅，绿营恶习沾染仍多，来台后的操守大有问题；不过自林爽文起事后，他的表现应该是不错的。
乾隆五十一年动乱开始后，柴大纪先领兵保卫府城台南，立下功劳。后来领兵收复诸罗，并在乾隆五十二年间死守诸罗，虽经林爽文先后十次猛攻，始终坚守，也阻止了林爽文全力攻打府城的计划。设若柴大纪在诸罗战败，民军必可挥兵南下，没有后顾之忧地与庄大田会合，府城也会被攻陷，林爽文据有全台即能成为事实，清军要想恢复也会更为困难。因此诸罗保卫战是具有重要性的。
皇帝对柴大纪守诸罗的战功也是肯定的。乾隆五十二年五月十六日，皇帝就降谕褒扬其战功，命交兵部议叙，并赏给大荷包一对、小荷包两对，赞扬他“始终奋勉出力”。六月十六日，又颁谕旨说柴大纪“实属奋勉可嘉”，“着即补授福建陆路提督”，这次不是空口赞美，而是给柴大纪升了官。七月中又下令“授柴为参赞大臣及壮健巴图鲁名号”。“巴图鲁”是满族语baturu的音译，意为“勇士”，这是满族有大功者才能获得的称号，有清以来，汉人武将得此殊荣的不多。诸罗后来改名嘉义，虽然因了义民参与守城之战，事实上也与柴大纪的义气有关，因为皇帝看到各方情报，知道诸罗缺粮、缺兵、缺武器，柴大纪能死守几个月，实属不易，因此皇帝曾在八月二十七日传谕给柴大纪，不必拘泥于城存与存、城亡与亡的旧思想，如果实在支持不了，可以“将贼匪乘势剿杀，突围而去”，意思是叫柴大纪可以弃城而走，政府将来不会怪罪的。可是柴大纪却拒绝了皇帝的好意，写了奏摺向皇上表示愿与人民共守危城。柴大纪提出两大理由不能突围弃城：一是“若一旦弃之而去，则城池营盘大炮均为贼匪所据，恐贼势益张，盐水港、笨港两路之兵，均难驻守”；二是“城厢内外居住百姓，及各庄避难入城者，共有四万余人。……实不忍将此数万生灵，尽付逆贼毒手！”皇帝阅览了柴大纪的报告，被他的“忠肝义胆”感动得“为之坠泪”，认定他是“以国事民生为重”的忠义之臣，“古之名将，何以加之！”因而给他重赏，擢封为一等伯爵，世袭罔替；并且命令浙江巡抚拨银一万两，赏给柴大纪的家属，“用示朕轸念勋劳锡爵酬庸之至意。”
柴大纪有如此难得构际遇，应该前程似锦，一片大好了。可是就在此时，钦差将军福康安等人向皇帝参奏他了，说诸罗城被围数月未失的原因是“众民一心奋勇。柴大纪人本诡诈，甚染绿营习气，不可倚任”，所奏守城、打仗各情，多非事实。皇帝看了福康安的奏报，最初很不以为然，认为福康安“过事苛求”，于是写了一份满文的谕旨给在台湾的福康安，晓谕开导，并为柴大纪剖辩，甚至还指点出福康安或因柴大纪“屡经恩旨褒嘉，或稍涉自满，在福康安前礼节或有不谨，致为福康安憎，遂尔直揭其短乎？”皇帝并且还婉转地对福康安说：
朕于柴大纪、蔡攀龙二人，并非先有成见，不过念其守城打仗，勤苦出力，曲加轸念。福康安非他人可比，尤需仰体朕心，略短取长，方得公忠体国之道。况柴大纪已加恩封以伯爵，蔡攀龙业经超升总督，福康安所奏各情形，并无确据，岂可转没其功，遽加以无名之罪耶！
皇帝既如此相信柴大纪，此参案本应该就此了结；但是这年底，有位工部侍郎名叫德成的，他自浙江返京，皇帝召见他时问起柴大纪平日的官声名誉如何，德成回皇帝说：风闻柴大纪“纵恣自大，且居官贪渎，较之地方文职尤甚，并将台湾所辖守兵，私令渡回内地，贸易牟利，驻守之兵，所存无几”。皇帝听了这番话之后，突然改变了态度，他想到台湾驻军为数本来不少，就因为柴大纪“私令渡回内地”，才让林爽文之乱蔓延滋扰开来，于是下令叫福康安与闽浙总督李侍尧查明柴大纪的罪行，拿问治罪。乾隆五十三年正月二十三日，皇帝正式下令将柴大纪革职拿问。七月间柴大纪被认定有罪处斩了。
柴大纪被杀之后，两百多年来不少人认为是一大冤案。同时代人满洲贵族礼亲王后代昭裢就说：
……大纪以功高，与福康安抗行宾主礼，康安衔之，遂密奏其人奸诈难信。会侍郎德成自海上监修城垣归，复媒孽大纪之短。上信其言，遂以前贪纵事，逮大纪及永福入，先后正法。
道光时代的大学者魏源也说：
初，福康安之解诸罗围也，柴大纪出迎，自以参赞、伯爵，不执櫜（犍）之仪，福康安即劾其前后奏报不实。
民国初年修《清史稿》，书中的《柴大纪传》也写着：
……福康安师至，嘉义围解，大纪出迎，自以功高拜爵赏，又在围城中，倥偬不具櫜櫜礼，福康安衔之，遂劾大纪诡诈，深染绿营习气，不可倚任……侍郎德成自浙江奉使还，受福康安使，讦大纪。上命福康安、李侍尧、徐嗣曾按治……军机大臣覆谳，大纪诉冤告，并言德成有意周内，迫嘉义民证其罪，下廷讯，大纪犹力辩。……
清史大家萧一山先生认为：
福康安之解诸罗围也，城中市民皆赢饥无人色，见福至，无不欷歔啜泣，喜其来而悲其晚也。
惟大纪出迎，自以参赞、伯爵，不执鞬之仪，福康安恨之，密奏大纪奸诈难信，前后奏报不实。……大纪逮至京，命军机大臣会同大学士九卿覆讯，大纪再三称冤。弘历廷讯，大纪始引咎，仍微诉其枉。清廷谓其狡辩取死，依福康安所拟正法。时议以大纪之死也，不知引咎，昧帅臣之体，与张广泗不服讷亲之劾，而负气大廷者何异？……
近人周远廉教授则称：
为什么皇上对柴大纪的态度会发生这样一百八十度的大转变，把他由钦封的忠臣名将贬为奸佞小人？是乾隆洞察秋毫识破柴大纪伪装面目，还是听信谗言误杀栋梁之臣？从历史事实看，从乾隆有关柴大纪数十道谕旨看，柴大纪确实不是有罪当戮，而系含冤去世。