在菌袋上正在生长的草菇，一经触碰和摇动，很快即枯萎死亡。为减少不必要的损失，采收动作要轻，一手按住草菇生长部位的培养料，一手将宜采收的菇拧转摘下。不能像拔草一样的拔，以免牵动菌丝，弄乱料床，影响其他草菇的生长。遇到密集丛生的菇，应于大多数适合采收时一起摘下，以免因采个别菇伤及其他菇而造成多数菌蕾死亡。或用尖锐、锋利的小刀将该收获的菇切下来，留下幼菇继续生长。
采后的菇应及时用不锈钢小刀削掉菇上所黏附的培养料及其他杂质，修削面应力求平整，而后放进垫有3～4层纱布的篮子或盆、桶中，切不可将有杂质的草菇放入容器中。采收后，要及时清理料面与残留老化的菌丝及菇根碎片，清扫菇房卫生。