豆芽腐烂现象主要是烂根、烂缸（整灌豆芽腐烂）。为了防止豆芽烂根、烂缸，首先要洁净用具，每次豆芽出缸后，都要用清水将盛器、用具洗净，经日晒杀菌后再使用。如发现烂芽、烂根，可用石灰水消毒，同时室内要清洁，空气要流通，不可在室内贮存农药化肥等，以防挥发的有毒气体刺激豆芽，引起腐烂。
其次，要用新豆芽生豆芽。陈豆芽，出芽率低，变质豆粒不发芽，易腐烂，会侵染蔓延。生产时将豆种投入到65℃的水中浸一分钟，捞出用清水冲洗散热至常温，滤干后即可清水浸泡。水质要好，不可用陈水、污水、盐碱含量较高的水。
再次，温度要保持在20℃～28℃为宜，不可过高过低忽高忽低。要注意检查温度，低时要关闭发芽室的门窗，冬季室内要烧火，淋温水并盖严缸口的薄膜，温度高时要注意发芽室的通风，掀开覆盖薄膜，并均匀的淋浇温度较低的水，并且要勤淋浇。
最后，温度要适宜。缸内适宜豆芽的相对适度以90%左右为好，调节湿度的主要方法是淋水。一般在气温较高的季节，每3～4小时淋一次，气温较低的季节，则每5～6小时淋水一次。