阴阳学说在古老的中国已经存在了几千年，它的源头无法窥测，它古老而深邃，已经深入根髓，并被人们不知不觉地接受、沿用。
阴阳学说起源很早，有人认为在西周时期就已盛行，很多资料都保存在《尚书》《左传》《国语》《周易》之中。《黄帝内经》深受影响，在《天元纪大论》和《九宫八风篇》中就直接引用了《周易》关于阴阳的原文。最主要的是，《黄帝内经》将阴阳学说贯穿全书始末，认为自然万物及其变化都可以用阴阳学说来解释，并最终使其成为诊断治病的纲领。
阴阳本源于象形文字，指的是日光的向背，向日者为阳，背日者为阴。古人认为山之北、水之南，是日光不能到达的，所以为阴。我们根据日光的向背和山水的南北分阴阳来推测，也可以从带有“阴”“阳”二字的中国地名得以引证。如“华阴”，是因其处于华山之北而命名；“江阴”，则是因其地处长江之南而命名；“衡阳”，是因其居于衡山之南；而“洛阳”，则是因其坐落于洛水之北。
阴阳源于日光向背的现象，是古人对于自然现象的观察和思考，并以此来说明日月运行和季节变化的过程。渐渐地，古人将这一阴阳理论又不断地引申，逐步扩展，乃至把一切事物或现象的本身所存在的相互对立的两个方面均用阴阳加以概括。如由向日而引申出来的，凡是光明的、温热的、上升的、向外的、运动着的事物或现象都归属为阳，而由背日而引申的，凡是晦暗的、寒凉的、下降的、内守的、相对静止的事物或现象都归属为阴。
那么，《黄帝内经》又是如何将阴阳学说应用于人类医学的呢？我们知道，阴阳学说在《内经》成书前就已形成并沿用。事实上，阴阳学说早已渗透在《黄帝内经》理论的各个方面。
《黄帝内经》指出：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”意思就是说，阴阳，是自然界的根源，是万物发展的规律，是一切变化的起始，是生死的根本、神明之所在，治病一定要把握住阴阳规律再去治疗。这里的“本”，指的就是阴阳。
在《黄帝内经》中，阴阳学说认为，世界上一切事物都包含着阴阳两个方面，正是由于阴阳的相互作用，才有了自然万物的发生、发展和变化，阴与阳是相互依存的，却又相互对立，还可以相互转化，阴离不开阳，阳也离不开阴。就拿手来讲，手心为阴，手背即为阳，都是相对而言的。
《黄帝内经》指出人与自然界是一个整体，而人体本身又是一个有机的整体，人体的一切组织结构又可分为相互对立的阴阳两个方面。就部位来讲，人体上部为阳，下部为阴；体表属阳，体内属阴；背部为阳，腹部为阴；四肢外侧属阳，四肢内侧属阴。而对于脏腑特点来讲，五脏（肝、心、脾、肺、肾）因为贮存精气而属阴，六腑（大肠、小肠、膀胱、胆、三焦、心包）因为主管传化营养物质而属阳。正如《黄帝内经》中所强调的“人生有形，不离阴阳”。
而疾病的变化情况，也可以用阴阳属性来概括。《黄帝内经》中说“善诊者，察色按脉，先别阴阳”，意思就是说，会看病的人，在观察病人情况诊断脉象时，一定要先区别阴阳属性。因为，人体生命活动的正常状态，是阴阳两方面保持对立统一协调平衡的结果，一旦人体的阴阳关系失调，正常的平衡状态就会被破坏，就会导致阴阳的偏盛偏衰而引起疾病。而在临床诊断上，首先要区别阴阳，进而调整使之恢复平衡，这才是治疗的基本准则。
清代有一位姓孙的人患了感冒，一些医生想用温热药来发散病邪，结果病人吃药后，根本不出汗，拖了十几天，病情越来越重，于是请来名医王孟英诊治。这个时候，孙某已经神志不清，口不能言，胸部出现微斑，并且三天没有小便了。别的医生还认为前药用量不够，建议用温补之药，王孟英听了急忙加以制止，他说病人现在已是明显的阳热阴亏了，再用温药，邪热更加炽盛，岂不是要绝其阴？医生们没有别的办法了，只好同意了王孟英的诊断，采用了补阴的方法，病人很快就好了。
明清时期，有一位名医叫喻嘉言，他看过一个病人，叫徐国真。徐国真得伤寒病已经七八天了，他的症状是眼睛发红，烦躁，想喝水。一般人看，都会认为这是阳证，是阳证就要泻阳补阴啊，于是一些医生就要给他开承气汤。喻嘉言说不对，他虽然想喝水，但是拿来水他并不真喝，他的脉虽然浮大，但是重按没有力气。按中医来讲，这个就叫阴盛格阳，是体内阴盛，把阳关在了身体外面而表现出来的一派热象。承气汤是用来泄阳的，而病人体内阳气所剩无几，非常微弱，若用承气汤，病人肯定是有去无回了。所以，喻嘉言就给他用了四逆汤加人参，这个药方是用来升阳的。果然，病人服用之后寒象就出来了，盖上被子直打颤，这说明阳气已经复苏了。
有的时候，阴阳之证很难鉴别，它需要医生具有极强的辨治能力和丰富的治疗经验。
罗谦甫曾医治过一个姓李的人，此人在四月份的时候感染了伤寒，发病九天。医生们都当做阴证来治疗，给他用了很多大热的附子理中丸，可是病人的情况变得更加严重。家人又给他换了医生，这些医生又要当做阳证去治疗。李姓家人看到众医生犹疑不定的样子就更不敢让病人服药了。后来罗谦甫来了，仔细地为病人家属分析病情。他说，凡是阳证的人，身体一定会大热，但手足不凉，躺在那里不会不舒服，起来也会很有力量，不怕冷，怕热，不呕吐，不腹泻，口渴，烦躁，失眠，能吃，脉象浮大而数，这就是阳证。凡是阴证的人，身体不发热，而手足发凉，怕冷、蜷卧、面向里，不喜欢吵闹，有的人会拿衣服来盖在身上，不烦，也不渴，也不想吃东西，小便频，大便稀，脉象沉细而微迟，这就是阴证。罗谦甫诊病人脉象沉数，足有六七至，晚上睡不着觉，喜欢喝冷水，这都是阳证的表现，另外病人已经三天没有大便了，于是急忙用酒煨大黄18克，炙甘草6克，芒硝15克，为病人煎服。到了晚上病人排出燥屎二十余块，出了很多汗，身上的热才消散，脉象才平和。
看了这三个病例，我们可以知道：人体的正常生理活动，是体内阴阳两个方面保持对立统一的协调关系，并且达成一种动态的相对平衡状态。也就是说，没有阳就不会有阴，阳阴相互扶持，才能使身体更加健康，反之，阴阳的平衡协调一旦被打破，阴阳不能相互为用，人的身体就会出现疾病的征兆，如果阴阳不能依存，相互分离，那么人的生命活动也就随之停止了。
阴阳学说是充满智慧的，《黄帝内经》将这个世界存在的一切物质与非物质都与阴阳联系起来，运用阴阳对立统一的理论，认识、分析了人体的生命活动、病理变化及与自然界的联系，而我们只有在日常生活中和临床上不断地体会、推求，才能真正地、更深刻地理解它的正确、伟大与精妙。