冷冻真空干燥较常温真空干燥出的蛛毒质量好。目前用的冷冻真空干燥有两种：一种是一般冷冻真空干燥；另一种是特殊冷冻真空干燥。一般冷冻真空干燥是在常温真空干燥装置基础上使干燥器下半部及周围置于制冷装置内，整个操作过程是在低温下进行；特殊冷冻真空干燥是使用冷冻真空干燥机干燥，下面着重介绍冷冻真空干燥机的冷冻干燥技术及其操作方法。
（1）冷冻干燥的基本原理。冷冻干燥全称真空冷冻干燥，简称冻干。它是指将被干燥物料冷冻成固体，在低温减压条件下利用水的升华，使物料低温脱水而达到干燥目的的一种干燥方法。因为是利用升华达到去水的目的，所以又称为升华干燥。在此过程中水分升华所需的热量主要依靠固体的热传导，因此冷冻干燥属于热传导干燥。冷冻干燥得到的产物称为冻干物，冷冻干燥的过程称为冻干。
（2）冷冻干燥的操作方法可分为预冻、升华和再干燥三个阶段。
其一，预冻阶段。蛛毒液在干燥之前必须进行预冻，如果不经预冻而直接抽真空，当压力降低到一定程度时，蛛毒液体中的气体会迅速逸出引起“沸腾”现象，部分毒液可能溢出容器外。先用离心机在300转／分钟下离心5分钟，取上清液，合并沉淀物，加入少量无菌蒸馏水，洗涤，再离心，取上清液，合并上清液。将蜘蛛毒液放进烧杯，用牛皮纸封口，在牛皮纸上扎一些小孔，然后置入冰箱的冷冻层，预冻时间为2～3小时以上，使毒液完全冻结。预冻好坏直接影响冻干品的外观、性质、溶解速率和质量。
其二，升华阶段。升华阶段又称第一干燥阶段。先将冷冻真空干燥机的冷凝器温度下降至 45℃以下，再将预冻好的蜘蛛毒液放入干燥箱内，然后启动真空泵，将毒液升温，如此反复处理，升华。直至水分基本除尽后转入再干燥阶段。
其三，再干燥阶段。再干燥阶段又称第二干燥阶段。升华干燥阶段完成后，为尽可能除去残余的水分，需要进一步干燥，即继续保温干燥，直至除去剩余的5％水分。
蛛毒进行干燥时应注意：用烧杯、玻瓶或安瓿瓶盛装毒液但不要过满；每次只能干燥一种毒液；最好一次干燥完毕，中途不要停机；整个操作过程当中不能用手去接触蛛毒；干燥后的蛛毒须立即加盖密封储存。