1.缺乏法律保障 截至当前，我国的宪法中还没有制定统一的紧急状态法律制度，也缺少一部统一的紧急状态法。尽管《戒严法》《国防法》《防洪法》《防震减灾法》和《传染病防治法》等法律规定了国家在不同的紧急状态能够采取的紧急措施和人民在紧急状态时期应该受到限制的权利和必须履行的法律义务，但是，每一个单独的法律只能适用于一种紧急状态，一旦紧急状态产生的状况比较复杂，就很难有一个统一的紧急状态下的指挥机制。
2.缺乏应急指挥系统 很多突发公共卫生事件证明，缺少反应迅速、高效的协调机制常常会错过最好时机，进一步加大损失。改革开放以后，因为体制的改变，传统体制的优势逐步消失，而相关的替代体制又没有形成，这样，就导致我国农产品安全面临着比较严重的制度缺位，应急反应机制的建立相对滞后。
3.预警能力低 当前，我国公共卫生预警系统还不完善，一些部门和地方预警能力不足、行政化严重和监测系统反应迟钝，往往使监控流于形式。此外，信息发布制度不完善，突发事件的应急报告和信息公布制度还不健全。
（六）农产品质量安全法律不健全
我国的食品安全法律体系，相较发达国家和国际组织的食品安全法律体系，还存在很大差距，主要表现在以下几个方面：
1.体系不完善 尽管我国有关于农产品质量的总体性法规《中华人民共和国食品卫生法》《中华人民共和国产品质量法》和《中华人民共和国农业法》，但以上法规只对农产品质量做了一些概要性规定，由于制定时间早，标准低，覆盖范围不宽，无法充分反映新时期消费者对农产品质量安全的要求。《中华人民共和国农产品质量安全法》的发布是我国农产品质量安全法律法规体系的完善，但同时也有与其他相关的法规互相交叉矛盾、执行主体间不能协调统一的弊端。我国相关方面的法律或法规条文不够细致，加上法律法规程序性规定和实施细节制定进展很慢，导致一些法律或法规难以应用。
2.系统性和协调性较差 在农产品安全监管体制比较发达的国家，一般都有一部统一的基础性的、整体性的法规。然而，当前我国还没有这样的法律法规，这就引发了很多矛盾，其中最突出的是《农业法》《产品质量法》和《食品卫生法》之间互不协调。我国在食品卫生与产品质量方面有两个独立的但规定不同的法律法规，这就让工作人员在执法过程中感到茫然。在法律的制定中，部门之间的协调和沟通不足，这就必然会导致矛盾。我国植物检疫包括农业、林业和口岸检疫三部分。这三部分的工作，分别由农业部、国家林业局和国家质检总局负责管理。这三个机构分别根据《植物检疫条例》《进出境动植物检疫法》和国务院三定方案展开工作。这就导致各个法律法规之间相互交织和不配套的现象，使得法律法规的权威性受到严重影响。
3.效力不够 一是执法力度不够。在发达国家，社会上对农产品的安全问题非常关注，对于有问题的经营者，法律也会给予非常严厉的惩处。这些国家一般对农产品质量安全事故采取严厉的惩罚，尤其是对故意破坏农产品质量安全的经营者，不但要求立刻停业整顿，而且还要对其进行高额罚款，这往往会让一些企业关门倒闭，让经营者得不偿失。这样的处理使经营者像珍惜生命般维护农产品的安全。我国现在使用的农产品安全方面的法律法规主要是《中华人民共和国农产品质量安全法》《中华人民共和国食品卫生法》以及卫生部为配合该法律的实施而制定的《食品卫生行政处罚办法》。从这些法律法规来看，当前对于违反农产品安全卫生规则而引发的安全问题的处罚力度太小，起不到应有的警戒作用。
二是由于配套的法律法规没有颁布，导致一些法律法规难以执行。尽管近年来我国加快了技术性法规的制定，如无公害农产品标准的颁布等，但是立法层次较低，大部分属于推荐性标准，作用有限。例如，由于没有颁布相关的可操作性实施细则，导致《农业转基因生物标识管理办法》实施起来很困难。
三是由于技术支撑体系还没有建立，导致一些法律法规实施困难，如，检验检测方面的法规难以实施。
