（1）太阳病的辨治：太阳，亦称巨阳，统摄营卫，主一身之表，为诸经之藩篱。太阳病系外邪侵袭人体，正邪交争于肌表，营卫功能失常所致的病证，故以“脉浮，头项强痛而恶寒”为辨证提纲。并据受邪寒热、体质强弱及临床表现不同，将其分为太阳中风表虚证、太阳伤寒表实证与太阳温病3种类型。太阳中风表虚证的主要脉症有恶风寒、发热、头项强痛、自汗、鼻鸣、干呕、脉浮缓等。其病机为风寒袭表，卫不外固，营阴外泄，营卫不和。治法为解肌祛风，调和营卫，方用桂枝汤。太阳伤寒表实证的主要脉症有恶风寒、发热、头项强痛、身疼腰痛、骨节疼痛、无汗而喘、脉浮紧等。其病机为风寒袭表，卫阳被遏，营阴郁滞，肺气不宣。治法为辛温发汗，宣肺平喘，方用麻黄汤。太阳温病的主要脉症有发热，头痛，口渴，不恶寒或轻微恶寒，脉浮数等。其病机为温邪犯表，化热伤津，营卫不和。治法为辛凉解表，切不可辛温发汗，否则易生变证。太阳病还有表郁轻证，其主要脉症有发热恶寒，热多寒少，如疟状，且呈阵发性发作，身痒无汗等。其病机为表证日久不解，邪气留连未解，邪气渐轻，表郁无汗，治宜轻微发汗，酌情选用桂枝麻黄各半汤、桂枝二麻黄一汤等。此外，太阳病病程中，随感邪之轻重，脏腑阴阳之偏胜偏衰，或素有宿疾等因素，其证候常有兼夹或变化。其中以太阳病为主，而又兼某证者，称太阳病兼证，如太阳中风证兼经脉不舒而见项背强几几者，用桂枝加葛根汤治之；兼邪气犯肺而喘者，用桂枝加厚朴杏子汤治之；兼阳虚汗漏者，用桂枝加附子汤治之；兼胸阳受损而见胸满甚或脉微恶寒者，用桂枝去芍药汤或桂枝去芍药加附子汤治之；兼营气不足身疼痛者，用桂枝新加汤治之；太阳伤寒证兼经脉不利而项背强几几者，用葛根汤治之；兼内热烦躁者，用大青龙汤治之；兼心下有水气咳喘者，用小青龙汤治之；表郁轻证兼有郁热者，用桂枝二越婢一汤治之等。
太阳病因误治失治，或由疾病自身发展，导致病情发生了性质变化，其证候则称之为太阳病变证，当“观其脉证，知犯何逆，随证治之”。如表邪内陷，热郁胸膈，心烦懊W001者，治宜栀子豉汤；邪热壅肺，汗出喘息者，治宜麻杏石甘汤；若热归中焦，燥热亢盛，津气两伤，壮热烦渴、脉洪大，甚或背微恶寒、时时恶风者，治宜白虎加入参汤；表邪未解，邪热伤肠，下利脉促、喘而汗出者，治宜葛根芩连汤。虚寒之变、阴阳两虚之证，当据证而辨，治疗有别。如心阳虚者，大法当温养心阳，又视其兼证所差，治法同中有异：心阳虚损，心悸喜按者，治以桂枝甘草汤；兼心神不宁烦躁者，治宜桂甘龙牡汤；兼痰扰惊狂者，治宜桂枝救逆汤；兼下焦阴寒上冲，发为奔豚者，治宜桂枝加桂汤；兼下焦饮动，欲发奔豚者，治宜苓桂甘枣汤。脾虚证当健中补脾，因其表现不一、病机有间，治亦有异，脾虚饮停，心下逆满，气上冲胸，起则头眩者，治宜苓桂术甘汤；脾虚气滞，脘腹胀满者，治宜厚朴生姜半夏甘草人参汤；脾胃虚寒，气血不足，腹中急痛者，治宜小建中汤；表证不解，脾土受损，心中痞满，协热而利者，治宜桂枝人参汤。