在广东，最大的一支游击队活跃在东江地区。1943年12月2日（1938年的12月2日是惠宝人民抗日游击总队成立日），根据中共中央指示，战斗在东江地区的广东人民抗日游击总队改称为广东人民抗日游击队东江纵队。曾生任司令员，林平任政治委员。
日军为了发挥广州和香港两个中转站的作用，于1943年11月中旬发动攻势，打通了广九铁路。东江纵队成立后，继续向广九铁路及其两侧的敌人出击。1944年1月，袭击了广九路的常平车站，歼灭伪军1个连，尔后又连续袭击了东芜、安步、横沥、宝安等地及平湖车站。2月，袭击了广九铁路林村车站日军的物资搜集队，2月13日奔袭宝（安）太（平）公路上的霄边，全歼伪军1个重机枪连。3月，袭击了广九铁路上的石滩。4月中旬，在港九地区全面出击，先后在大埔、元望之间和吉拗地区打击敌人，并袭入九龙市区，炸毁铁路大桥。日军遭打击后，图谋报复。5月7日，驻广九铁路樟木头车站的日伪军远道奔袭东江纵队领导机关驻地东芜梅塘，东江纵队经激战毙伤日伪军100余人，迫使日伪军撤退。
1944年夏，日军进攻湖南。7月25日，中共中央在致林平转广东军政委员会与广东临时工作委员会（林平为广东军政委员会主任、临委书记、东江纵队政治委员）的指示中指出：“敌阁虽更迭，但对打通粤汉路仍势在必行，你处工作应一本开展敌后游击战争之方针加紧进行”。“凡敌向北侵占之区，只要其有久占意图，即应由你处派出得力干部或武装小队至该区与当地党员取得联系，尽力发展抗敌武装斗争……同时敌向北行动，三角洲及其以西地区亦有可能扩大我现有武装。希望广东我党武装能扩大一倍，并提高战斗力”。“在广九市上的武装斗争有成绩，但不宜常做，以免引起敌人对我过多报复和进攻，并妨碍我城市秘密和抢救工作”。同时，还指示与琼崖、潮梅闽西南沟通联系等。
1945年华南人民抗日游击队春夏季攻势图为了贯彻中共中央这一指示，1944年8月，中共广东临委和军政委员会在大鹏半岛的土洋村召开联席会议，出席会议的有林平、梁广、连贯（以上3人为临委委员，林平兼军政委委员和主任）、曾生、王作尧、杨康华、罗范群（以上4人为军政委员会委员，军政委员会委员共7人，梁鸿钧、林锐云未出席）及各地区负责人，会议决定在巩固现有各抗日游击区和根据地的同时，东江纵队应创立罗浮山以北、翁源以南、东江、北江之间的抗日根据地，并向东江、韩江之间（潮汕在内）伸展，然后准备向闽粤边、粤赣湘边、粤桂湘边开展工作；中区部队则首先求得普遍发展，然后向西江、粤桂边及南路前进；东江纵队和中区部队要互相配合，取得对广州的包围形势，将来会合于粤桂湘边。要大力发展武装，到1945年上半年，东江纵队应扩大4倍，中区部队应扩大6倍。会议决定广东军政委员会由7人增加到9人，增加梁嘉和刘田夫两人。
根据土洋会议的决定，东江纵队以东芜地区的部队及在增城的部队一部组成北上抗日先遣队，由邻强率领，向粤北挺进，其主要任务是弄清敌人的动向，采取敌进我进方针，相机进入北江。该部由东竟出发，经博罗、从化等地北进，沿途打击日伪，截击日军进攻广西的后续部队，一度解放清远县城。后决定退回增城。
1944年9～10月，东江纵队对部队进行整编，建立支队编制，将部队整编为第1、第2、第3支队，独立第1（即港九大队）、第2、第3、第4（即护航大队）大队，以及北上抗日先遣队，以后又陆续组建了第4、第7支队、北江支队和西北支队。
在东江纵队获得大发展的同时，广东其他地区的抗日游击队也有很大的发展。战斗在珠江三角洲的人民抗日武装，在1943年2月挺进中山县五桂山区后，积极向日伪军出击，在战斗中壮大了部队，巩固和发展了五桂山抗日根据地。1944年10月1日，根据中共广东临委和军政委员会的决定，在内部宣布成立广东人民抗日游击队中区纵队，司令员林骼云，政治委员罗范群，副司令员谢立全，参谋长谢斌，政治部主任刘田夫。10月中旬，中区纵队主力400余人在林骼云、罗范群率领下，越过日、伪、国民党统治区，于新会荷塘西渡西江，抵达新会五区，与中共中区地下党领导的游击队会合，开辟粤中敌后抗日根据地。11月在鹤山县靖村公开宣布成立广东人民抗日解放军，以梁鸿钩为司令员，罗范群为政治委员，谢立全为副司令员，刘田夫为政治部主任。珠江三角洲部队主力随司令部西进后，中山留下的力量比较薄弱，五桂山周围只剩下主力50余人。后将已挺进粤中的林椒云、谢斌调近珠江三角洲，于12月5日，在中山县王桂山公开宣布成立广东人民抗日游击队珠江纵队，以林钢云为司令员，梁嘉为政治委员，谢斌为副司令员，周伯明为参谋长，刘向东为政治部主任。
1944年春，中共琼崖特委（书记冯白驹）根据中共中央的指示，将独立总队改编为广东省琼崖人民抗日游击独立纵队（简称琼崖纵队），下辖第1、第4支队，共4000余人，冯白驹任司令员兼政治委员，庄田任副司令员，李振亚任参谋长。这时，第1支队活动于琼东北琼山、文昌、澄迈等县，第2支队活动于琼西南昌江、感恩（今感城）地区，第3支队活动于琼东南乐会、万宁等县，第4支队活动于檐县、临高等县，积极打击日伪。第1支队在澄迈县的福山至花场、永新至新桥公路和才坡等地伏击敌人，袭击敌据点。第2支队袭击了抱板、东号、港门等日伪据点。第3支队在万宁的南桥、六弓等地伏击敌人，并袭入小南据点。第4支队在信县东城乡南眼村一带击溃了国民党顽军的进犯。除五指山中心区外，琼崖各地都有琼崖纵队的活动。
1943年8月4日，白沙县黎族人民因不堪忍受国民党的压榨和蹂躏，在王国兴、王玉锦等领导下，揭竿起义。在近1个月的时间里，起义风暴席卷整个五指山区。起义遭镇压后，黎族人民派人跋山涉水，历尽艰辛，于1944年春在澄迈县找到琼崖纵队，要求琼崖纵队进军白沙县，解救黎族、苗族同胞。琼崖特委确认开辟五指山中心根据地的条件已臻成熟，立即把这项工作提到重要的议事日程上来。琼崖纵队派工作组进入五指山区开展工作，帮助成立白（沙）保（亭）乐（东）人民解放团（团长王国兴，共30余人，成员多是琼崖纵队第4支队的黎族战士），并派第4支队第1、第2大队进入白沙县的阜青、龙头乡，建立阜龙乡文头山根据地；派第2支队第1大队等进入那繁村、来苗村一带，配合地方党组建了县政府。1944年秋，琼崖特委和琼崖纵队领导机关向白沙县阜龙乡转移，进一步推进了建立五指山抗日根据地的进程。