汉军败于陇坻，全军东退，光武帝意识到隗嚣不会在短时间内被平定，同时又担心隗嚣军会乘胜追击，为了保守关中，命耿弇军守漆（今陕西邰县），冯异军守栒邑，祭遵军守（今陕西陇县南），吴汉率各军集中长安。当光武帝已作以上部署时，隗嚣果然乘胜分别派王元、行巡二员大将，率兵二万多人下陇，王元攻，行巡沿泾水东下攻栒邑，想从西北两个方向，进攻长安。行巡军快到栒邑时，冯异军潜往先行占据栒邑。祭遵也在击败王元。因此，关中的威胁被解除，而北地郡（今甘肃环县东南）的地方豪强，也纷纷叛嚣降汉，冯异遂乘胜进军义渠（今甘肃宁县西北），击破卢芳将军贾览，及匈奴奥鞬日逐王，北地上郡（今陕西绥德县东南50里）、安定（今甘肃固原县）三郡遂都降汉，隗嚣仍退守陇山各个要隘。窦融此时也因而上书光武帝表示效忠，并写信劝隗嚣降汉，隗嚣不听，窦融就率各郡太守带兵入金城（今甘肃皋兰县西北黄河北岸），攻击隗嚣的联军先零羌、封何等，并把他们打得大败。窦融为了表示归汉的决心，杀死隗嚣的使臣张立，并解下隗嚣授予他的将军印绶，以示与隗嚣绝交。光武帝获得窦融坚决归汉的诚心与协助，形势大为有利，派马援从洛阳到长安，和他商议。遂一面派马援突骑5000，往来游说隗嚣大将高峻，任禹的下属及羌豪，陈明祸福，离间他们之间的关系；一面命马援给隗嚣的大将杨广写信，让杨广劝隗嚣归汉，进行攻心战。但光武帝的攻心战术，并没有收到成效，杨广对马援的信置之不理。旋即隗嚣又给光武帝写了一封言词非常苛刻的信，光武帝不气馁，又让来歙（前面来歙被隗嚣囚禁，后设法逃归）到给隗嚣写信，保证能给隗嚣高官厚禄，并把嚣子入作人质，隗嚣仍不答应。至此，光武帝就暂时采取北连匈奴及卢芳的策略，伺机再对隗嚣发动攻击。隗嚣这时亦派使臣到蜀，向公孙述称臣，与蜀连兵，共同抗拒光武帝。
东汉建武七年（31年）三月，公孙述拜隗嚣为逆宁王，派兵往来声援隗嚣。同年秋，隗嚣自己率领主力步骑三万进攻安定，而别遣将攻打。当隗嚣的主力军沿泾水攻到阴槃（今陕西长武县西北）时，冯异率各军在此堵截，但北地、安定二郡已被隗嚣攻取。隗嚣派攻的军队也被祭遵阻截。于是光武帝刘秀也准备亲自率兵攻隗嚣，夺回北地安定二郡，解除对关中的威胁。刘秀先与窦融约好出兵的日期，准备对隗嚣实行东西夹击。但刚好遇雨道路隔断，隗嚣的军队也自动撤走，这个计划没有实施。光武帝就又会来歙给王遵（隗嚣退军时，留王遵守泾川地区），王遵投降，遂被拜为太中大夫。而这时隗嚣仍占据陇山各要隘。
东汉建武八年（32年）正月，来歙以深知隗嚣的虚实为理由，竟然带兵二千多人冒险袭击，从番须回中（均今陕西陇县西北）伐山开道，袭攻天水北方要城略阳（今甘肃秦安县东北九十里）。来歙的这次直捣敌人心脏的举动，获得成功，遂斩隗嚣的守将金梁，攻下略阳。吴汉等闻讯后，都踊跃奔赴，而光武帝刘秀则认为“隗嚣失掉了他的要城，必然派精锐军队来进攻，如果围城日久而攻不下，那么士兵一定会疲惫不堪，到这时再发兵不迟。”遂将吴汉等追还。光武帝的这个举动是非常谨慎的。当来歙袭破略阳时，隗嚣大惊说：“真是神兵天降！”并立即派大将王元守陇坻，行巡守番须口，王孟阻塞鸡头道（鸡头山，今甘肃平凉县西），牛邯守瓦亭（今甘肃固原县南），以加强陇山各要隘的守备。而隗嚣则亲率大军数万人围攻略阳城，公孙述亦派大将李育、田弇等率兵援助隗嚣。隗嚣攻略阳不下，就辟山筑提，堵水淹略阳，来歙与将士固死坚守，武器用尽就折断木当作武器，因此，隗嚣用精兵攻城，数月都没能攻下。