（1）挖窖。选择地势高燥、地下水位低、离畜禽舍近的地方，挖长方形、四方形或圆形的坑，大小以草、畜的多少而定。窖可分为永久性和临时性窖，永久性窖用砖、水泥砌成；临时性窖只是挖一土坑，四壁光滑不倒塌就行。另外也可用缸、塑料袋作窖。
（2）铡草。选择清洁、无污染、无霉变的秸秆作为酶化饲料的原料，用铡草机铡成1～2厘米（羊用）或3～4厘米（牛用）的草节，用揉搓功能的铡草机效果更佳。
（3）装窖。①加酶量。每吨秸秆加1千克饲料粗酶。为了使酶与秸秆充分接触可将酶溶于水中使用，或把酶同3千克面粉等充分混合。②加水量。按1∶1比例将水与草节搅拌均匀，即1千克干秸秆中加水1千克，若青秸秆（玉米秸）可适量加水。③装窖。装窖时先在窖底铺一层30厘米厚的草节，上面洒一层酶，加水搅拌均匀，踏实，如此连续作业，直至高出窖口50～60厘米为止。若用土窖，装草前先在窖底及四周铺一层塑料布，然后用上法装窖。
（4）封窖。将草节装到高出窖口50～60厘米，充分踏实压紧后，最上面每平方米撒250克食盐，然后盖上塑料布，有条件的其上覆盖一层20厘米长的秸秆，再覆盖50厘米的土密封。
（5）开窖。夏季经7～15天，冬季经20～25天，酶化饲料即可开窖使用。酶化饲料质地松软，有酸香味，颜色呈全黄或青绿色（青玉米秸秆）。颜色呈褐色，质量较差，若发霉变黑则不能饲喂。取料要从一角开始，从上到下逐层取用，不可随处乱挖，每次取料量以当天喂完为宜，每次取料后应立即将口封严，以免雨水渗入发生变质。
（6）饲喂。开始饲喂时，先将少量酶化饲料与其他饲草混合饲喂，逐渐加量，经7天左右，可按标准量喂。一般每头奶牛、肉牛的饲喂量为15～20千克/天，羊的饲喂量为1～3千克/天，马、驴、骡的饲喂量为5～10千克/天。冬季饲喂前先将酶化饲料取出放在畜舍或屋内“提温”，消除由于温差大而使家畜喂后不适的情况。