南北朝时期，中国出现了世界上第一部系统总结制曲发酵工艺的理论着作——《齐民要术》，同时它也是我国迄今保存最古老最完整的一部农学专着。该书第七卷详细介绍了十种造曲和近四十种酿酒的方法，十种曲又分神曲六种，笨曲二种，白醪曲一种，白堕曲一种。这十种曲大多是以麦类作为原料，经过蒸、炒、生三种不同的处理方法，制成用途各异的曲块。文中还对有关曲坯、曲房的管理问题以及制曲过程中的技术环节进行了细致的阐述。
这个时期，人们在酿酒实践中已摸索出霉菌更适合于在生料上繁殖生长的经验，对此，《齐民要术》作了充分反映。如《大州白堕曲方饼法》制曲规定：选取稻谷三石，二石蒸熟，余一石生用，分别磨细再混合起来。加桑胡、台叶、艾叶各二尺，合煮至烂，除去渣滓，滤出汁液，用冷水稀释到呈现如酒色为止，掺进稻谷中制曲，干湿的程度则视具体情形随时调节。经过三千六百下舂捣，做成饼状后，放到暖房的曲床上。曲床上、曲饼上预先要铺垫二寸左右高的麦秸。闭紧四周门窗，防止风吹日晒。七天后，用手蘸冷水均匀涂抹在曲饼表层，再翻转过来。十四天后重复一次，至第二十一天，便可将曲饼收拢起来。第二十八天，放置于户外接受曝晒风干。这种制曲的方法，应用了对霉菌进行深层培养的高级技术，反映了南北朝时期较高水平的制曲过程，即使用现代眼光来衡量，乜是比较先进的做法。
此外，贾思勰对时人所推崇的“米过酒甜”的投料习惯，提出了自己的看法。他认为，用米多少应该根据曲势的强弱来决定，“或再宿一酸，三宿一酸，无定准，惟须消化乃酸之。”如果曲势尚可，米料已经充分发酵，就应该加酚米料，即所谓“惟多为良”，否则只是徒然浪费米料而已。这样投酿，无疑更具合理性。