菇房是灰树花发菌与出菇的场所，也是杂菌、虫害易于滋生 、繁衍、活动的场所，对菇房的消毒，能最大限度地减少菇 房、床架及栽培环境中潜伏的病菌和害虫。
无论是室内菇房还是露地菇棚，每次栽培前必须进行粉刷修 缮，内外周边环境中的杂草、垃圾、废弃物等要彻底清除。 料袋进房前2～3天，必须对空菇房进行1次药物熏蒸消毒，以 杜绝病虫滋生；杀灭藏匿在床架、棚架、屋顶、墙壁和地面 缝隙处的病虫。常用的药剂有：每立方米空间用硫磺粉10克 ，80％敌敌畏2～3毫升，40％甲醛10毫升，高锰酸钾5克，水 10毫升。菇房结构差，密封度差的，用80％敌敌畏1000倍液 或50％马拉硫磷1500～2000倍液喷雾杀虫，再用2％甲醛溶液 或0.5％～l％硫酸铜水溶液喷雾消毒。发生过病毒病的菇房 ，床架最好再用4％五氯酚钠溶液添加0.5％～1％苏打水做乳 化剂进行涂刷处理。
熏蒸之前，要用泥、纸、塑料薄膜等堵塞补好各种裂缝、破 洞。菇房内放药位置要多放几处，不同药剂要错开放置，要 达到合理、安全，以利药味均匀扩散。放药前，用药量要按 分置地点预先称量分装好。放药时，自里向外，边放边退， 最后关门密封24~48小时后，再开门通风换气。