肾阳虚者治宜温补肾阳，但相兼病症各有侧重，治疗也同中有异：肾阳虚欲脱，昼日烦躁，夜而安静，脉沉微者，治宜干姜附子汤；肾阳虚衰而兼气阴不足，烦躁、四逆者，治宜茯苓四逆汤；肾阳虚衰而兼水气泛滥，小便不利，心悸头眩，身为振振摇者，治宜真武汤。阴阳两虚者，当调补阴阳，然证候不同，治亦有别：如表里内外阴阳俱虚，症见恶寒、心烦、咽中干、脚挛急、四肢不温、小便数者，治当先温复中阳，用甘草干姜汤；阳复后酸甘复阴，用芍药甘草汤；阴阳两虚，症见脚挛急、脉微细而恶寒者，治宜芍药甘草附子汤；心之阴阳两虚，症见脉结代，心动悸者，治宜炙甘草汤。上热下寒，胸中或胃脘有热邪扰乱而气逆欲吐，腹中有阴寒凝滞而腹中痛，治宜清上温下，用黄连汤。水蓄下焦，膀胱气化不行为主要病理机制，症见小便不利，微热消渴，或烦渴，甚或水逆，饮人口即吐，治宜通阳化气利水，方用五苓散。邪热与血结于下焦，症见小便自利，少腹急结或硬满，如狂、发狂，脉沉涩或沉结，治宜攻逐瘀血，随蓄血的轻重缓急，分别选用桃核承气汤、抵当汤和抵当丸。外邪不解，内陷：于胸，与痰涎水饮之邪搏结，则形成结胸证。热实结胸有热与痰水互结的大结胸及痰热互结的小结胸之分。大结胸证又有病势较急的大陷胸汤证及病势较缓、病位偏上的大陷胸丸证。寒实结胸，为寒邪与水饮互结，临床无热证表现，治宜温寒泻水破结，方用三物小白散。脏结证类似于结胸，但性质截然不同，是阴寒凝结于脏，阳气极度亏虚，治疗较难。邪气由表入里，聚于心下而无结实之象者，属于痞证，以心下痞闷、但满不痛、按之濡为特征。其中属单纯邪热壅塞心下者，用大黄黄连泻心汤泻热消痞，兼阳虚者，以附子泻心汤治之；属寒热错杂者，用半夏泻心汤、生姜泻心汤、甘草泻心汤辛开苦降，散寒清热，和胃消痞；属痰气不消、阻碍中焦者，用旋覆代赭汤化痰理气，降逆消痞；属下焦蓄水，中焦气机痞塞者，用五苓散化气行水。
太阳病为表证，治当发汗，但不可火逆迫汗，否则将产生津液内竭、肌肤失濡、气血逆乱等等多种不良后果，尽管论中有证无治，但对后世医家尤其是温病学家有较多启发。某些病证在发生发展过程出现类似太阳病的表现，此类病证称之太阳病类似证，如十枣汤证、瓜蒂散证等，因其并非都是太阳表证，故不宜施用辛温发汗。太阳病的发生发展过程中，常常两经或两经以上证候同时存在，构成了合病与并病，其治疗当依不同情况而定。合病有太阳与阳明合病、太阳与少阳合病、三阳合病。并病有太阳与阳明并病、太阳与少阳并病。临证之时，应辨孰轻孰重，灵活治疗。论中还特别强调表里标本缓急之辨，并提出了明确的表里先后治则，证急者先治，证缓者后治，重证宜先，轻证宜后，具有审时度势、圆机活法的辨证论治规律。
