于是，大学士舒赫德召集吏部及翰林院有关官员，详细商定文渊阁官制职掌及各项管理章程。鉴于“文渊阁为图书之府，典籍充积，视宋三馆秘阁，尤为严重”，因而，在官制职掌方面，舒赫德等大臣提出参照宋代馆阁制度，“置文渊阁领阁事二员，以大学士、协办大学士、翰林院掌院学士兼充，总司典掌。置文渊阁直阁事六员，以由科甲出身之内阁学士，由内班出身之满詹事、少詹事、（侍）读（侍）讲学士，汉詹事、少詹事、读讲学士等官兼充，同司典守厘辑之事。置文渊阁校理十六员，以由内班出身之满庶子、（侍）读、（侍）讲、洗马、中（允）、赞（善）、编（修）、检（讨），汉庶子、读、讲、洗马、中、赞、修撰、编、检，及由科甲出身之内阁侍、读等官兼充，分司注册点验之事”。
同时，由内务府大臣兼充文渊阁提举阁事衔，管理日常“管钥启闭等事”；“再设文渊阁检阅官八员，由领阁事大臣于科甲出身之内阁中书内遴选，奏明兼充，令其于检曝书籍时，诣阁随同点阅，更足以昭慎重”。
这一建议得到了乾隆帝的批准，文渊阁官制遂正式定为：“文渊阁领阁事二员，以大学士、协办大学士、翰林院掌院学士充之；提举一员，以内务府大臣充之；直阁事六员，以由科甲出身之内阁学士，由内班出身之满洲詹事、少詹事、读讲学士，汉詹事、少詹事、读讲学士充之；校理十六员，以庶子、侍读、侍讲、编修、检讨充之；检阅八员，以内阁中书充之。”
当年七月，大学士舒赫德、于敏中被任为文渊阁领阁事，署内阁学士刘墉，詹事金士松，侍读学士陆费墀、陆锡熊，侍讲学士纪昀、朱珪等六人被任为文渊阁直阁事；十月，翰林官员翁方纲等十六人被任为文渊阁校理。这些在四库馆内分别担任不同职任的朝廷重臣及纂修官，就成为最早以原衔充任文渊阁各项职掌的官员。
乾隆四十六年（1781）年底，第一部《四库全书》告成，并于次年春入藏宫中文渊阁。作为首先入藏中秘重地的首部《四库全书》，乾隆帝对书籍的典藏、管理予以了充分的重视和极大的关注。
在书籍的典藏方面，《四库全书》的用纸、装帧以及贮藏都极为讲究。纸张选用浙江上等开化榜纸，纸色洁白，质地坚韧，堪为上品。书册装帧采用绢面包背装，即将书叶正折，使版心朝外，书叶左右两边都向书背，用纸捻订牢，然后用丝绢将书册前后连书背一并包裹糊连而成。
考虑到《四库全书》囊括四部，卷帙繁富，为便于识别和检阅，书册装帧特别采用了分色包背装法，即使用不同颜色的绢面来区别经、史、子、集各部书籍。这就是乾隆帝在其诗文中多次提到的“经史子集四部各依春夏秋冬四色”装潢的办法，即“经部用青色绢，史部用赤色绢，子部用月白色绢，集部用灰黑色绢”，以色分部，一目了然。
乾隆帝有诗云：“浩如虑其迷五色，挈领提纲分四季。经诚元矣标以青，史则亨哉赤之类，子肖秋收白也宜，集乃冬藏黑其位。”至于《四库全书总目》，由于“此系全书纲领，未便仍分四色装潢”，故专“用黄绢面页，以符中央土色，俾卷轴森严，益昭美备”。
为便于使用和保存，还专门制作精致的楠木书函，每若干册书置入一函，衬以夹板，束之绸带，书函的一端可以开闭，函面端楷刻写全书名称、书函序号以及所属部类和具体书名，并饰以与该书所属部类及书册封面相同的颜色。如《尚书详解》一函六册，函面刻写“钦定四库全书”“第二百七函”“经部”“尚书详解”，字迹均为绿色。
书册装函后，即按部类顺序放入专门制作的书架，安置阁中。计经部书二十架，每架四十八函，凡九百六十函，分贮下层两侧；史部书三十三架，每架亦四十八函，凡一千五百八十四函，藏于中间暗层；子部书二十二架，每架七十二函，凡一千五百八十四函，安放上层之中；集部书二十八架，每架亦七十二函，凡二千零十六函，分置于上层两旁。总计一百零三架，六千一百四十四函，三万六千册。
为便于查找翻阅，还另外绘制了《四库全书排架图》，一并庋置其中，需要时按图索骥，循架取书，既方便又快捷。
为表示对第一部抄成贮阁的《四库全书》的重视，乾隆帝还特别允准，在每册书的首页钤盖“文渊阁宝”，末页钤盖“乾隆御览之宝”，由此而开各阁《四库全书》钤印之先例。其后陆续抄成的内廷各阁全书，也因其阁名和成书时间先后而分别加盖不同的钤印，不仅成为各阁《四库全书》独特的标志，也成为人们称呼《四库全书》时均冠以阁名的依据。
