氨化秸秆在垛中或窖中或其他容器中可保存很长时间，只要塑料膜不破、不滑氨，就不会发霉变坏。但必须经常检查，以防鼠害、人畜践踏、风吹雨打等损坏塑料膜。
氨化秸秆到期后就可开窖或开垛。如用液氨处理，秸秆的含水量在20%以下，就可打开一部分晾晒一两天，放走剩余的氨，接着就投喂家畜。用完一部分后再打开另一部分晾干投喂，直到用完。
如果用尿素或其他氨源处理，含水量大，就可将垛上的塑料全部取掉，整垛的草全部晾晒，干燥后放入草棚或房舍内备用，也有的群众用水泥池晾干。
氨化秸秆发霉可能是塑料膜破损或覆盖不严，漏了气，跑了氨，加之秸秆的含水量大，有利于霉菌大量繁殖，造成霉变。如果跑氨后又渗进雨水，更易霉变。氨化加水不宜太多，因为开垛后余氨蒸发，给干燥带来困难，也会给运输保管带来诸多不便。如果含水量大，应开垛1次晾晒，干燥后保存，可长期饲喂。如用液氨处理秸秆，含水量又不高，可以边开垛、边干燥、边饲喂。