4.规范化和持续性不足 当前，我国在打击假冒伪劣农产品、促进农产品安全的执行过程中不规范和没有连续性，经常是在重大农产品安全事件发生之后，上级行政机关发布行文，进行一阵风式的检查、处理。当这阵风过后，打击假冒伪劣农产品的行动便停了下来，躲藏起来的制假造假分子又卷土而来，制假造假再次泛滥。这种不规范和没有连续性的打击假冒伪劣商品的过程，不能从根本上解决农产品安全的问题。
（七）农产品安全质量经费不足
1.资金总量投入不足 在中央政府投入到各部门的资金中，很少有农产品安全方面的专门预算。在农业部、卫生部、质量监督管理局等相关管理机构中，农产品质量安全工作只是这些部门工作中很小的一部分，在这些部门中，不论是所占预算比例、成员比例还是管理的重视程度，农产品安全都不是这些部门的主要工作，因此，农产品质量安全的工作被有意无意忽视或者是缺少重视。
尽管近几年来各部门对其投入有所增加，但对于实际的需要，这些资金还是远远不够。从农业科研投资的比重来看，各国平均农业科研投资约占农业总产值的1％，有些发达国家甚至在5％以上，而我国只有0.2％左右，还不到发达国家平均水平值2.37％的1／10。对农产品质量安全方面的科技投入更是没有被足够重视。这就导致我国农产品安全科技水平和基础建设都比较落后，相关检测仪器设备有限，检测方法匮乏。
2.浪费现象严重 我国的农产品质量安全牵涉到多个部门。
由于管理体制不健全，各部门各行其是，同时资金的利用效率也很低。管理混乱一方面使有限的资金被分散，另一方面在多部门的共同管理中，各部门的预算多少将对监测食品安全所暴露出的风险大小产生影响。当前，很多资金被无谓浪费，使得许多预算无法真正产生效果。迫切需要资金、应该重点投入的机构却不被重视，得不到应有的资金支持。
3.投资结构不合理 以前，我国的公共财政主要用在投资重大建设项目上，国家机关把更多的精力投入到招商引资和地方的经济发展上，对政府的社会管理和公共服务职能缺乏应有的重视。实际上，公共财政作为防范和化解公共风险的最后一道防线，自然也是应对公共危机的一个不可缺少的手段。以科研投入举例，新中国成立后，几十年来，我国农业技术方面的投入重点一直放在增产技术上，对农产品安全技术研究的投入非常少，致使我国农产品安全方面的科研基础差，专业科研队伍匮乏，已有的科研人员素质良莠不齐；缺少研究设备，经费匮乏；相关科学研究的广度、深度不足。这些因素都严重影响了我国农产品安全技术的实力。
§§§第二节 农业生产的基本原则与要求
一、农产品安全生产影响因素
环境污染如气候变化、生物种类减少、资源枯竭、臭氧层破坏等，已经严重影响到食品资源的安全性。
1.大气污染 大气污染物有很多种，如SO2、氯化剂、氟化物、汽车尾气、粉尘等。长时间生活在污染空气中的动植物会导致生长发育不良，或者引起疾病甚至死亡，这就对农产品的安全性产生了影响。如氟不但会使污染区域的粮食蔬菜的食用安全性受到影响，而且氟化物还通过牧草进入食物链，从而使食品受到间接影响。
2.水体污染 伴随着工农业生产的扩大和不断增长的城市人口，工业废水和生活污水的排放量越来越大，许多污染物随着污水排入河流、湖泊、海洋和地下水等水体，使水和水体底泥的理化性质及生物群落产生了改变，导致水体污染。水体污染给渔业和农业带来重大影响，不但使渔业资源被严重破坏，也直接或间接地阻碍农作物的生长发育，使农作物减产，同时也会威胁到农产品的质量安全。威胁农产品质量安全的水污染物有3种：无机有毒物，即各种重金属和氰化物、氟化物等；有机有毒物，主要包括苯酚、多环芳烃和各种人工合成的有机化合物等；病原体，主要包括生活污水、畜禽饲养场、医院等排放到水中的病毒、病菌和寄生虫等。
3.土壤污染 土壤污染的方式和途径：首先是化肥、农药的使用和污水灌溉，污染物通过这些途径进入土壤，并逐渐累积；其次是土壤作为废物的处理场地，大量的有机和无机污染物质渗入土壤；最后是土壤作为环境要素之一，大气或水体中的污染物通过迁移和转化而对土壤造成污染，成为农产品质量安全的潜在威胁。