随着《四库全书》的入藏，文渊阁的各项管理工作也提上日程。领阁事上传下达，总司其责；提举阁事直接管理一般事务，并督率所辖内务府司员具体从事看守、收发、扫除等各项杂务；直阁事、校理、检阅各员则每日轮流入值，负责书籍的查点检阅等事宜。
为便于管理，朝廷还根据原定章程，在上驷院就近拨出房屋十余间，作为领阁事、提举阁事大臣，并直阁事校理、检阅等官，以及内务府司员、笔帖式等人入值办事之所。
自此而后，“除内务府官员常川照料外”，直阁事校理、检阅等官员，则“每日轮派二人当值，辰入申出，率以为常。遇有查取书籍等事，即令当值校理经管，随时存记，以备查核。其一切上架、启函、翻检、点阅等事，仍令检阅各官会同内务府官员办理。直阁事官亦令不时赴值，公同照料，俾宝文典”。凡遇当值，皆由“官厨设馔同餐，午后乃散”。
日常入值之外，每年特定时期的曝书，也是管理工作的重点。原拟章程参照宋代秘书省每年仲夏曝书成例，定于每年五六月间曝书。但全书贮阁之后，考虑到当时宫中其他各处书籍例于每年三、六、九月晾晒的实际情形，主管大臣特别奏请将文渊阁曝书改为三、六、九月，以与宫中惯例相一致。这一建议，得到乾隆帝允准。于是，每年数次的文渊阁曝书，成为一时盛事。届期，上自领阁事、提举阁事大臣，并直阁事、校理、检阅，下至内务府司员、笔帖式等各级官员人等齐聚一堂，“将插架诸书按部请出，交校理各官登记档册，检阅各官逐一挨本翻晾毕，即敬谨归入原函，以昭慎重”。
然而，在长期的管理过程中，由于文渊阁所设各项官职分别由内阁、翰林院、内务府和奉宸苑等衙门派员兼任，时间一长，不免出现职责不清，互相扯皮的现象。不仅平日司事收发等一般事务彼此推诿，就连每年数次的曝晒书籍，也成了应付差事。
这种状况，直接影响到书籍的管理与保存。乾隆帝认为，“文渊阁提举阁事一员，系由总管内务府大臣兼充，其司员以及看守扫除之人，皆其所辖，呼应较灵”，下令将阁中一切事务“交提举阁事一人专为管理，其领阁、直阁、校理、检阅等官，俱作为兼充虚衔，不必办理本阁事务”。
至于每年数次的曝书成例，乾隆帝也认为，“各书装贮匣页用木，并非纸背之物，本可无虞蠹蛀。且卷帙浩繁，非一时所能翻阅，而多人抽看曝晒，易至损污，入匣时复未能详整安贮，其弊更甚于蠹蛀”，下令“嗣后止须慎为珍藏，竟可毋庸曝晒。其地面一切，亦无须奉宸苑经理。庶专司有人，而藏书倍为完善”。于是，曝书工作奉命停止，他人也不再参与阁事，阁中书籍及一应事务全部交由内务府管理，文渊阁遂成为事实上的“禁御重地”。
《四库全书》与文渊阁
文渊阁《四库全书》贮阁之后，在制定并实行相对严格的典藏和管理措施的同时，还先后经历了两次大规模的覆校以及补遗工作。
乾隆五十二年（1787年）五月，乾隆帝驻跸避暑山庄，偶然翻阅文津阁《四库全书》，发现“其中讹谬甚多”，遂下令覆校内廷四阁全书。
文渊阁《四库全书》因与文源阁《四库全书》同在京城，故其覆校工作率先开始。乾隆帝专下谕令，由在朝官员承担两阁全书的覆校工作，“除年老大学士嵇璜不派外，著派科甲出身之尚书、侍郎、京堂以及翰、詹、科、道部属等官，分司校阅。其尚书、侍郎管理事务繁多者，每日每人著各看书一匣；六阿哥、八阿哥及事简之堂官，各看书二匣；京堂、翰、詹、科、道部属等官，每人每日各看书二匣。再，六部司员中，并著该堂官每司各派出一人，每日各看书二匣。”参与这项工作的大小各员不下二百余人，而《四库全书》纂修这项大规模的文化工程，也得以画上一个完满的句号。
近代以来，清朝统治由盛转衰，列强入侵，战乱频仍，统治者穷于应付“千百年来未有之大变局”，再也无心典籍，文渊阁《四库全书》便一直深宫扃藏，处于无人过问的境地。
经历了一百多年的风风雨雨，文渊阁《四库全书》幸得以保存下来。辛亥革命以后，清皇室尚居宫中，文渊阁书籍仍属内务府管辖。
1917年春，内务府大臣绍英、世续、耆龄等因时移世易，恐文渊阁书籍有所遗失，便派遣堂主事汉章、堂掌稿笔帖式晋昌、锡泉、锡彬等人，按照原目、原函、原卷，对文渊阁《四库全书》进行全面清查，前后历时两月，方始毕事。