到同年闰四月，光武帝料到隗嚣的士兵已经疲顿，就自己带兵进击，先让马援聚米为山谷（此为河盘兵棋的先河），说明陇山山川形势、要隘及各军进出的道路。第二天，光武遂令各军进击，先进到高平第一城（今甘肃固原县）。窦融也率五郡太守及羌人小月氏等兵众，步骑数万，辎重数千辆来会师。诸军合势，分数道上陇山，又派王遵招牛邯投降。牛邯已降，隗嚣陇山之中央要隘洞开，汉军乘势疾驰略阳，于是隗嚣大将十三人，属县十六，兵十余万皆降汉。隗嚣只率领他的妻子奔西城（今甘肃天水县西南）的杨广，王元则入蜀求救，李育、田弇退守上邦（今天水县西南）。略阳之围已解，光武帝进到上邽，又向隗嚣写招降书，而隗嚣始终不降，刘秀就杀了隗嚣的儿子恂，并派吴汉、岑彭围西城，耿弇、盖延围上邽，以收拾隗嚣的残局。窦融则回河西。
光武帝对陇的战争节节胜利，却没料到颍川群贼突起，属县皆陷，河东守军亦叛，于是洛阳震动。光武帝因担心京城被动摇，遂于同年八月，急急忙忙从上邽日夜兼程，向东奔驰，途中给岑彭留信一封，指示他们：“如果攻下这两城，便可率兵向南进攻蜀。”九月光武帝回到洛阳，两地的叛乱很快被平定。十一月，隗嚣的大将杨广死，西城危困，但他守戍丘（在西城西北）的大将王捷，为了表示他的军队必决死坚守的决心，自杀以示汉军。他登城向汉军呼喊到：“为隗王守城的，都必死无二心，愿诸军亟罢，自杀以明之。”遂在城上自刎。因此，隗嚣的外境虽然危困至极，但汉军却攻数月都没能攻下。岑彭又堵谷水淹西城，城被淹没的达丈余，城仍不能攻下。汉军此时围城数月，也已疲顿，而王元、行巡、周宗所请的蜀救兵五千多人又突然降临，居高临下突击汉军，并喊到：“百万之众到了。”汉军因此大惊，还没有列成阵势，就已被王元打败。再加上道路运输艰难，汉军食粮已尽，不能持久，他们烧掉辎重，撤兵下陇东退；耿弇、盖延也解了上邽之围，相随退去。汉军正撤退时，隗嚣等又出城追击，幸亏岑彭为后卫力战追兵，汉之各军才得以全师东归。汉军的这次战役，功亏一篑，实在大出光武帝的意料之外。
汉军退回到关中，吴汉屯驻长安，岑彭还据津乡。这样，就完全恢复了战前的形势，安定、北地、天水、陇西四郡，又为隗嚣占据。
东汉建武九年（33年）春隗嚣生病，再加上连年战争之后，粮食极其缺乏，隗嚣饿食糗，怨恨而死。王元、周宗等拥立隗嚣的小儿子隗纯为王，仍盘据冀（今甘肃甘谷县南），公孙述派遣他的将领赵匡、田弇援助隗纯。同年秋，来歙以隗嚣已死，隗嚣内部更加危困，就又上书献弱敌之计说：“公孙述以陇西、天水为屏障，这才得以苟延残喘。今二郡平荡，那么公孙述就会无可奈何。我们应该多选兵马，备足粮草。现在西州刚刚被平定，兵疲民饥，如果能募集财谷，就可以集结兵众。我很清楚国家的支出还有很多方面，用度不足，但是这也是不得已呀。”理就在积谷六万斛作为备用。同年八月，来歙开始兵分二路进攻隗纯，以耿弇率兵二万多人，攻打高平第一城；来歙自己率领冯异、盖延、马成、城五大约六七万直接攻打隗纯。到建武十年（34年）七月，在天水把公孙述的将领赵匡、田弇打得大败，并斩了他们二人的首级，遂向落门（今陇西县东南）发动进攻。
