日本偷袭珍珠港的前一个月，哈尔西担任了太平洋舰队第8任务部队司令，军衔晋升为中将。这时战争气氛已相当浓厚。
为了有效地抵御日军的进攻，哈尔西主张即刻加强美军几个前哨岛屿的防御力量，并建议把12架陆战队F-4F战斗机运往威克岛，用来代替陆军飞机。他的主张被采纳，并由他负责指挥运输。
11月28日下午7时，哈尔西的特遣队从珍珠港出发了。临行前，他问当时的太平洋舰队司令金梅尔：“您想要我走多远？”他的意思是说，如果碰上日本的潜艇就有挑起战争的可能，对此怎么办。金梅尔意味深长地回答：“用你的常识。”在哈尔西看来，金梅尔已实际上授权他见机行事，这就意味着国家的命运落在了自己的肩上。
临行前，为了麻痹在夏威夷的日本间谍，哈尔西佯装这次行动是一次例行训练，他的3艘战列舰也未能随行，知道这次行动的真正目的的也只有3个人。然而，当舰队一离开珍珠港，哈尔西就在旗舰上发出第一号战斗命令，他要求舰队立即进入战斗状态。他告诉全体人员“现在是在战争情况下行动”，他还命令所有飞机和军舰严阵以待，一旦遭到“任何”舰只和飞机就应立即将其击沉或射落。
此时此刻，美日尚未开战，哈尔西的第一号战斗令弄昏了他的参谋们。当时就有参谋提出抗议：“您知道这个命令意味着战争吗？”哈尔西则冷静而又斩钉截铁地回答说：“一切由我负责，我们先射击后论理。”
随后，哈尔西又下令停止一切无线电通信。白天，由反潜巡逻机担任戒备，夜晚则出动飞机进行搜索。在当时看来，太平洋上只有哈尔西的这支舰队保持了高度的警惕性。
很侥幸的是，哈尔西的舰队没有撞上日本舰队。一支巨大的日本联合舰队已于11月26日离开了基地。12月4日晨，哈尔西的舰队顺利地到达了离威克岛约200海里的地方。在将战斗机送往威克岛后，哈尔西便立即掉转头返回珍珠港。
返回途中，因气候关系，在给驱逐舰补给燃料时耽误了时间。然而，恰恰是这一耽误使哈尔西逃离了厄运。
1941年12月7日（夏威夷时间）晨，日本偷袭了珍珠港。美国海军飞机损失80架，231架陆军飞机中仅有79架尚可使用，伤亡人数达3681名。而此时，哈尔西的舰队还在离珍珠港200多海里的地方。下午8点12分，哈尔西才收到这具有历史意义的消息：“珍珠港遭空袭，这不是演习。”
在以后的24小时里，哈尔西的舰队不断地在日本舰队可能的撤退方向上搜索，意欲报仇，但一无所获。直到燃料快要用完时，哈尔西才不得不返回珍珠港。
哈尔西进入珍珠港时，映入眼帘的是一片劫后惨象。当他的舰队经过已被击沉的舰只时，他暗自发誓，一定要亲手把日本联合舰队司令山本五十六送入地狱。他低声对自己说：“等到我们这一场打完，只有在地狱里才会有人说日本话。”
而此时，他的老同学金梅尔却备受煎熬。珍珠港被袭击、美国舰队损兵折将的责任完全强加在金梅尔的身上。忠义双全的哈尔西忍受不住对金梅尔的指责，他不惜牺牲自己的前程，毅然挺身而出为金梅尔辩护。他认为珍珠港之所以遭到空袭，主要是因为缺乏远程侦察机。哈尔西自己也承认，过去太低估日本人了。
哈尔西在回忆录中是这样说的：“在12月7日以后我才改变了我的看法，日本海军航空兵这一次的攻击，的确非常高明。”
接替金梅尔任太平洋舰队总司令的是切斯特·威廉·尼米兹。刚到夏威夷时，尼米兹就看到日本轰炸后的惨景，发现岛上到处都充满着悲观和失败主义情绪。经过一番深思熟虑，尼米兹制定了积极防御、主动出击的作战方针。
哈尔西和他的士兵在“企业”号上1942年1月8日，尼米兹召见哈尔西。两人经过一番长谈，在许多重大问题上达成了一致，尤其是尼米兹的作战方针得到哈尔西的支持，更使尼米兹感到欣慰。因为当时太平洋舰队的许多高级将领都过高地估计了日本海军的力量，而主张消极避战，保存实力。
尼米兹告诉哈尔西：“日本人已经攻占英属吉尔伯特群岛，可能由那里攻向萨摩亚，切断美国对西南太平洋的补给线。情况十分危急，因为美国人没有可用的两栖部队采取对抗措施。”“现在只有依赖快速航空母舰特遣队。”尼米兹要哈尔西以“企业”和“约克敦”号两艘航空母舰为核心组成一支联合舰队，向吉尔伯特和日本人据守的马绍尔群岛发动一次闪电式的攻击。
哈尔西深知这项任务的危险性极大，但英勇善战的他仍接受了这项任务，并立即率领部队驶往目的地。由于日军没有料到美军会远离珍珠港数千里进行远程奔袭，哈尔西的这次空袭在出其不意间获得了意想不到的成功。为此，哈尔西赢得了他的第一枚“优异服务勋章”。
接着，哈尔西又成功地对日军侵占的威克岛、离日本东京只有1000海里的南鸟岛进行了袭击，与此同时还成功地进行了轰炸日本首都东京的行动。
这些袭击的战果虽然不大，却打击了法西斯的嚣张气焰，遏止了日本帝国主义肆无忌惮的侵略步伐。