当时的奥地利实行君主立宪制，议会和君主拥有至高无上的权力，不允许有任何反对议会通过并经皇帝“恩准”的法令的行为。因此政府警告孟德尔：若不执行法令，将查封修道院财产。同时又派人暗示孟德尔，若照章缴纳税额，政府将考虑授予他“勒奥波尔德神父”称号，甚至可以当选为上议院议员。对此，孟德尔不屑一顾。
结果，政府没收了作为修道院主要收入来源的两个庄园。孟德尔上书抗议，认为政府此举是“破坏宪法的”。就这样，孟德尔抗议，政府驳回，如此翻来覆去，冲突愈演愈烈。
当初和孟德尔一同举事的修道院长眼见申诉无望，就逐渐改变初衷而倒向政府，孟德尔完全被孤立了。但他仍然坚持己见，就是不肯屈服。从1875到1883年间，孟德尔提出的申诉书或抗议书至少有13次之多。他的这种倔强性格和坚韧顽强的反抗精神，一方面与他的家庭环境和本人经历有关，另一方面可能是受其前辈克拉谢尔神父革命思想的影响。
这场长达10年的冲突直到孟德尔去世后才达成和解：修道院承认政府法令，政府减免税额。政府维护了声誉，修道院保住了财产，孟德尔却成了唯一牺牲品。
对这桩旷日持久的讼案的是非曲直，我们姑不妄论，但有一点是可以肯定的：这次冲突使孟德尔心力交瘁。他苦闷、寂寞，一个秉性开朗而随和的人，逐渐变得执拗、孤独和怪癖。一些幸灾乐祸之辈，又乘机诽谤，称他为“偏执狂患者”。他陷入深深的痛苦之中，健康状况也随之恶化。
孟德尔晚年时身体肥胖，他采用各种方法减肥，如早起床、限制饮食等，但不奏效。有个愚蠢的医生告诉他吸烟可以减肥，他吸烟就越来越厉害，每天至少得抽20支雪茄。过度的吸烟使他心动过速，每分钟达120次以上。学术上的不得志，与政府的长期冲突，使他变得郁郁寡欢，他的虚胖的身体每况愈下。
1883年春，孟德尔在一次旅途中偶染风寒，从此卧床不起。7月，他的身体出现水肿，经医生检查，他的心脏已受到严重损害，嘱他绝对卧床休息。
但他仍不能忘情于他的花木、蜜蜂。当他自己感觉稍好了些时，他在修道院的蜂房旁安装了一个铁丝笼，并在铁丝笼中放进了一些蜜蜂。一个来访的客人问他，为什么要把这群蜜蜂隔开。他用开玩笑的口气解释道，“我放了一个蜂后在铁丝笼里，再加上几只雄蜂。现在蜂后正在为自己选择一个合格的配偶。因为在蜜蜂中间，正如在人们中间一样，巧女嫁给拙夫总是很不幸的。”
10月1日，孟德尔履行了作为修道院院长的最后一项公务：为新来的新修道士举行着衣式。这种仪式一般在修道院大厅举行，但因为院长卧病而临时改在院长室。
12月20日，孟德尔给利兹那写了最后一封信，告诉他自己已感到大限将至，恐今生今世再难相见了。言语凄惨，催人泪下。
圣诞节后，孟德尔已自知朝不保夕，留下遗言将自己的遗体捐献，可供解剖。
1884年1月4日午后，孟德尔心脏病急剧恶化，经医生诊断已挽救无望。
据申德勒记述，孟德尔临终时，修道院举行了往他身上涂油，天主教称之为“终油的秘迹”，的宗教仪式。
1月6日凌晨，护士为他换绷带，发现水肿液没溢出来，绷带是平的。
“今天没流什么水”，护士说。“是呀，似乎稍稍好了点儿”，孟德尔回答。
但当护士再进入房间时，发现孟德尔已经停止了呼吸。
当天，修道院发布了由孟德尔本人亲自拟好的讣告。根据他的遗愿，在修道院里由布伦纳博士主刀解剖了孟德尔的遗体，确定孟德尔的死因为慢性肾炎引起的心脏衰竭，脑部无病变。
1月9日，孟德尔的遗体被安葬在布鲁恩中央公墓。他的墓与附近另外三个修道士的墓一样，简陋而短小。墓碑上，用拉丁语镌刻着：“格里戈尔·约翰·孟德尔”。近年，还新建了用捷克语书写的墓碑。
1910年，全球学者集资，又在布鲁恩修道院前的广场上，给孟德尔建造了一座大理石雕像。
§§§第7节“我的时代来到了”
孟德尔晚年，曾充满自信地对他的好友尼耶塞尔教授说过：“看吧，我的时代来到了！”这句话成了预言，但这一预言直到孟德尔去世后16年，他的不朽名著《植物杂交实验》出版后34年，才变成现实。
1900年，由于三位不同国籍的学者同时独立地“重新发现”孟德尔遗传规律，而成了遗传学史乃至生物学史上划时代的一年。从此以后，遗传学发展进入了孟德尔遗传学的新时代。
荷兰植物学家兼遗传学家德弗里斯从1892年起进行植物杂交实验，获得了与孟德尔同样的结果。他是在追踪文献时才从美国植物学家贝利所著《植物育种》（1895年出版）一书中知道孟德尔的工作的。他将自己的实验结果写成三篇论文（一篇德文，两篇法文），并在用德文撰写的论文《杂种的分离法则》中评述了孟德尔的贡献。这篇论文刊载在1900年德国《植物学会会志》第18卷83页上。