耿弇攻高平第一城，把守该城的是隗纯的大将高峻，率领兵众一万多人坚守。耿弇围攻该城达一年之久，总不能攻下。建武十年8月25日，光武帝刘秀再次来到长安，遂派寇恂携书前往招降，这样才攻克了高平第一城。当寇恂奉光武帝圣书到高平第一城，高峻派他的军师皇甫文出城相见。皇甫文辞意不屈，寇恂大怒要斩杀皇甫文，其他将领认为这样做不妥，“高峻有精兵万人，大多都有强弩，西遮陇道，连年不下，现在把皇甫文斩首，那又怎么可能进行招降呢？”寇恂不听，仍把皇甫文斩首，并派回他的副使告诉高峻说：“军师无礼，已经把他杀掉了。要投降就赶快投降，不投降，就只有固守。”高峻听后非常惶恐，当天就开城投降。寇恂的其他将领因此迷惑不解而问寇恂说：“杀了他的使臣，却又献城投降，为什么呢？”寇恂说：“皇甫文是高峻的心腹，他的计谋全出自他的军师皇甫文。军师来见，辞意不屈，必定没有投降之心，如果不杀军师，正中军师之计，如今杀了军师，就等于吓破了高峻的胆，所以军师一死，高峻也立即投降。”寇恂的识略确实不凡。
来歙攻落门，又攻打了一年多，到建武十年十月，才攻破落门。于是，隗纯的大将王元认为冀城已经孤立，其势不能持久，就奔蜀投公孙述；而周宗、行巡、苟宇、赵恢各将，遂率隗纯开城投降，至此陇西全被平定。光武帝刘秀平隗嚣，从建武六年五月开始向隗嚣发动进攻，到建武十年十月隗纯投降，前后经历了四年多的时间，陇西才被平定，从此可以看出平隗嚣的战争是艰难异常的。
献帝本纪
东汉献帝名刘协，是汉灵帝的儿子，刘协的母亲王美人被何皇后杀害。中平六年四月，少帝刘辩即位，封刘协为勃海王，后又迁封为陈留王。
九月甲戌日，刘协即帝位，当时才九岁。把皇太后迁到永安宫。他大赦全国犯人。改年号昭宁为永汉。丙子日，董卓杀死皇太后何氏。
献帝开始规定侍中、给事黄门侍郎各六名，赐给公卿以下至黄门侍郎每家一人作郎，用来补充宦宫所领管的各个部门，并在殿上侍奉。乙酉日，献帝任命太尉刘虞为大司马。董卓自封为太尉，外加鈇钺仪仗、虎贲卫士。丙戌日，太中大夫杨彪升为司空。甲午日，把豫州牧黄琬升为司徒。派遣使臣到祠庙祭吊已故太傅陈蕃、大将军窦武等。冬季十月乙巳日，献帝为灵思皇后举行葬礼。白波贼侵犯河东，董卓派遣他的将领牛辅前去攻打。
十一月癸酉日，董卓自封为相国。二十月戊戌日，司徒黄琬升为太尉，司空杨彪升为司徒，光禄勋荀爽升为司空。并裁去扶风都尉，设置汉安都护。献帝颁布诏书除去光熹、昭宁、永汉三个年号，仍然恢复中平六年的年号。
初平元年春正月，崤山以东各州郡起兵讨伐董卓。辛亥日，献帝大赦全国犯人。癸酉日，董卓杀死了弘农王。白波贼又侵犯东郡。
献帝二月乙亥日，献帝罢免太尉黄琬、司徒杨彪。庚辰日，董卓杀死城门校尉伍琼、督军校尉周珌。任命光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒。丁亥日，献帝将都城迁到长安。董卓驱赶京城内的百姓全部向西迁移入关内，自己却留在毕圭苑屯驻。壬辰日，白色长虹穿过太阳。
三月乙巳日，皇帝御驾驶入长安，进入未央官。己酉日，董卓放火焚烧洛阳城内的宫殿，庙宇及民房。戊午日，董卓杀害了太傅袁隗、太仆袁基，并诛杀了他们的族人。
夏五月，司空荀爽去世。六月辛丑日，献帝任命光禄大夫种拂为司空。大鸿胪韩融、少府阴修、执金吾胡母班、将作大匠吴修、越骑校尉王安聚集在关东，后将军袁术，河内太守王匡分别将他们逮捕并杀害，惟独韩融幸免。董卓废除五铢钱，改铸小钱使用。
冬季十一月庚戌日，镇星、荧惑、太白三颗星在苍龙七宿的第六宿尾相汇合。
这一年，有关部门奏报献帝，和帝穆宗、安帝恭宗、顺帝敬宗、桓帝威宗四位皇帝因为没什么功德，称号为宗不适合，又因为和帝母亲恭怀皇后、安帝的祖母敬隐皇后、顺帝母亲恭愍皇后并非嫡妻，称为皇后也不适宜，请求将他们的尊号都除去。刘协批示：“可以”。孙坚杀死荆州刺史王叡，又杀死南阳太守张咨。
