菌种场各个场地布局要合理，否则会影响到工作效率和菌种的成品率，从而影响到菌种场的经济效益。在布局上根据生产实践总结，有以下几点要求：
1）菌种场周围至少300米之内无禽畜舍，无垃圾粪便）场，无污水和其他污染源如大量扬尘的水泥厂、砖瓦厂、石灰厂、木材加工厂等）。
2）冷却、接种、培养、贮存等要求无菌的场所在布局上与料场、晒料、配料、装料等带菌场所要远离。同时在制种高峰期时，无菌场所在风向上游，带菌场所在风向下游。
3）冷却、接种、培养等无菌场所要相连，而料场、晒料场等带菌场所也要靠近，以减少污染、减小劳动强度。
4）生产流程要顺畅。菌种场布局应结合地形、方位，统筹安排。防止交错，以免引起生产的混乱。