“重新发现”孟德尔遗传规律的另外两名学者是：德国著名植物学家耐格利的学生C．E．科仑斯和奥地利植物学家丘尔马克。其中科仑斯还是细胞质遗传（非孟德尔遗传）经典研究的先驱者。
这三位学者都是在完全不知道孟德尔的发现，甚至每人也不知道另外两人的工作的情况下，分别做出与孟德尔同样的科学发现的。他们以自己的工作，不谋而合地证实了孟德尔所发现的遗传学规律的正确性。
后来，英国生物学家贝特森第一个把孟德尔的论文译成英文，1909年出版《孟德尔的遗传原理》，全面介绍了孟德尔学说，使孟德尔学说在20世纪初开始传遍世界。他还第一个把研究生物遗传的这门科学定为“遗传学”，并尊奉孟德尔为遗传学的创始人。
生物遗传的分离律与自由组合律的发现，是孟德尔对生物学做出的最突出的贡献，也是19世纪继达尔文进化论之后，生物学取得的又一重大科学成就。现代遗传学研究表明，孟德尔发现的分离律是生物遗传的最基本、最一般的规律。尽管他发现的自由组合律有其局限性，但仍不失为揭示生物遗传奥秘的带有根本性的规律。正如牛顿力学定律成为经典物理学大厦的奠基石一样，孟德尔遗传定律则奠定了现代遗传学的基础。同时也促进了农学、园艺学、医学、人类学的蓬勃发展，对人类探求生命的奥秘有极其深远的影响。
孟德尔对生物学所做出的另一项贡献，是他论证了颗粒遗传的思想，这一思想通篇融贯于他的论文之中。孟德尔认为，作为遗传基础的遗传因子彼此分离和组合，互不发生影响，各自保持纯粹状态。人们把孟德尔的这一发现也称为纯粹定律。如圆形种粒与皱形种粒杂交后，子一代为圆形种粒，子二代则分离为圆形种粒与皱形种粒。子二代的皱形种粒同亲本皱形种粒完全一样，表明它在子一代并未消失，也未被污染，而是潜隐下来，在子二代中再现出来。遗传因子的这一特性就像化学上原子的性质一样。例如2H2和O2化合成2H2O；2H2O又能分解成2H2和O2，同原来的2H2与O2性质完全一样。
孟德尔的粒子遗传思想具有重大的理论意义，它推翻了当时流行的融合遗传理论，代表了遗传学发展的正确方向。现代遗传学又被称为“粒子遗传学”，其出发点就是孟德尔的粒子遗传思想。
孟德尔在植物杂交实验中创造了一整套全新的遗传学研究方法。他对实验材料的纯系培育、选择单位性状进行单因子分析，以及用杂种同隐性亲本的“回交法”，已在现代遗传学和育种学的研究中被广泛应用。美国的实验胚胎学家摩尔根采用他的方法发现了遗传学第三个规律——连锁与互换规律。孟德尔开创了应用数学方法研究生物遗传问题的先河，使遗传学研究方法发生了重大革新和突破。正是由于孟德尔运用了数理统计方法，他才会从表面上看来似乎是偶然的现象中成功地发现了遗传的规律。从一定意义上说，孟德尔创新的研究方法，对遗传学发展的影响并不亚于他对遗传规律的伟大发现。
孟德尔一切成就基本上都是在孤军奋战的情况下获得的，这一点尤其难能可贵。他赢得了后世众多生物学家的一致赞扬和称颂。
美国学者邓恩说：“对生物学思想的发展来说，孟德尔的证明方法意义更大。”
20世纪著名的分子遗传学家雅各布写道：“通过孟德尔，生物现象突然需要了数学的严密性。一个完整的内部逻辑的方法论、统计处理的符号标记被加给了遗传学。”
孟德尔的时代真正来到了。
转眼已过了一个半世纪，由孟德尔奠基的一代遗传学迅速经历了从细胞遗传学到分子遗传学直到基因工程的一次又一次转变，但孟德尔的两大定律及崭新的方法仍然闪耀着夺目的光芒。
附：孟德尔生平大事记
1822年7月22日孟德尔出生于奥地利摩拉维亚地区。
1840年考入奥尔缪茨大学哲学学院。
1843年进奥古斯丁修道院。
1849年到齐纳姆中学任代课教师。
1850年参加教师资格考试，未通过。
1851年10月赴维也纳大学学习。
1853年孟德尔发表第一篇学术论文。
1854年任布鲁恩高等技术学院代课教师。
1856年最后一次参加教师资格考试，再次失败。开始进行豌豆杂交实验。
1863年豌豆杂交实验成功。
1865年孟德尔发表《植物杂交实验》。
1867年任奥古斯丁修道院院长。
1869年发表《摩拉维亚和西里西亚地区的气象学观测》一文。
1870年发表论文《1870年10月13日的旋风》。加入养蜂协会。
1874年就修道院纳税一事与政府冲突。
1884年1月6日因病去世。