（2）阳明病的辨治：阳明主燥，多气多血，又主津液所生病，故邪入阳明，多从燥化，无论阳明自身受邪，或病邪从他经传来，其证多属里实燥热性质，故阳明病以“胃家实”为提纲。主症以身热、汗自出、不恶寒、反恶热、口渴、脉大等为特征。阳明病随其燥热与肠中糟粕结合与否，而有热证、实证之分。阳明热证是无形邪热充斥全身，症见身热、汗出、口渴、舌红苔黄者，治宜辛寒清热，方用白虎汤；若在此基础上又见大渴引饮，或背微恶寒，或时时恶风，为邪热炽盛，气津损伤，治宜辛寒清热，益气养阴，方用白虎加入参汤；若邪热扰及胸膈，见心中懊，饥不能食，头汗出等，治宜清宣郁热，方用栀子豉汤；若热盛伤阴，水气不利，见小便不利，发热，渴欲饮水者，治宜清热养阴利水，方用猪苓汤。阳明实证据邪热微甚、津伤轻重以及燥屎停留位置等差异，分别治以攻下、润下、导下等法。临床可根据痞、满、燥、实的不同表现程度，分别使用大承气汤、小承气汤、调胃承气汤。大承气汤适用于痞满燥实坚者，小承气汤适用于痞满较甚而燥实较轻者，调胃承气汤适用于燥实较甚而痞满较轻者。邪热较轻津伤较重而大便秘结多日无所苦者，是脾约证，治宜泻热养阴通便，方用麻子仁丸。燥屎停于直肠，当其自欲大便之时，可施导下法，用蜜煎或大猪胆汁、土瓜根等。攻下易伤阳损阴，故用之宜慎，若病势向上，或病势偏高，或腑实未成，或脾胃虚寒，皆当禁用。若胃中阳虚、浊阴上逆而食谷欲呕者，当温中散寒、降逆止呕，方用吴茱萸汤。
阳明发黄证，按病因分类，有湿热、寒湿、火劫等类。身目发黄如橘子色，发热，口渴，无汗，小便不利，或兼腹满，证属湿热内蕴中焦，熏蒸肝胆，胆热液泄，治宜清热利湿退黄，主方用茵陈蒿汤，证情较轻，用栀子柏皮汤，兼表用麻黄连轺赤小豆汤。若寒湿中阻，脾运失司，肝胆失于疏利，胆汁外溢，则属于寒湿发黄，治当温中散寒，化湿退黄。火劫发黄者，为火热内盛，津伤血热，肝胆失疏所致，治当清热凉血，生津利胆退黄；另有邪入少阳阳明，胆热液泄而发黄者，可与小柴胡汤。
阳明病热邪侵入血分，可成血热证，如衄血、蓄血、热人血室等。衄血证邪在气分者，须清泄邪热；邪人血分则须清营凉血；热入血室，症见下血，谵语者，可刺期门；阳明蓄血，症见喜忘，大便硬而反易，其色黑，或见消谷善饥，六七日不大便，可施下瘀血法，用抵当汤。
（3）少阳病的辨治：少阳主相火，主枢机，病则胆火上炎，枢机不利，故以“口苦、咽干、目眩”为提纲。其主要脉症有往来寒热、胸胁苦满、默默不欲饮食、心烦喜呕、舌苔白、脉弦细等，治宜和解少阳，用小柴胡汤。少阳病可自他经传来，也可本经自受。病人少阳，已离太阳之表，又未入阳明之里，从三阳证深浅层次而论，少阳为半表半里证，惟其界乎表里之间，故少阳病有兼表兼里的不同证型。如兼太阳之表，则出现发热、微恶寒、肢节烦疼、微呕、心下支结等症，治以两解太阳少阳，用柴胡桂枝汤；如兼阳明之里，则出现往来寒热、呕不止、心下急，或心下痞硬、郁郁微烦，或潮热、不大便等症，治宜和解少阳，通下里实，用大柴胡汤；若误下后，由少阳传入阳明出现潮热为主证者，宜先服小柴胡汤以解外，后以柴胡加芒硝汤治之；如兼气化不利，则出现往来寒热、心烦、胸胁满微结、小便不利、渴而不呕、但头汗出等症，治以和解少阳，温化水饮，用柴胡桂枝干姜汤；如少阳病误下，而使病邪弥漫，表里俱病，虚实相兼，则见胸满烦惊、小便不利、谵语、一身尽重、不可转侧等，宜用柴胡加龙骨牡蛎汤和解泻热，镇惊安神。妇女感受外邪，适逢月经期，病邪乘虚内陷血室，热除而脉迟身凉，胸胁下满，如结胸状；或七八日续得寒热，发作有时，经水适断；或昼日明了，暮则谵语，如见鬼状，治宜刺期门，随其实而泻之，或用小柴胡汤，和解枢机，则邪去病愈。
