幼菇大量死亡是草菇生产上最常见的问题之一，新栽培草菇的菇农常常对此束手无策。造成幼菇大量死亡的原因较多，主要原因如下：
1）气温骤变，温差过大。草菇生长对温度极为敏感，幼菇生长期当遇到气温骤变的气候，如夏季的台风、雷雨天，反季节栽培保温措施不佳等，造成昼夜温差过大，超过5℃以上，会导致幼菇大量死亡，严重时大菇也会死亡。
预防方法：遇到不良天气要及时采取保温措施，如雷雨来时要盖紧塑料薄膜，在台风来临前2～3天要尽量避免菇筒脱袋，台风来时同样要加盖塑料薄膜，提高菇棚的保温性能。
2）喷水水温过低。这是新菇农经常会碰到的，为了菇棚的湿度，进行喷水加湿。但喷水时使用的水，水温过低，造成温差过大，引起死菇；或使用的喷雾器沾有农药，由于草菇子实体对农药极其敏感，使用这样的容器喷水同样会造成幼菇死亡。
预防方法：喷水时使用的水，水温要与气温相当，一般以30℃左右为宜；喷水的容器不能沾有农药。
3）空气相对湿度和培养料湿度偏低。空气相对湿度与培养料的湿度有密切的关系，如果空气相对湿度长时间偏低在75％以下），水分蒸发过快，草菇培养料的湿度一定偏低。在幼菇阶段如果空气相对湿度和培养料的湿度偏低，极易导致幼菇死亡。
预防方法：在幼菇生长时要确保菇棚的空气相对湿度在90％左右。如果湿度不足，除了盖紧塑料薄膜外，可以通过空间加湿或向菇棚走道洒水的办法来提高湿度。培养料如果由于菌袋在培养过程中失水较多湿度过低或拌料时水分不足而湿度过低的，可在喷出菇水时，加大喷水量，以提高培养料的湿度。
4）培养料湿度过大。因通风不良，空气相对湿度过大，造成培养料湿度过大，或制袋时培养料含水量过大，引起料内氧气不足，使幼菇难以正常生长而萎缩死亡。
预防方法：制袋时培养料的含水量不要超过70％；菇棚要加强通风，特别是喷水后，要注意不要马上覆盖塑料薄膜，少喷或不喷出菇水。
5）培养料偏酸。草菇喜欢在偏碱的环境中生长，如果培养料的pH值在6以下，虽可以结菇，但幼菇难以生长，同时偏酸的环境极易生长绿霉等杂菌，争夺营养引起幼菇死亡。
预防方法：配制培养基时，调高pH值，一般在灭菌前pH值需达8以上，灭菌后7BF．BFQ5以上；采完第一潮菇后，菌袋上要喷pH值为9～10的石灰水；若培养料偏酸，在喷出菇水时，可用pH值为9的石灰水调节。
6）料温偏低。常规栽培的第二潮以后生长的和反季节栽培的草菇常会碰到这个问题。正常草菇的料温在33℃以上，而当料温低于28℃时，草菇正常的生长受到影响，就会导致幼菇死亡。
预防方法：做好菇棚的保温。
7）采摘损伤。草菇菌丝比较稀疏，极易损伤。如果采摘时动作过猛，会触动周围的培养料，引起菌丝断裂，周围的幼菇也因菌丝的断裂而使养分无法供应而死亡。
预防方法：采菇时动作要轻、要规范，不好采的菇最好用刀片来割，避免松动培养料。
8）病虫害危害。在草菇的栽培过程中，常会受到鬼伞、绿霉等病害和螨类、菇蚊、线虫等害虫的危害。病虫害的危害，造成草菇菌丝生长受阻，进而影响到子实体的正常生长，引起子实体死亡，特别是幼菇死亡。
预防方法：规范操作与管理，防止病虫害的危害。