菇场选定以后，必须要对其进行清理，才能创造出适于香菇生长发育的生态环境。清理时注意以下几点：
（1）按照春夏之交能有“三分疏露，七分荫蔽”的要求，留下必须的遮阴树，把其余的成材树木砍作段木或者枕木，同时清除场地外围数米内的一切小灌木和杂草，砍除低矮枝桠，以便进行操作管理，也有利于场地通风。
（2）清除并烧毁场内的枯枝落叶、树皮、树根，以及场地外围数米内的腐朽之物，铲除杂菌、害虫滋生地。
（3）根据地形适当平整场地，开辟必要的通道，清理排水沟，修筑浇灌设施。
（4）天然荫蔽不足的地方，搭盖简易荫棚，使整个菇场适于香菇生长。
（5）菇场清理的最后一道工序是在地面撒上石灰粉进行消毒，除虫防蚁，抑制杂菌蔓延。