（4）太阴病的辨治：太阴主湿，主运化精微，必赖阳气之温煦。太阴病的病因是脾阳素虚，外受风寒，内伤生冷，寒湿直犯太阴，或三阳病失治误治，损伤脾阳，转属太阴。太阴病的病机为脾阳虚损，运化失职，寒湿内盛，升降失常所致。以腹满而吐、食不下、自利益甚、时腹自痛、口不渴为辨证要点，治当温中散寒、健脾燥湿，方药宜四逆辈。若兼表证，里虚不重，以表证为主，脉见浮者，可用桂枝汤温经通阳，调和营卫。若太阳病误下，邪陷太阴，导致脾伤络瘀，气血失和，轻者见“腹满时痛”，治宜桂枝加芍药汤通阳益脾，活络止痛；重者见“大实痛”，治宜桂枝加大黄汤通阳益脾，化瘀通络。太阴发黄属于阴黄，乃寒湿郁阻中焦，影响肝胆疏泄功能所致，除见身目发黄，黄色晦暗外，当伴有太阴虚寒，湿邪内阻之证，治疗当“于寒湿中求之”。太阴病预后，若太阴中风，四肢烦疼，脉浮取微缓，沉取由涩转长，是正气来复，邪气欲解之象，故为欲愈。太阴病经过七八日，虽出现暴烦下利，但手足温暖，精神慧爽，食欲转佳，是脾阳恢复之象，腐秽尽则利必自止。但亦有阳复太过，化热化燥，转为阳明病者。
（5）少阴病的辨治：少阴包括心肾两脏，各具水火之性，故其病有寒化热化两途。少阴寒化证，由心肾阳衰、气血不足而成，故以脉微细、但欲寐为主症。其症还多见无热恶寒、身蜷而卧、心烦或烦躁、下利清谷、小便清利、手足厥冷等，治宜回阳救逆，方用四逆汤；甚则阳气大虚，阴寒内盛，虚阳外扰，而反见不恶寒、发热、面赤、烦躁、脉微欲绝等内寒外热之象，治宜破阴回阳，通达内外，方用通脉四逆汤；甚或阴寒内盛，虚阳上浮，下利，面赤，手足厥冷，脉沉微等，治宜破阴回阳，通达上下，方用白通汤；若服用辛热药而格拒不纳者，则用白通加猪胆汁汤，以破阴回阳，咸寒反佐；若元阳虚衰，寒湿留著者，治宜附子汤温经扶阳，散寒除湿；若肾阳虚衰，水气泛溢者，治宜真武汤温补肾阳，化气行水；若虚寒下利便脓血，滑脱失禁者，治宜桃花汤温阳固脱，涩肠止利；若阳虚血少，气陷下利者，当升提阳气，固脱止陷，用灸法。热化证以肾阴不足、虚热内生为基本病机，以五心烦热，舌红少苔，脉细数等为临床特征。若肾水不足，心火偏亢，治宜滋阴清热，方用黄连阿胶汤；若阴虚内热，水热互结，治宜育阴清热利水，方用猪苓汤。
少阴经脉循喉咙，夹舌本。若虚火上炎咽痛者，治宜润肺滋肾，清热利咽，方用猪肤汤；若客热上扰咽痛者，治宜清热解毒，开肺利咽，方用甘草汤、桔梗汤；若咽伤生疮声不出者，治宜涤痰开结，消肿敛疮，方用苦酒汤；若客寒上犯咽痛者，治宜通阳散寒，涤痰开结，方用半夏散及汤。
太少两感者，治宜温经解表，方用麻黄细辛附子汤、麻黄附子甘草汤；阳明热炽，灼伤真阴者，治宜急下存阴，方用大承气汤。剧吐致厥，治宜温胃散寒，降逆止呕，方用吴茱萸汤；阳郁致厥，治宜调畅气机，通达郁阳，方用四逆散。