草菇栽培前要对菌种质量进行鉴定，尽量选用优质菌种。优质菌种外观表现为：菌丝粗壮、上下菌丝发育一致、气生菌丝呈白色或半透明状。其具体鉴定方法如下：
1）用来栽培的菌种，菌龄在30天左右，菌丝粗壮浓白，菌丝上有浅褐色的厚垣孢子，拔掉棉塞后能闻到草菇的香味。这种菌种属优质菌种，播种后吃料快，长势旺。如果厚垣孢子很少，说明菌丝尚幼嫩，可让其继续生长一周再用。
2）菌种菌龄超过40天后，气生菌丝过度密集，开始出现菌被，表面呈现淡黄色。厚垣孢子浓密，呈现红褐色，菌丝活力有变弱趋势。这种菌种属中老龄菌种，不可再继续贮藏，要立即使用，否则会影响产量。
3）如果培养基内的菌丝逐渐变得稀疏，且表面菌被变黄，厚垣孢子布满料面，菌龄超过50天，菌丝开始萎缩，属老龄菌种，其生活力明显下降，不宜再作为菌种使用。
4）凡是菌种或棉塞上发现有黄、绿、黑色斑点的，说明菌种已被杂菌污染。此类菌种属劣质菌种，绝对不能使用。