采用化学药物消毒时利用化学药物渗透到细菌体内，使菌体蛋白质凝固变性，破坏其细胞的结构，干扰细菌酶的活性，抑制细菌的代谢和生长繁殖，从而起到消毒作用。采用化学药物消毒要注意：
（1）根据被消毒物品的性能，选择合适的化学消毒剂。
（2）严格按照消毒剂的有效浓度、浸泡方法和时间进行消毒。
（3）对未污染的物品，浸泡前应先将物品洗净擦干，以便物品能和药液充分接触，同时避免物品上所带的水分影响药物的有效浓度。对已被污染的物品，应先放入消毒液中浸泡，做初步消毒后，取出洗净、擦干，再做第二次浸泡或高压灭菌。
（4）应将物品全部浸泡在消毒液面下，器械的轴节要打开，有空腔的物品要使消毒液进入腔内。
（5）消毒液的容器应加盖，并定期更换消毒液，以保证消毒液的有效浓度。
（6）经过浸泡病毒的物品，在使用前应用无菌生理盐水冲净，以免残留的药液刺激机体组织。勤换衣服，勤剪指甲，勤用流动水洗手，做到“一客一消毒”。操作时应穿清洁的工作服。