当生命科学家将人类的起源追溯到海洋人时，欧美的一些学者又提出了一个更令人惊讶的问题，即人类从海洋里爬上岸时，是否还有一支仍留在海洋深处呢？地球上是否还有另一类神秘的智慧动物——海底人呢？如果没有，下列现象作何解释呢？
1958年，美国国家海洋学会的罗坦博士使用水下摄影机，在大西洋4千多米深的海底，拍到了一座西班牙式的水晶城堡，极为富丽堂皇，屋顶安有类似雷达的天线，只是不见人影。
1963年，美国海军在波多黎各东海域进行潜艇演习时，发现了一个“怪物”：它既不是鱼，也不是兽，而是一条带螺旋桨的“海底船”，时速可达280千米，这是人类现代科技所望尘莫及的。当时美国海军的13个单位都看见了它，并分头派出了驱逐舰和潜艇进行追踪，不到4个小时，“怪物”消失得无影无踪。
1968年，美国迈阿密市的水下摄影师穆尼，在近岸海底看到了一个奇异的动物：脸像猴，似有腮；眼像人但大得多；脖子比人的粗、长4倍；掌像鸭蹼，但只有3趾。当它发现穆尼后，就飞快地用腿部的“推进器”游开了。
1973年初，丹德尔·莫尼船长在大西洋斯特里海湾发现水下有一条状似雪茄烟的“船”，长40～50米，以110～130千米的时速航行，直奔丹德尔的船而来。正当船长惊魂不定时，它却悄然绕船而过。时隔半年，北约和挪威的数十艘军舰，在感恩克斯纳歧湾发现了一个被称为“幽灵潜水艇”的水下怪物，无论使用何种武器攻击它，它全无反应。但当“幽灵潜水艇”一浮出水面，所有军舰上的无线电通讯、雷达和声纳仪等系统全部失灵，等它消失后才恢复正常。
在20世纪90年代，还出现了两则奇闻报道：
一则是1992年夏，话班牙的一群采海带工人，在海底见到了一个庞大的透明圆顶建筑物；另一则是1993年7月，美英科学家在大西洋百慕大大约1000米深的海底发现了两座大型“金字塔”。“金字塔”很像水晶玻璃建造的，边长约100米，高约200米。这两件事又使人联想起美国海军上校亨利，在百慕大三角区水下360米处发现的“金字塔”，以及美国探险家特罗纳在巴哈马群岛海域发现的“比密里水下建筑物”。有许多人认为这是“海底人”用来采集海底石油和天然气的化工厂，也有人认为这是“海底人”用于净化和淡化海水的没备，有人甚至猜想这是“海底人”发电的电磁网络。难道蔚蓝色的大海深处真有另一种人种存在吗？
种种离奇古怪的水下发现，不禁使人回想起1938年的那件事：在爱沙尼亚的朱明达海滩上，人们发现了一个鸡胸、扁嘴、圆脑袋的“蛤蟆人”。当它发现有人在跟踪它时，便一溜烟似地跳进了波罗的海里，速度之快，使人几乎看不见它的双腿。时过半个世纪，在美国南卡罗莱纳州比维市郊区沼泽地里，多次出现一种半人半兽的“蜥蜴人”：身高达两米，有一对红眼睛，全身披满厚厚的绿色鳞甲，每只手仅3根手指，直立行走，力气惊人，能轻而易举地掀翻汽车，跑起来比汽车还快……目击者说，它是上岸的“海底人”。
面对这些稀奇的水下智能动物，美国一些科学家认为：它们既能在“空气的海洋”里生存，又能在“海洋的空气”中生存，是史前人类的另一分支。其理南是：人类起源于海洋，现代人类的许多习惯及器官明显地保留着这方面的痕迹，诸如喜食盐、身无毛、胚胎有鳃裂、海生胎记、爱吃鱼腥、面对面性交、血液含盐……而这些特征是陆上其他哺乳动物所不具备的。当人类进化时，很可能就分成了水中、陆上两支，爬上岸的称为“人类”，下到水中的被称为“海怪”。也许“海怪”称人类为“陆怪”呢。
然而，上述说法却遭到持不同观点的学者们的反驳。他们认为：“海底人”如果是史前人类的分支，那么，它们的科技水平应该与陆上人类差不多。但据目击者反映，它们的科技水平已远远超过我们，因此它们不属于人类的另一分支，而是栖息于深水中的特异外星人。他们又进一步论证说：目前我们已接触过4种外星人，其中一种是“类人怪物”：平均身高3.5米，头部特大，有两只又圆又大却没有瞳孔的眼睛，无耳、无发、嘴无唇、手脚带蹼、四趾掌，这些生理特征，与发现的所谓“海底人”何其相似！
不过，这一说法却遭到了更多持谨慎态度的学者们的否定。他们认为，有关外星人的传闻报道，包括飞碟研究会提供的录像片，最后都加有“本资料无实据可查”之类的字样，因而是很不可靠的。而在神秘面纱遮掩下的“海底人”、“雪人”和神农架“野人”等，从目击者反映的情况来分析，许多特征均符合地球环境的生存条件。因此，即使真有所谓“海底人”存在，也只能是地球上的产物，而不可能是来自外星球的生物。于是，“海底可能有另一支人类”的说法便占了上风。
但是否真的有“海底人”存在呢？目前谁也说不清楚。