4.放射性物质污染 农产品中放射性物质主要来源于天然和人工放射性物质。一般而言，放射性物质是以消化道为主要途径进入人体的（其中食物占94％～95％，饮用水占4％～5％），而以呼吸道和皮肤为途径进入人体的则比较少。但是在核试验和核工业发生泄漏事故而导致的核污染中，放射性物质不管是通过消化道、呼吸道和皮肤的哪一种途径都可以进入人体。这些放射性物质在进入人体内部后，继续发射多种射线，当放射性物质达到一定数量时，便可以危害人体。其危害性的大小因放射性物质的种类、人体差异、富集量等因素不同而有所差异，或引起恶性肿瘤，或引起白血病，或损坏人体的器官。
二、农产品安全生产要求
2006年4月29日，《中华人民共和国农产品安全质量法》在第十届全国人民代表大会常务委员会第二十一次会议被通过，这从法律上对农产品安全质量标准、生产、法律责任等方面作出了规定，从而为在根本上解决农产品的安全质量问题提供了法律依据，有助于管理农产品生产、销售行为和秩序，保障农产品的消费安全和广大人民群众的根本利益。
农产品产地是影响农产品安全质量的主要源头。所以，《中华人民共和国农产品安全质量法》对农产品产地管理进行了规定，确定了农产品产地安全管理制度，要求各级国家机关和农业行政主管部门改善产地生产环境，加强标准化生产示范区、动物无疫区和植物非疫区等基地建设，禁止在有毒有害物质超标的地区生产食用农产品和建立生产基地，也对禁止外源污染和防止农业内源污染作了规定。法律同时规定，农产品生产者应当合理使用化肥、农药、兽药、农用薄膜等化学产品，防止对农产品产地产生污染。
只有精心生产，才能够生产出优质的安全农产品。生产经营者只有严格按照规定的技术要求和操作规程进行农产品生产，有节制地使用符合国家标准的农药、兽药、肥料等化学产品，按时收获、捕捞和屠宰动植物及其产品，才可以生产优质合格的农产品，也才能确保消费者的身体健康和生命安全。所以，《中华人民共和国农产品安全质量法》规定组织化程度比较高的农产品生产企业和农民专业合作经济组织应该建立生产记录，包括农业投入品使用情况，疫病和病虫害防治情况等；农产品生产者应该按照法律、行政法规和相关部门的规定，适当使用农业投入品，对投入品使用间隔期和休药期的规定要严格遵守，以免危及农产品安全质量；严禁在农产品生产过程中使用国家明令禁止使用的农业投入品。
农产品多以鲜活产品为主，而且多为异地销售。为了保证消费者可以吃到安全优质的农产品，就有必要在包装、储存、运输过程中采取相应的保鲜防腐技术，这也是食品行业今后发展的必然趋势。因此，《中华人民共和国农产品安全质量法》对此作了相关规定，要求农产品在包装、保鲜、储存、运输过程中使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等原料，必须符合国家强制性技术规范要求。同时，法律还确定了农产品标志管理制度，明确了无公害农产品标志和其他优质农产品标志受到法律保护，禁止冒用。为实行农产品市场准入制度，《中华人民共和国农产品安全质量法》还严禁不符合法律法规要求和农产品安全质量标准的农产品上市销售，即有以下情形之一的农产品，不得销售：
①含有国家禁止使用的农药、兽药或者其他化学物质的。
②农药、兽药等化学物质残留或者含有的重金属等有毒有害物质不符合农产品安全质量标准的。
③含有的致病性寄生虫、微生物或者生物毒素不符合农产品安全质量标准的。
④使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等材料不符合国家有关强制性的技术规范的。
⑤其他不符合农产品安全质量标准的。
§§§第三节 农产品质量安全的科技保证
一、食源性危害危险评估技术
建设与我国国情相适合的评估模型和方法，需要参考WH0／FA0关于危险性评估的基本原则，把与食源性疾病相关的高危因素当做分析重点，对人群暴露和健康效应进行重点评估，对于易感人群的危险性评估要给予足够的重视，危险性评估要按时更新，为制定限量标准提供科学依据。