初平二年春正月辛丑日，献帝大赦全国犯人。二月丁丑日，董卓自封为太师。
袁术派遣大将孙坚与董卓的大将胡轸在阳人大战，胡轸的军队大败。于是董卓挖了在洛阳诸帝王的陵墓。夏季四月，董卓进入长安。六月丙戌日，发生地震。秋季七月，司空种拂免官，光禄大夫济南淳于嘉升为司空。太尉赵谦免职，太常马日磾升为太尉。
九月，蚩尤旗星出现在苍龙星角、亢星中。冬十一月壬戌日，董卓杀死卫尉张温。十一月，青州黄巾军侵犯太山，被太山太守应劭打败。黄巾军转而侵犯渤海，与公孙瓒大战于东光，再次被打败。这年，长沙有一个人死了一月后又复活。
初平三年春正月丁丑日，献帝大赦全国犯人。袁术派遣大将孙坚到襄阳攻打刘表，孙坚战死。袁绍与公孙瓒在界桥相战，公孙瓒的军队大败。
夏四月辛巳日，献帝杀死董卓，并诛杀了他的三族。司徒王允总领尚书事，掌管朝政，派遣使臣张种去崤山以东安抚慰问百姓。
青州黄巾军攻打兖州，在东平杀死兖州刺史刘岱。东郡太守曹操在寿张攻打黄巾军，黄巾军投降。
五月丁酉日，献帝大赦全国犯人。丁未日，征西将军皇甫嵩升为车骑将军。
董卓的部下将领李傕、郭汜、樊稠、张济等人谋反，攻打京师。六月戊午日，攻陷京城长安，太常种拂、太仆鲁旭、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀都战死，官吏百姓死了一万余人。李傕等人都自封为将军。巳未日，献帝大赦全国犯人。李傕杀死司隶校尉黄琬，甲子日，又杀死司徒王允，将两家族人一并诛杀。丙子日，把前将军赵谦升为司徒。
秋七月庚子日，大尉马日磾升为太傅，总领尚书事。八月，献帝派遗马日磾与太仆赵岐，持符节前往全国各地慰问安抚。车骑将军皇甫嵩升为太尉。并罢免司徒赵谦。
九月，李傕自封为车骑将军，郭汜为后将军，樊稠为右将军，张济为镇东将军。张济出兵屯驻弘农。甲申日，司空淳于嘉升为司徒，光禄大夫杨彪升为司空，都总领尚书事。冬十二月，太尉皇甫嵩初免官。光禄大夫周忠升为太尉，参与总领尚书事。
初平四年春，正月禄一甲寅日，出现日食。丁卯日，献帝大赦全国犯人。
三月，袁术杀害扬州刺史陈温，占据淮南。长安宣平城门外有一间房屋自己倒塌。
夏五月癸酉日，天空有雷声但没有阴云。六月，扶风刮起大风，并下雨加冰雹。华山出现山崩现象。太尉周忠被免官，太仆朱俊为太尉，总领尚书事。下邳的贼人阙宣自称天子。这一年天降大雨，派遣御史裴茂审讯奉皇帝命令拘禁的犯人，酌情从轻处理。六月辛丑日，西北部出现天狗星。
九月甲午日，儒生四十余人参加考试，考试成绩最优等的赐为郎中，次一点的为太子舍人，落第者罢免官职。献帝并颁布诏书说：“孔子曾叹息‘所学的不讲习’。不讲习，所学的知识就会逐渐忘记。现在这些老年儒生已年过六十，背井离乡，为生存奔波，不能专心从事所学知识。从幼小时入学，直到头发白了空空而归无所收获，长年地从事田间劳作，断绝了作官的念头，我非常同情他们。依照规定应罢官的人，仍保留为太子舍人。”
冬十月，皇帝到太学巡视，车驾到永福城门，观看太学生们的礼仪，分等级赏赐博士以下的人。辛丑日，京城发生地震，彗星扫过天市星。司空杨彪被罢免，太常赵温升为司空。公孙瓒杀死大司马刘虞。
十二月辛丑日，发生地震。司空赵温被免官。乙巳日，卫尉张喜升为司空。这一年，琅邪王刘容去世。
兴平元年春正月辛酉日，献帝大赦全国犯人，改年号为兴平。甲子日，皇帝举行加冕礼。二月壬午日，追封皇母谥号为灵怀皇后，甲申日，将皇母改葬在文昭陵。丁亥日，皇帝耕种籍田。